← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/paml/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/lysin/codeml.ctl

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Pjotr Prins
  • Date: 2010-09-11 23:01:37 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100911230137-jjf5d0blx5p0m9ba
Tags: upstream-4.4c
Import upstream version 4.4c

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/lysin/codeml.ctl
 
1
      seqfile = lysin.nuc
 
2
     treefile = lysin.trees
 
3
 
 
4
      outfile = mlc          * main result file name
 
5
        noisy = 9   * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen
 
6
      verbose = 1   * 1: detailed output, 0: concise output
 
7
      runmode = 0   * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic
 
8
                    * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise
 
9
 
 
10
      seqtype = 1   * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs
 
11
    CodonFreq = 2   * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table
 
12
        clock = 0   * 0: no clock, unrooted tree, 1: clock, rooted tree
 
13
        model = 0
 
14
                    * models for codons:
 
15
                        * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches
 
16
 
 
17
      NSsites = 8   * 0:one w;1:neutral;2:positive; 3:discrete;4:freqs;
 
18
                    * 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:betaγ
 
19
                    * 10:beta&1+gamma; 11:beta&1>normal; 12:0&2normal; 13:3normal
 
20
        icode = 0   * 0:standard genetic code; 1:mammalian mt; 2-10:see below
 
21
 
 
22
    fix_kappa = 0   * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated
 
23
        kappa = 1.6   * initial or fixed kappa
 
24
    fix_omega = 0   * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate 
 
25
        omega = .8  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs
 
26
 
 
27
        ncatG = 10   * # of categories in dG of NSsites models
 
28
 
 
29
        getSE = 0   * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates
 
30
 RateAncestor = 0   * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)
 
31
 
 
32
   Small_Diff = 3e-7
 
33
    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?
 
34
       method = 0  * 0: simultaneous; 1: one branch at a time