~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/fastqc/saucy-proposed

/**

 * Copyright Copyright 2010-12 Simon Andrews

 *

 *    This file is part of FastQC.

 *

 *    FastQC is free software; you can redistribute it and/or modify

 *    it under the terms of the GNU General Public License as published by

 *    the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or

 *    (at your option) any later version.

 *

 *    FastQC is distributed in the hope that it will be useful,

 *    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of

 *    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the

 *    GNU General Public License for more details.

 *

 *    You should have received a copy of the GNU General Public License

 *    along with FastQC; if not, write to the Free Software

 *    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA

 */

package uk.ac.babraham.FastQC.Analysis;

 

import java.util.LinkedList;

 

import uk.ac.babraham.FastQC.Modules.QCModule;

import uk.ac.babraham.FastQC.Sequence.SequenceFile;

 

public class AnalysisQueue implements Runnable, AnalysisListener{

 

        private static AnalysisQueue instance = new AnalysisQueue();

        

        private LinkedList<AnalysisRunner>queue = new LinkedList<AnalysisRunner>();

        

        private int availableSlots = 1;

        private int usedSlots = 0;

        

        public static AnalysisQueue getInstance () {

                return instance;

        }

        

        private AnalysisQueue () {

                

                if (System.getProperty("fastqc.threads") != null) {

                        try {

                                availableSlots = Integer.parseInt(System.getProperty("fastqc.threads"));

                        }

                        catch (NumberFormatException nfe) {

                                System.err.println("Thead limit '"+System.getProperty("fastqc.threads")+" wasn't a number");

                                availableSlots = 1;

                        }

                        

                        if (availableSlots < 1) {

                                System.err.println("Thead limit '"+System.getProperty("fastqc.threads")+" must be > 1");

                                availableSlots = 1;

                        }

                        

                }

                

                Thread t = new Thread(this);

                t.start();

        }

        

        public void addToQueue (AnalysisRunner runner) {

                queue.add(runner);

        }

 

        public void run() {

 

                while (true) {

//                      System.err.println("Status available="+availableSlots+" used="+usedSlots+" queue="+queue.size());

                        if (availableSlots > usedSlots && queue.size() > 0) {

                                ++usedSlots;

                                AnalysisRunner currentRun = queue.getFirst();

                                queue.removeFirst();

                                currentRun.addAnalysisListener(this);

                                Thread t = new Thread(currentRun);

                                t.start();

                        }

                        

                        try {

                                Thread.sleep(500);

                        } catch (InterruptedException e) {}

                }

        }

 

        public void analysisComplete(SequenceFile file, QCModule[] results) {

                --usedSlots;

        }

 

        public void analysisUpdated(SequenceFile file, int sequencesProcessed, int percentComplete) {}

 

        public void analysisExceptionReceived(SequenceFile file, Exception e) {

                --usedSlots;

        }

 

        public void analysisStarted(SequenceFile file) {}

        

        

}