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Viewing changes to debian/man/gt-suffixerator.1

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Sascha Steinbiss
  • Date: 2012-07-09 14:10:23 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120709141023-7nomj0v4le7izeju
Tags: 1.4.1-1
http://bugs.debian.org/657923
* Initial release (Closes: #657923)
* the GFF3 parser now handles children which are defined before their parents
* many small improvements to the GFF3 parser

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
debian/man/gt-suffixerator.1
 
1
'\" t
 
2
.\"     Title: gt-suffixerator
 
3
.\"    Author: [see the "AUTHOR" section]
 
4
.\" Generator: DocBook XSL Stylesheets v1.76.1 <http://docbook.sf.net/>
 
5
.\"      Date: 07/11/2012
 
6
.\"    Manual: \ \&
 
7
.\"    Source: \ \&
 
8
.\"  Language: English
 
9
.\"
 
10
.TH "GT\-SUFFIXERATOR" "1" "07/11/2012" "\ \&" "\ \&"
 
11
.\" -----------------------------------------------------------------
 
12
.\" * Define some portability stuff
 
13
.\" -----------------------------------------------------------------
 
14
.\" ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
15
.\" http://bugs.debian.org/507673
 
16
.\" http://lists.gnu.org/archive/html/groff/2009-02/msg00013.html
 
17
.\" ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
18
.ie \n(.g .ds Aq \(aq
 
19
.el       .ds Aq '
 
20
.\" -----------------------------------------------------------------
 
21
.\" * set default formatting
 
22
.\" -----------------------------------------------------------------
 
23
.\" disable hyphenation
 
24
.nh
 
25
.\" disable justification (adjust text to left margin only)
 
26
.ad l
 
27
.\" -----------------------------------------------------------------
 
28
.\" * MAIN CONTENT STARTS HERE *
 
29
.\" -----------------------------------------------------------------
 
30
.SH "NAME"
 
31
gt-suffixerator \- Compute enhanced suffix array\&.
 
32
.SH "SYNOPSIS"
 
33
.sp
 
34
gt suffixerator [option \&...] (\-db file [\&...] | \-ii index)
 
35
.SH "OPTIONS"
 
36
.PP
 
37
\fB\-ssp\fR
 
38
.RS 4
 
39
output sequence separator positions to file (default: yes)
 
40
.RE
 
41
.PP
 
42
\fB\-des\fR
 
43
.RS 4
 
44
output sequence descriptions to file (default: yes)
 
45
.RE
 
46
.PP
 
47
\fB\-sds\fR
 
48
.RS 4
 
49
output sequence description separator positions to file (default: yes)
 
50
.RE
 
51
.PP
 
52
\fB\-md5\fR
 
53
.RS 4
 
54
output MD5 sums to file (default: yes)
 
55
.RE
 
56
.PP
 
57
\fB\-sat\fR
 
58
.RS 4
 
59
specify kind of sequence representation by one of the keywords direct, bytecompress, eqlen, bit, uchar, ushort, uint32 (default: undefined)
 
60
.RE
 
61
.PP
 
62
\fB\-dna\fR
 
63
.RS 4
 
64
input is DNA sequence (default: no)
 
65
.RE
 
66
.PP
 
67
\fB\-protein\fR
 
68
.RS 4
 
69
input is protein sequence (default: no)
 
70
.RE
 
71
.PP
 
72
\fB\-indexname\fR
 
73
.RS 4
 
74
specify name for index to be generated (default: undefined)
 
75
.RE
 
76
.PP
 
77
\fB\-db\fR
 
78
.RS 4
 
79
specify database files
 
80
.RE
 
81
.PP
 
82
\fB\-smap\fR
 
83
.RS 4
 
84
specify file containing a symbol mapping (default: undefined)
 
85
.RE
 
86
.PP
 
87
\fB\-lossless\fR
 
88
.RS 4
 
89
allow lossless original sequence retrieval (default: no)
 
90
.RE
 
91
.PP
 
92
\fB\-mirrored\fR
 
93
.RS 4
 
94
virtually append the reverse complement of each sequence (default: no)
 
95
.RE
 
96
.PP
 
97
\fB\-pl\fR
 
98
.RS 4
 
99
specify prefix length for bucket sort recommendation: use without argument; then a reasonable prefix length is automatically determined (default: 0)
 
100
.RE
 
101
.PP
 
102
\fB\-dc\fR
 
103
.RS 4
 
104
specify difference cover value (default: 0)
 
105
.RE
 
106
.PP
 
107
\fB\-kys\fR
 
108
.RS 4
 
109
output/sort according to keys of the form |key| in fasta header (default: nosort)
 
110
.RE
 
111
.PP
 
112
\fB\-suf\fR
 
113
.RS 4
 
114
output suffix array (suftab) to file (default: no)
 
115
.RE
 
116
.PP
 
117
\fB\-lcp\fR
 
118
.RS 4
 
119
output lcp table (lcptab) to file (default: no)
 
120
.RE
 
121
.PP
 
122
\fB\-bwt\fR
 
123
.RS 4
 
124
output Burrows\-Wheeler Transformation (bwttab) to file (default: no)
 
125
.RE
 
126
.PP
 
127
\fB\-bck\fR
 
128
.RS 4
 
129
output bucket table to file (default: no)
 
130
.RE
 
131
.PP
 
132
\fB\-spmopt\fR
 
133
.RS 4
 
134
optimize esa\-construction for suffix\-prefix matching (default: 0)
 
135
.RE
 
136
.PP
 
137
\fB\-memlimit\fR
 
138
.RS 4
 
139
specify maximal amount of memory to be used during index construction (in bytes, the keywords
 
140
\fIMB\fR
 
141
and
 
142
\fIGB\fR
 
143
are allowed) (default: undefined)
 
144
.RE
 
145
.PP
 
146
\fB\-dir\fR
 
147
.RS 4
 
148
specify reading direction (fwd, cpl, rev, rcl) (default: fwd)
 
149
.RE
 
150
.PP
 
151
\fB\-v\fR
 
152
.RS 4
 
153
be verbose (default: no)
 
154
.RE
 
155
.PP
 
156
\fB\-showprogress\fR
 
157
.RS 4
 
158
show a progress bar (default: no)
 
159
.RE
 
160
.PP
 
161
\fB\-ii\fR
 
162
.RS 4
 
163
specify existing encoded sequence (default: undefined)
 
164
.RE
 
165
.PP
 
166
\fB\-help\fR
 
167
.RS 4
 
168
display help for basic options and exit
 
169
.RE
 
170
.PP
 
171
\fB\-help+\fR
 
172
.RS 4
 
173
display help for all options and exit
 
174
.RE
 
175
.PP
 
176
\fB\-version\fR
 
177
.RS 4
 
178
display version information and exit
 
179
.RE
 
180
.SH "AUTHOR"
 
181
.sp
 
182
Report bugs to <kurtz@zbh\&.uni\-hamburg\&.de>\&.