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Tags: upstream-6.1.20070822
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algo/blast/core/lookup_wrap.h
1
 
/* $Id: lookup_wrap.h,v 1.14 2006/10/05 15:02:22 papadopo Exp $
 
1
/* $Id: lookup_wrap.h,v 1.16 2006/11/21 16:50:02 papadopo Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
31
31
 * Wrapper for all lookup tables used in BLAST
32
32
 */
33
33
 
34
 
#ifndef __LOOKUP_WRAP__
35
 
#define __LOOKUP_WRAP__
 
34
#ifndef ALGO_BLAST_CORE__LOOKUP_WRAP__H
 
35
#define ALGO_BLAST_CORE__LOOKUP_WRAP__H
36
36
 
 
37
#include <algo/blast/core/ncbi_std.h>
37
38
#include <algo/blast/core/blast_def.h>
38
39
#include <algo/blast/core/blast_options.h>
39
40
#include <algo/blast/core/blast_rps.h>
45
46
 
46
47
/** Wrapper structure for different types of BLAST lookup tables */
47
48
typedef struct LookupTableWrap {
48
 
   Uint1 lut_type; /**< What kind of a lookup table it is? */
 
49
   ELookupTableType lut_type; /**< What kind of a lookup table it is? */
49
50
   void* lut; /**< Pointer to the actual lookup table structure */
50
 
   void* read_indexed_db; /** function used to retrieve hits
 
51
   void* read_indexed_db; /**< function used to retrieve hits
51
52
                              from an indexed database */
52
53
} LookupTableWrap;
53
54
 
78
79
 */
79
80
Int4 GetOffsetArraySize(LookupTableWrap* lookup);
80
81
 
81
 
/** Structure holding a pair of offsets. Used for storing offsets for the
82
 
 * initial sseds. In most programs the offsets are query offset and subject 
83
 
 * offset of an initial word match. For PHI BLAST, the offsets are start and 
84
 
 * end of the pattern occurrence in subject, with no query information, 
85
 
 * because all pattern occurrences in subjects are aligned to all pattern 
86
 
 * occurrences in query.
87
 
 */
88
 
typedef union BlastOffsetPair {
89
 
    struct {
90
 
        Uint4 q_off;  /**< Query offset */
91
 
        Uint4 s_off;  /**< Subject offset */
92
 
    } qs_offsets;     /**< Query/subject offset pair */
93
 
    struct {
94
 
        Uint4 s_start;/**< Start offset of pattern in subject */
95
 
        Uint4 s_end;  /**< End offset of pattern in subject */
96
 
    } phi_offsets;    /**< Pattern offsets in subject (PHI BLAST only) */
97
 
} BlastOffsetPair;
98
 
 
99
82
#ifdef __cplusplus
100
83
}
101
84
#endif
102
 
#endif /* !__LOOKUP_WRAP__ */
 
85
#endif /* !ALGO_BLAST_CORE__LOOKUP_WRAP__H */