~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/paml/saucy

 

  23.18

  26.95  13.24

  17.67   1.90 794.38

  59.93 103.33  58.94   1.90

   1.90 220.99 173.56  55.28  75.24

   9.77   1.90  63.05 583.55   1.90 313.56

 120.71  23.03  53.30  56.77  30.71   6.75  28.28

  13.90 165.23 496.13 113.99 141.49 582.40  49.12   1.90

  96.49   1.90  27.10   4.34  62.73   8.34   3.31   5.98  12.26

  25.46  15.58  15.16   1.90  25.65  39.70   1.90   2.41  11.49 329.09

   8.36 141.40 608.70   2.31   1.90 465.58 313.86  22.73 127.67  19.57  14.88

 141.88   1.90  65.41   1.90   6.18  47.37   1.90   1.90  11.97 517.98 537.53  91.37

   6.37   4.69  15.20   4.98  70.80  19.11   2.67   1.90  48.16  84.67 216.06   6.44  90.82

  54.31  23.64  73.31  13.43  31.26 137.29  12.83   1.90  60.97  20.63  40.10  50.10  18.84  17.31

 387.86   6.04 494.39  69.02 277.05  54.11  54.71 125.93  77.46  47.70  73.61 105.79 111.16  64.29 169.90

 480.72   2.08 238.46  28.01 179.97  94.93  14.82  11.17  44.78 368.43 126.40 136.33 528.17  33.85 128.22 597.21

   1.90  21.95  10.68  19.86  33.60   1.90   1.90  10.92   7.08   1.90  32.44  24.00  21.71   7.84   4.21  38.58   9.99

   6.48   1.90 191.36  21.21 254.77  38.82  13.12   3.21 670.14  25.01  44.15  51.17  39.96 465.58  16.21  64.92  38.73  26.25

 195.06   7.64   1.90   1.90   1.90  19.00  21.14   2.53   1.90 1222.94  91.67   1.90 387.54   6.35   8.23   1.90 204.54   5.37   1.90

 

 

0.072 0.019 0.039 0.019 0.006 0.025 0.024 0.056 0.028 0.088 0.169

0.023 0.054 0.061 0.054 0.072 0.086 0.029 0.033 0.043

 

Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val

 

 

S_ij = S_ji and PI_i for the mtREV24 model (Adachi and Hasegawa 1996).

The PI's used to sum to 0.999 and I changed one of the freq from 0.168

into 0.169 so that the sum is 1.  Prepared by Z. Yang according to

data sent by Dr M. Hasegawa.  This matrix was obtained from the 12

mitochondrial proteins encoded by the same strand of the DNA from a

diverse range of species including bird, fish, frog, lamprey, as well

as mammals (see Adachi and Hasegawa 1996 for details).  The other

matrix (mtmam.dat) included in the package is based on the same

proteins from mammals only.

 

Adachi, J. and Hasegawa, M. (1996) MOLPHY version 2.3: programs for

molecular phylogenetics based on maximum likelihood.  Computer Science

Monographs of Institute of Statistical Mathematics 28:1-150.