← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/ncbi-tools6/quantal

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/objscoremat.h

Tags: upstream-6.1.20070822
Import upstream version 6.1.20070822

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/objscoremat.h
1
 
#ifndef _objscoremat_ 
2
 
#define _objscoremat_ 
3
 
 
4
 
#undef NLM_EXTERN
5
 
#ifdef NLM_IMPORT
6
 
#define NLM_EXTERN NLM_IMPORT
7
 
#else
8
 
#define NLM_EXTERN extern
9
 
#endif
10
 
 
11
 
 
12
 
#ifdef __cplusplus
13
 
extern "C" { /* } */
14
 
#endif
15
 
 
16
 
 
17
 
/**************************************************
18
 
*
19
 
*    Generated objects for Module NCBI-ScoreMat
20
 
*    Generated using ASNCODE Revision: 6.15 at Oct 7, 2004  2:31 PM
21
 
*
22
 
**************************************************/
23
 
 
24
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL
25
 
objscorematAsnLoad PROTO((void));
26
 
 
27
 
 
28
 
/**************************************************
29
 
*
30
 
*    Pssm
31
 
*
32
 
**************************************************/
33
 
typedef struct struct_Pssm {
34
 
   Uint1   isProtein;
35
 
   ObjectIdPtr identifier;
36
 
   Int4   numRows;
37
 
   Int4   numColumns;
38
 
   ValNodePtr   rowLabels;
39
 
   Uint1   byRow;
40
 
   ValNodePtr   query;
41
 
   struct struct_PssmIntermediateData PNTR   intermediateData;
42
 
   struct struct_PssmFinalData PNTR   finalData;
43
 
} Pssm, PNTR PssmPtr;
44
 
 
45
 
 
46
 
NLM_EXTERN PssmPtr LIBCALL PssmFree PROTO ((PssmPtr ));
47
 
NLM_EXTERN PssmPtr LIBCALL PssmNew PROTO (( void ));
48
 
NLM_EXTERN PssmPtr LIBCALL PssmAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
49
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL PssmAsnWrite PROTO (( PssmPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
50
 
 
51
 
 
52
 
 
53
 
/**************************************************
54
 
*
55
 
*    PssmIntermediateData
56
 
*
57
 
**************************************************/
58
 
typedef struct struct_PssmIntermediateData {
59
 
   ValNodePtr   resFreqsPerPos;
60
 
   ValNodePtr   weightedResFreqsPerPos;
61
 
   ValNodePtr   freqRatios;
62
 
} PssmIntermediateData, PNTR PssmIntermediateDataPtr;
63
 
 
64
 
 
65
 
NLM_EXTERN PssmIntermediateDataPtr LIBCALL PssmIntermediateDataFree PROTO ((PssmIntermediateDataPtr ));
66
 
NLM_EXTERN PssmIntermediateDataPtr LIBCALL PssmIntermediateDataNew PROTO (( void ));
67
 
NLM_EXTERN PssmIntermediateDataPtr LIBCALL PssmIntermediateDataAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
68
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL PssmIntermediateDataAsnWrite PROTO (( PssmIntermediateDataPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
69
 
 
70
 
 
71
 
 
72
 
/**************************************************
73
 
*
74
 
*    PssmFinalData
75
 
*
76
 
**************************************************/
77
 
typedef struct struct_PssmFinalData {
78
 
   ValNodePtr   scores;
79
 
   FloatHi   lambda;
80
 
   FloatHi   kappa;
81
 
   FloatHi   h;
82
 
   Int4   scalingFactor;
83
 
} PssmFinalData, PNTR PssmFinalDataPtr;
84
 
 
85
 
 
86
 
NLM_EXTERN PssmFinalDataPtr LIBCALL PssmFinalDataFree PROTO ((PssmFinalDataPtr ));
87
 
NLM_EXTERN PssmFinalDataPtr LIBCALL PssmFinalDataNew PROTO (( void ));
88
 
NLM_EXTERN PssmFinalDataPtr LIBCALL PssmFinalDataAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
89
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL PssmFinalDataAsnWrite PROTO (( PssmFinalDataPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
90
 
 
91
 
 
92
 
 
93
 
/**************************************************
94
 
*
95
 
*    PssmParameters
96
 
*
97
 
**************************************************/
98
 
typedef struct struct_PssmParameters {
99
 
   Int4   pseudocount;
100
 
   struct struct_FormatRpsDbParameters PNTR   rpsdbparams;
101
 
   struct struct_CoreDef PNTR   constraints;
102
 
} PssmParameters, PNTR PssmParametersPtr;
103
 
 
104
 
 
105
 
NLM_EXTERN PssmParametersPtr LIBCALL PssmParametersFree PROTO ((PssmParametersPtr ));
106
 
NLM_EXTERN PssmParametersPtr LIBCALL PssmParametersNew PROTO (( void ));
107
 
NLM_EXTERN PssmParametersPtr LIBCALL PssmParametersAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
108
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL PssmParametersAsnWrite PROTO (( PssmParametersPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
109
 
 
110
 
 
111
 
 
112
 
/**************************************************
113
 
*
114
 
*    PssmWithParameters
115
 
*
116
 
**************************************************/
117
 
typedef struct struct_PssmWithParameters {
118
 
   struct struct_Pssm PNTR   pssm;
119
 
   struct struct_PssmParameters PNTR   params;
120
 
} PssmWithParameters, PNTR PssmWithParametersPtr;
121
 
 
122
 
 
123
 
NLM_EXTERN PssmWithParametersPtr LIBCALL PssmWithParametersFree PROTO ((PssmWithParametersPtr ));
124
 
NLM_EXTERN PssmWithParametersPtr LIBCALL PssmWithParametersNew PROTO (( void ));
125
 
NLM_EXTERN PssmWithParametersPtr LIBCALL PssmWithParametersAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
126
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL PssmWithParametersAsnWrite PROTO (( PssmWithParametersPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
127
 
 
128
 
 
129
 
 
130
 
/**************************************************
131
 
*
132
 
*    BlockProperty
133
 
*
134
 
**************************************************/
135
 
typedef struct struct_BlockProperty {
136
 
   struct struct_BlockProperty PNTR next;
137
 
   Int4   type;
138
 
   Int4   intvalue;
139
 
   CharPtr   textvalue;
140
 
} BlockProperty, PNTR BlockPropertyPtr;
141
 
 
142
 
 
143
 
NLM_EXTERN BlockPropertyPtr LIBCALL BlockPropertyFree PROTO ((BlockPropertyPtr ));
144
 
NLM_EXTERN BlockPropertyPtr LIBCALL BlockPropertyNew PROTO (( void ));
145
 
NLM_EXTERN BlockPropertyPtr LIBCALL BlockPropertyAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
146
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL BlockPropertyAsnWrite PROTO (( BlockPropertyPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
147
 
 
148
 
 
149
 
 
150
 
/**************************************************
151
 
*
152
 
*    CoreBlock
153
 
*
154
 
**************************************************/
155
 
typedef struct struct_CoreBlock {
156
 
   struct struct_CoreBlock PNTR next;
157
 
   Int4   start;
158
 
   Int4   stop;
159
 
   Int4   minstart;
160
 
   Int4   maxstop;
161
 
   struct struct_BlockProperty PNTR   property;
162
 
} CoreBlock, PNTR CoreBlockPtr;
163
 
 
164
 
 
165
 
NLM_EXTERN CoreBlockPtr LIBCALL CoreBlockFree PROTO ((CoreBlockPtr ));
166
 
NLM_EXTERN CoreBlockPtr LIBCALL CoreBlockNew PROTO (( void ));
167
 
NLM_EXTERN CoreBlockPtr LIBCALL CoreBlockAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
168
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL CoreBlockAsnWrite PROTO (( CoreBlockPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
169
 
 
170
 
 
171
 
 
172
 
/**************************************************
173
 
*
174
 
*    LoopConstraint
175
 
*
176
 
**************************************************/
177
 
typedef struct struct_LoopConstraint {
178
 
   struct struct_LoopConstraint PNTR next;
179
 
   Int4   minlength;
180
 
   Int4   maxlength;
181
 
} LoopConstraint, PNTR LoopConstraintPtr;
182
 
 
183
 
 
184
 
NLM_EXTERN LoopConstraintPtr LIBCALL LoopConstraintFree PROTO ((LoopConstraintPtr ));
185
 
NLM_EXTERN LoopConstraintPtr LIBCALL LoopConstraintNew PROTO (( void ));
186
 
NLM_EXTERN LoopConstraintPtr LIBCALL LoopConstraintAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
187
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL LoopConstraintAsnWrite PROTO (( LoopConstraintPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
188
 
 
189
 
 
190
 
 
191
 
/**************************************************
192
 
*
193
 
*    CoreDef
194
 
*
195
 
**************************************************/
196
 
typedef struct struct_CoreDef {
197
 
   Int4   nblocks;
198
 
   struct struct_CoreBlock PNTR   blocks;
199
 
   struct struct_LoopConstraint PNTR   loops;
200
 
} CoreDef, PNTR CoreDefPtr;
201
 
 
202
 
 
203
 
NLM_EXTERN CoreDefPtr LIBCALL CoreDefFree PROTO ((CoreDefPtr ));
204
 
NLM_EXTERN CoreDefPtr LIBCALL CoreDefNew PROTO (( void ));
205
 
NLM_EXTERN CoreDefPtr LIBCALL CoreDefAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
206
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL CoreDefAsnWrite PROTO (( CoreDefPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
207
 
 
208
 
 
209
 
 
210
 
/**************************************************
211
 
*
212
 
*    FormatRpsDbParameters
213
 
*
214
 
**************************************************/
215
 
typedef struct struct_FormatRpsDbParameters {
216
 
   CharPtr   matrixName;
217
 
   Int4   gapOpen;
218
 
   Int4   gapExtend;
219
 
} FormatRpsDbParameters, PNTR FormatRpsDbParametersPtr;
220
 
 
221
 
 
222
 
NLM_EXTERN FormatRpsDbParametersPtr LIBCALL FormatRpsDbParametersFree PROTO ((FormatRpsDbParametersPtr ));
223
 
NLM_EXTERN FormatRpsDbParametersPtr LIBCALL FormatRpsDbParametersNew PROTO (( void ));
224
 
NLM_EXTERN FormatRpsDbParametersPtr LIBCALL FormatRpsDbParametersAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
225
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL FormatRpsDbParametersAsnWrite PROTO (( FormatRpsDbParametersPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
226
 
 
227
 
#ifdef __cplusplus
228
 
/* { */ }
229
 
#endif
230
 
 
231
 
#endif /* _objscoremat_ */
232
 
 
233
 
#undef NLM_EXTERN
234
 
#ifdef NLM_EXPORT
235
 
#define NLM_EXTERN NLM_EXPORT
236
 
#else
237
 
#define NLM_EXTERN
238
 
#endif
239