← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bwa/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to bamlite.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-02-08 16:11:12 UTC
  • mfrom: (1.1.7 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110208161112-1fvt0mtygl8rhajf
Tags: 0.5.9-1
* New usptream release
  - Upstream moved to GitHub (debian/upstream-metadata.yaml).
  - Checked copyright; one file was removed (debian/copyright).
* Migrated the Debian source package to Git (debian/control).
* Use Debhelper 8 (debian/control, debian/compat).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
bamlite.c
 
1
#include <stdlib.h>
 
2
#include <ctype.h>
 
3
#include <string.h>
 
4
#include <stdio.h>
 
5
#include "bamlite.h"
 
6
 
 
7
/*********************
 
8
 * from bam_endian.c *
 
9
 *********************/
 
10
 
 
11
static inline int bam_is_big_endian()
 
12
{
 
13
        long one= 1;
 
14
        return !(*((char *)(&one)));
 
15
}
 
16
static inline uint16_t bam_swap_endian_2(uint16_t v)
 
17
{
 
18
        return (uint16_t)(((v & 0x00FF00FFU) << 8) | ((v & 0xFF00FF00U) >> 8));
 
19
}
 
20
static inline void *bam_swap_endian_2p(void *x)
 
21
{
 
22
        *(uint16_t*)x = bam_swap_endian_2(*(uint16_t*)x);
 
23
        return x;
 
24
}
 
25
static inline uint32_t bam_swap_endian_4(uint32_t v)
 
26
{
 
27
        v = ((v & 0x0000FFFFU) << 16) | (v >> 16);
 
28
        return ((v & 0x00FF00FFU) << 8) | ((v & 0xFF00FF00U) >> 8);
 
29
}
 
30
static inline void *bam_swap_endian_4p(void *x)
 
31
{
 
32
        *(uint32_t*)x = bam_swap_endian_4(*(uint32_t*)x);
 
33
        return x;
 
34
}
 
35
static inline uint64_t bam_swap_endian_8(uint64_t v)
 
36
{
 
37
        v = ((v & 0x00000000FFFFFFFFLLU) << 32) | (v >> 32);
 
38
        v = ((v & 0x0000FFFF0000FFFFLLU) << 16) | ((v & 0xFFFF0000FFFF0000LLU) >> 16);
 
39
        return ((v & 0x00FF00FF00FF00FFLLU) << 8) | ((v & 0xFF00FF00FF00FF00LLU) >> 8);
 
40
}
 
41
static inline void *bam_swap_endian_8p(void *x)
 
42
{
 
43
        *(uint64_t*)x = bam_swap_endian_8(*(uint64_t*)x);
 
44
        return x;
 
45
}
 
46
 
 
47
/**************
 
48
 * from bam.c *
 
49
 **************/
 
50
 
 
51
int bam_is_be;
 
52
 
 
53
bam_header_t *bam_header_init()
 
54
{
 
55
        bam_is_be = bam_is_big_endian();
 
56
        return (bam_header_t*)calloc(1, sizeof(bam_header_t));
 
57
}
 
58
 
 
59
void bam_header_destroy(bam_header_t *header)
 
60
{
 
61
        int32_t i;
 
62
        if (header == 0) return;
 
63
        if (header->target_name) {
 
64
                for (i = 0; i < header->n_targets; ++i)
 
65
                        free(header->target_name[i]);
 
66
                free(header->target_name);
 
67
                free(header->target_len);
 
68
        }
 
69
        free(header->text);
 
70
        free(header);
 
71
}
 
72
 
 
73
bam_header_t *bam_header_read(bamFile fp)
 
74
{
 
75
        bam_header_t *header;
 
76
        char buf[4];
 
77
        int magic_len;
 
78
        int32_t i = 1, name_len;
 
79
        // read "BAM1"
 
80
        magic_len = bam_read(fp, buf, 4);
 
81
        if (magic_len != 4 || strncmp(buf, "BAM\001", 4) != 0) {
 
82
                fprintf(stderr, "[bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file).\n");
 
83
                return 0;
 
84
        }
 
85
        header = bam_header_init();
 
86
        // read plain text and the number of reference sequences
 
87
        bam_read(fp, &header->l_text, 4);
 
88
        if (bam_is_be) bam_swap_endian_4p(&header->l_text);
 
89
        header->text = (char*)calloc(header->l_text + 1, 1);
 
90
        bam_read(fp, header->text, header->l_text);
 
91
        bam_read(fp, &header->n_targets, 4);
 
92
        if (bam_is_be) bam_swap_endian_4p(&header->n_targets);
 
93
        // read reference sequence names and lengths
 
94
        header->target_name = (char**)calloc(header->n_targets, sizeof(char*));
 
95
        header->target_len = (uint32_t*)calloc(header->n_targets, 4);
 
96
        for (i = 0; i != header->n_targets; ++i) {
 
97
                bam_read(fp, &name_len, 4);
 
98
                if (bam_is_be) bam_swap_endian_4p(&name_len);
 
99
                header->target_name[i] = (char*)calloc(name_len, 1);
 
100
                bam_read(fp, header->target_name[i], name_len);
 
101
                bam_read(fp, &header->target_len[i], 4);
 
102
                if (bam_is_be) bam_swap_endian_4p(&header->target_len[i]);
 
103
        }
 
104
        return header;
 
105
}
 
106
 
 
107
static void swap_endian_data(const bam1_core_t *c, int data_len, uint8_t *data)
 
108
{
 
109
        uint8_t *s;
 
110
        uint32_t i, *cigar = (uint32_t*)(data + c->l_qname);
 
111
        s = data + c->n_cigar*4 + c->l_qname + c->l_qseq + (c->l_qseq + 1)/2;
 
112
        for (i = 0; i < c->n_cigar; ++i) bam_swap_endian_4p(&cigar[i]);
 
113
        while (s < data + data_len) {
 
114
                uint8_t type;
 
115
                s += 2; // skip key
 
116
                type = toupper(*s); ++s; // skip type
 
117
                if (type == 'C' || type == 'A') ++s;
 
118
                else if (type == 'S') { bam_swap_endian_2p(s); s += 2; }
 
119
                else if (type == 'I' || type == 'F') { bam_swap_endian_4p(s); s += 4; }
 
120
                else if (type == 'D') { bam_swap_endian_8p(s); s += 8; }
 
121
                else if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*s) ++s; ++s; }
 
122
        }
 
123
}
 
124
 
 
125
int bam_read1(bamFile fp, bam1_t *b)
 
126
{
 
127
        bam1_core_t *c = &b->core;
 
128
        int32_t block_len, ret, i;
 
129
        uint32_t x[8];
 
130
 
 
131
        if ((ret = bam_read(fp, &block_len, 4)) != 4) {
 
132
                if (ret == 0) return -1; // normal end-of-file
 
133
                else return -2; // truncated
 
134
        }
 
135
        if (bam_read(fp, x, sizeof(bam1_core_t)) != sizeof(bam1_core_t)) return -3;
 
136
        if (bam_is_be) {
 
137
                bam_swap_endian_4p(&block_len);
 
138
                for (i = 0; i < 8; ++i) bam_swap_endian_4p(x + i);
 
139
        }
 
140
        c->tid = x[0]; c->pos = x[1];
 
141
        c->bin = x[2]>>16; c->qual = x[2]>>8&0xff; c->l_qname = x[2]&0xff;
 
142
        c->flag = x[3]>>16; c->n_cigar = x[3]&0xffff;
 
143
        c->l_qseq = x[4];
 
144
        c->mtid = x[5]; c->mpos = x[6]; c->isize = x[7];
 
145
        b->data_len = block_len - sizeof(bam1_core_t);
 
146
        if (b->m_data < b->data_len) {
 
147
                b->m_data = b->data_len;
 
148
                kroundup32(b->m_data);
 
149
                b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
 
150
        }
 
151
        if (bam_read(fp, b->data, b->data_len) != b->data_len) return -4;
 
152
        b->l_aux = b->data_len - c->n_cigar * 4 - c->l_qname - c->l_qseq - (c->l_qseq+1)/2;
 
153
        if (bam_is_be) swap_endian_data(c, b->data_len, b->data);
 
154
        return 4 + block_len;
 
155
}