← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/fastqc/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Help/3 Analysis Modules/7 Per Base N Content.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2012-11-20 13:38:32 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121120133832-psohzlsak64g7bdy
Tags: upstream-0.10.1+dfsg
Import upstream version 0.10.1+dfsg

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Help/3 Analysis Modules/7 Per Base N Content.html
 
1
<html>
 
2
 
 
3
<head>
 
4
<title>Per Base N Content</title>
 
5
<style type="text/css">
 
6
        body {
 
7
                font-family: sans-serif;
 
8
        }
 
9
</style>
 
10
</head>
 
11
<body>
 
12
<h1>Per Base N Content</h1>
 
13
<h2>Summary</h2>
 
14
<p>
 
15
If a sequencer is unable to make a base call with sufficient confidence
 
16
then it will normally substitute an N rather than a conventional base]
 
17
call
 
18
</p>
 
19
<p>
 
20
This module plots out the percentage of base calls at each position for
 
21
which an N was called.
 
22
</p>
 
23
<p><img src="per_base_n_content.png"></p>
 
24
 
 
25
<p>
 
26
It's not unusual to see a very low proportion of Ns appearing in a sequence, 
 
27
especially nearer the end of a sequence.  However, if this proportion rises
 
28
above a few percent it suggests that the analysis pipeline was unable to
 
29
interpret the data well enough to make valid base calls.
 
30
</p>
 
31
 
 
32
<h2>Warning</h2>
 
33
<p>
 
34
This module raises a warning if any position shows an N content of >5%.
 
35
</p>
 
36
 
 
37
<h2>Failure</h2>
 
38
<p>
 
39
This module will raise an error if any position shows an N content of >20%.
 
40
</p>
 
41
 
 
42
</body>
 
43
</html>