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Tags: upstream-6.1.20070822
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algo/blast/api/blast_seqalign.c
1
 
/* $Id: blast_seqalign.c,v 1.60 2006/06/13 14:42:44 papadopo Exp $
 
1
/* $Id: blast_seqalign.c,v 1.62 2007/02/26 14:52:50 papadopo Exp $
2
2
* ===========================================================================
3
3
*
4
4
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
29
29
 */
30
30
 
31
31
#ifndef SKIP_DOXYGEN_PROCESSING
32
 
static char const rcsid[] = "$Id: blast_seqalign.c,v 1.60 2006/06/13 14:42:44 papadopo Exp $";
 
32
static char const rcsid[] = "$Id: blast_seqalign.c,v 1.62 2007/02/26 14:52:50 papadopo Exp $";
33
33
#endif /* SKIP_DOXYGEN_PROCESSING */
34
34
 
35
35
#include <algo/blast/api/blast_seqalign.h>
82
82
   return NULL;
83
83
}
84
84
 
85
 
/** Creates a score set corresponding to one HSP.
86
 
 * @param hsp HSP structure [in]
87
 
 * @return Score set for this HSP.
88
 
 */
89
85
ScorePtr 
90
86
GetScoreSetFromBlastHsp(BlastHSP* hsp)
91
87
{
743
739
    
744
740
    start1 = hsp->query.offset;
745
741
    start2 = hsp->subject.offset;
746
 
    translate1 = (program == eBlastTypeBlastx || program == eBlastTypeTblastx ||
747
 
                  program == eBlastTypeRpsTblastn);
748
 
    translate2 = (program == eBlastTypeTblastn || program == eBlastTypeTblastx);
749
 
 
 
742
    translate1 = Blast_QueryIsTranslated(program);
 
743
    translate2 = Blast_SubjectIsTranslated(program);
750
744
    
751
745
    /* If no eGapAlignDecline regions exists output seqalign will be
752
746
       regular Den-Seg or Std-seg */