~ubuntu-branches/ubuntu/raring/paml/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to yn00.ctl

• browse files at revision 1
• compare with another revision
• download diff
• download tarball
• view history from revision 1

Show diffs side-by-side

added

removed

yn00.ctl

 

1

      seqfile = examples/abglobin.nuc * sequence data file name

 

2

      outfile = yn           * main result file

 

3

      verbose = 0  * 1: detailed output (list sequences), 0: concise output

 

4

 

 

5

        icode = 0  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below

 

6

 

 

7

    weighting = 0  * weighting pathways between codons (0/1)?

 

8

   commonf3x4 = 0  * use one set of codon freqs for all pairs (0/1)? 

 

9

*       ndata = 1

 

10

 

 

11

 

 

12

* Genetic codes: 0:universal, 1:mammalian mt., 2:yeast mt., 3:mold mt.,

 

13

* 4: invertebrate mt., 5: ciliate nuclear, 6: echinoderm mt., 

 

14

* 7: euplotid mt., 8: alternative yeast nu. 9: ascidian mt., 

 

15

* 10: blepharisma nu.

 

16

* These codes correspond to transl_table 1 to 11 of GENEBANK.

• Older »

Loggerhead is a web-based interface for Breezy
Version: 2.0.1