← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/fastqc/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Help/3 Analysis Modules/1 Basic Statistics.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2012-11-20 13:38:32 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121120133832-psohzlsak64g7bdy
Tags: upstream-0.10.1+dfsg
Import upstream version 0.10.1+dfsg

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Help/3 Analysis Modules/1 Basic Statistics.html
 
1
<html>
 
2
 
 
3
<head>
 
4
<title>Basic Statistics</title>
 
5
<style type="text/css">
 
6
        body {
 
7
                font-family: sans-serif;
 
8
        }
 
9
</style>
 
10
</head>
 
11
<body>
 
12
<h1>Basic Statistics</h1>
 
13
<h2>Summary</h2>
 
14
<p>
 
15
The Basic Statistics module generates some simple composition
 
16
statistics for the file analysed.
 
17
</p>
 
18
 
 
19
<ul>
 
20
<li>Filename: The original filename of the file which was analysed</li>
 
21
<li>File type: Says whether the file appeared to contain actual base calls or
 
22
colorspace data which had to be converted to base calls</li>
 
23
<li>Encoding: Says which ASCII encoding of quality values was found in this
 
24
file.
 
25
</li><li>Total Sequences: A count of the total number of sequences processed.
 
26
There are two values reported, actual and estimated.  At the moment these
 
27
will always be the same.  In the future it may be possible to analyse just
 
28
a subset of sequences and estimate the total number, to speed up the analysis,
 
29
but since we have found that problematic sequences are not evenly distributed
 
30
through a file we have disabled this for now.</li>
 
31
<li>Filtered Sequences: If running in Casava mode sequences flagged to be 
 
32
filtered will be removed from all analyses. The number of such sequences
 
33
removed will be reported here. The total sequences count above will not include
 
34
these filtered sequences and will the number of sequences actually used for the
 
35
rest of the analysis.</li>
 
36
<li>Sequence Length: Provides the length of the shortest and longest sequence
 
37
in the set.  If all sequences are the same length only one value is reported.
 
38
</li>
 
39
<li>%GC: The overall %GC of all bases in all sequences</li>
 
40
</ul>
 
41
 
 
42
<h2>Warning</h2>
 
43
<p>
 
44
Basic Statistics never raises a warning.
 
45
</p>
 
46
 
 
47
<h2>Failure</h2>
 
48
<p>
 
49
Basic Statistics never raises an error.
 
50
</p>
 
51
 
 
52
</body>
 
53
</html>