~ubuntu-branches/ubuntu/raring/paml/raring

0.425093 

0.276818 0.751878 

0.395144 0.123954 5.076149 

2.489084 0.534551 0.528768 0.062556 

0.969894 2.807908 1.695752 0.523386 0.084808 

1.038545 0.363970 0.541712 5.243870 0.003499 4.128591 

2.066040 0.390192 1.437645 0.844926 0.569265 0.267959 0.348847 

0.358858 2.426601 4.509238 0.927114 0.640543 4.813505 0.423881 0.311484 

0.149830 0.126991 0.191503 0.010690 0.320627 0.072854 0.044265 0.008705 0.108882 

0.395337 0.301848 0.068427 0.015076 0.594007 0.582457 0.069673 0.044261 0.366317 4.145067 

0.536518 6.326067 2.145078 0.282959 0.013266 3.234294 1.807177 0.296636 0.697264 0.159069 0.137500 

1.124035 0.484133 0.371004 0.025548 0.893680 1.672569 0.173735 0.139538 0.442472 4.273607 6.312358 0.656604 

0.253701 0.052722 0.089525 0.017416 1.105251 0.035855 0.018811 0.089586 0.682139 1.112727 2.592692 0.023918 1.798853 

1.177651 0.332533 0.161787 0.394456 0.075382 0.624294 0.419409 0.196961 0.508851 0.078281 0.249060 0.390322 0.099849 0.094464 

4.727182 0.858151 4.008358 1.240275 2.784478 1.223828 0.611973 1.739990 0.990012 0.064105 0.182287 0.748683 0.346960 0.361819 1.338132 

2.139501 0.578987 2.000679 0.425860 1.143480 1.080136 0.604545 0.129836 0.584262 1.033739 0.302936 1.136863 2.020366 0.165001 0.571468 6.472279 

0.180717 0.593607 0.045376 0.029890 0.670128 0.236199 0.077852 0.268491 0.597054 0.111660 0.619632 0.049906 0.696175 2.457121 0.095131 0.248862 0.140825 

0.218959 0.314440 0.612025 0.135107 1.165532 0.257336 0.120037 0.054679 5.306834 0.232523 0.299648 0.131932 0.481306 7.803902 0.089613 0.400547 0.245841 3.151815 

2.547870 0.170887 0.083688 0.037967 1.959291 0.210332 0.245034 0.076701 0.119013 10.649107 1.702745 0.185202 1.898718 0.654683 0.296501 0.098369 2.188158 0.189510 0.249313 

 

0.079066 0.055941 0.041977 0.053052 0.012937 0.040767 0.071586 0.057337 0.022355 0.062157 0.099081 0.064600 0.022951 0.042302 0.044040 0.061197 0.053287 0.012066 0.034155 0.069147 

 

 A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V

Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val

  

        Symmetrical part of the rate matrix and aa frequencies,

estimated from 3905 globular protein amino acid sequences forming 182

protein families.

        The first part above indicates the symmetric 'exchangeability'

parameters, where s_ij = s_ji.  The s_ij above are not scaled, but the

PAML package will perform this scaling.

        The second part gives the amino acid frequencies (pi_i)

estimated from the 3905 sequences.  The net replacement rate from i to

j is Q_ij = s_ij*pi_j.

 

 

Citation:

 

Le, S. Q., and O. Gascuel. 2008. An improved general amino acid replacement matrix. Mol. Biol. Evol. 25:1307-1320.