← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bwa/saucy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to ChangeLog

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-02-08 16:11:12 UTC
  • mfrom: (1.1.7 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110208161112-1fvt0mtygl8rhajf
Tags: 0.5.9-1
* New usptream release
  - Upstream moved to GitHub (debian/upstream-metadata.yaml).
  - Checked copyright; one file was removed (debian/copyright).
* Migrated the Debian source package to Git (debian/control).
* Use Debhelper 8 (debian/control, debian/compat).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
ChangeLog
1
1
------------------------------------------------------------------------
 
2
r1605 | lh3 | 2010-12-29 20:20:20 -0500 (Wed, 29 Dec 2010) | 3 lines
 
3
Changed paths:
 
4
   M /branches/prog/bwa/bwtsw2_aux.c
 
5
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
6
 
 
7
 * bwa-0.5.9rc1-2 (r1605)
 
8
 * fixed a typo/bug in bwasw
 
9
 
 
10
------------------------------------------------------------------------
 
11
r1587 | lh3 | 2010-12-21 18:48:30 -0500 (Tue, 21 Dec 2010) | 2 lines
 
12
Changed paths:
 
13
   M /branches/prog/bwa/bwa.1
 
14
 
 
15
a typo in the manual
 
16
 
 
17
------------------------------------------------------------------------
 
18
r1586 | lh3 | 2010-12-21 18:47:48 -0500 (Tue, 21 Dec 2010) | 3 lines
 
19
Changed paths:
 
20
   M /branches/prog/bwa/bwape.c
 
21
   M /branches/prog/bwa/bwase.c
 
22
   M /branches/prog/bwa/bwtaln.c
 
23
   M /branches/prog/bwa/bwtsw2_main.c
 
24
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
25
   M /branches/prog/bwa/utils.c
 
26
   M /branches/prog/bwa/utils.h
 
27
 
 
28
 * bwa-0.5.9rc1-1 (r1586)
 
29
 * a few patches by John
 
30
 
 
31
------------------------------------------------------------------------
 
32
r1562 | lh3 | 2010-12-10 01:02:06 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 2 lines
 
33
Changed paths:
 
34
   M /branches/prog/bwa/bwa.1
 
35
   M /branches/prog/bwa/bwape.c
 
36
   M /branches/prog/bwa/bwase.c
 
37
 
 
38
documentation on specifying @RG
 
39
 
 
40
------------------------------------------------------------------------
 
41
r1561 | lh3 | 2010-12-10 00:45:40 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 2 lines
 
42
Changed paths:
 
43
   M /branches/prog/bwa/ChangeLog
 
44
   M /branches/prog/bwa/NEWS
 
45
   M /branches/prog/bwa/bwa.1
 
46
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
47
 
 
48
Release bwa-0.5.9rc1 (r1561)
 
49
 
 
50
------------------------------------------------------------------------
 
51
r1560 | lh3 | 2010-12-10 00:29:08 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 3 lines
 
52
Changed paths:
 
53
   M /branches/prog/bwa/bwaseqio.c
 
54
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
55
 
 
56
 * fixed a small memory leak caused by the BAM reader
 
57
 * fixed a memory violation, also in the BAM reader
 
58
 
 
59
------------------------------------------------------------------------
 
60
r1559 | lh3 | 2010-12-10 00:10:48 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 2 lines
 
61
Changed paths:
 
62
   M /branches/prog/bwa/ChangeLog
 
63
   M /branches/prog/bwa/Makefile
 
64
 
 
65
change Makefile gcc options
 
66
 
 
67
------------------------------------------------------------------------
 
68
r1558 | lh3 | 2010-12-10 00:09:22 -0500 (Fri, 10 Dec 2010) | 4 lines
 
69
Changed paths:
 
70
   M /branches/prog/bwa/bwtsw2_aux.c
 
71
   M /branches/prog/bwa/bwtsw2_core.c
 
72
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
73
 
 
74
 * bwa-0.5.8-6 (r1557)
 
75
 * added a little more comments to BWA-SW
 
76
 * randomly choosing a mapping if there are more than one
 
77
 
 
78
------------------------------------------------------------------------
 
79
r1557 | lh3 | 2010-12-09 21:58:00 -0500 (Thu, 09 Dec 2010) | 2 lines
 
80
Changed paths:
 
81
   M /branches/prog/bwa/Makefile
 
82
   M /branches/prog/bwa/bwtsw2_aux.c
 
83
 
 
84
sometimes unmapped reads may not be printed...
 
85
 
 
86
------------------------------------------------------------------------
 
87
r1556 | lh3 | 2010-12-09 21:50:26 -0500 (Thu, 09 Dec 2010) | 2 lines
 
88
Changed paths:
 
89
   M /branches/prog/bwa/Makefile
 
90
   M /branches/prog/bwa/bwtsw2_aux.c
 
91
 
 
92
print unmapped reads
 
93
 
 
94
------------------------------------------------------------------------
 
95
r1555 | lh3 | 2010-12-09 21:17:20 -0500 (Thu, 09 Dec 2010) | 3 lines
 
96
Changed paths:
 
97
   M /branches/prog/bwa/ChangeLog
 
98
   M /branches/prog/bwa/bwa.1
 
99
   M /branches/prog/bwa/bwtaln.c
 
100
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
101
 
 
102
 * bwa-0.5.8-5 (r1555)
 
103
 * BAM input documentation
 
104
 
 
105
------------------------------------------------------------------------
 
106
r1544 | lh3 | 2010-11-23 11:01:41 -0500 (Tue, 23 Nov 2010) | 3 lines
 
107
Changed paths:
 
108
   M /branches/prog/bwa/bwape.c
 
109
   M /branches/prog/bwa/bwase.c
 
110
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
111
 
 
112
 * bwa-0.5.8-4 (r1544)
 
113
 * supporting adding RG tags and RG lines
 
114
 
 
115
------------------------------------------------------------------------
 
116
r1543 | lh3 | 2010-11-23 00:16:40 -0500 (Tue, 23 Nov 2010) | 3 lines
 
117
Changed paths:
 
118
   M /branches/prog/bwa/bwtaln.c
 
119
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
120
 
 
121
 * bwa-0.5.8-3 (r1543)
 
122
 * fixed a memory leak
 
123
 
 
124
------------------------------------------------------------------------
 
125
r1542 | lh3 | 2010-11-22 23:50:56 -0500 (Mon, 22 Nov 2010) | 3 lines
 
126
Changed paths:
 
127
   M /branches/prog/bwa/bwase.c
 
128
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
129
 
 
130
 * bwa-0.5.8-2 (r1542)
 
131
 * fixed a long existing bug in random placement of reads
 
132
 
 
133
------------------------------------------------------------------------
 
134
r1541 | lh3 | 2010-11-22 23:27:29 -0500 (Mon, 22 Nov 2010) | 2 lines
 
135
Changed paths:
 
136
   M /branches/prog/bwa/Makefile
 
137
   A /branches/prog/bwa/bamlite.c
 
138
   A /branches/prog/bwa/bamlite.h
 
139
   M /branches/prog/bwa/bwape.c
 
140
   M /branches/prog/bwa/bwase.c
 
141
   M /branches/prog/bwa/bwaseqio.c
 
142
   M /branches/prog/bwa/bwtaln.c
 
143
   M /branches/prog/bwa/bwtaln.h
 
144
   M /branches/prog/bwa/main.c
 
145
 
 
146
preliminary BAM input support
 
147
 
 
148
------------------------------------------------------------------------
 
149
r1537 | lh3 | 2010-10-16 23:46:20 -0400 (Sat, 16 Oct 2010) | 2 lines
 
150
Changed paths:
 
151
   M /branches/prog/bwa/ChangeLog
 
152
   M /branches/prog/bwa/bwa.1
 
153
 
 
154
change version number and ChangeLog
 
155
 
 
156
------------------------------------------------------------------------
2
157
r1536 | lh3 | 2010-10-16 23:35:10 -0400 (Sat, 16 Oct 2010) | 3 lines
3
158
Changed paths:
4
159
   M /branches/prog/bwa/bwape.c