← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/gridengine/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to source/dist/mpi/README.atm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Mark Hymers
  • Date: 2008-06-25 22:36:13 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080625223613-tvd9xlhuoct9kyhm
Tags: upstream-6.2~beta2
Import upstream version 6.2~beta2

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
source/dist/mpi/README.atm
 
1
                        MPI jobs over ATM
 
2
                        -----------------
 
3
 
 
4
This file describes what must be done to start distributed memory MPI jobs
 
5
that use the faster ATM connection instead of slow ethernet connections.
 
6
 
 
7
 
 
8
1. How it works?
 
9
----------------
 
10
 
 
11
MPI will automatically use ATM interconnections in case the MPI machinefile
 
12
contains ATM hostnames instead of regular hostnames. The machine file is
 
13
created by the startup script 'startmpi.sh' for MPI parallel environments
 
14
according the decisions of the Grid Engine scheduler. The mapping from
 
15
regular hostnames into ATM hostnames should be done by the startup script
 
16
for MPI parallel environments.
 
17
 
 
18
 
 
19
2. What to do?
 
20
--------------
 
21
 
 
22
Search in the script $SGE_ROOT/mpi/startmpi.sh for a comment containing
 
23
the acronym ATM. The command after this comment
 
24
 
 
25
  echo $host
 
26
 
 
27
writes regular hostnames as they come from scheduler into the machinefile.
 
28
Ensure that the regular hostname is converted - according to your scheme of
 
29
name mapping - into an ATM hostname. If for example your scheme is to add
 
30
'ATM' to each regular hostname in order to get an ATM hostname then you
 
31
could perform mapping easily by replacing the line with
 
32
 
 
33
  echo ${host}ATM
 
34
 
 
35
 
 
36
3. mpirun uses 'hostname'
 
37
-------------------------
 
38
 
 
39
It is possible that the mapped hostnames cause trouble in the 'mpirun'
 
40
script. 'mpirun' uses the 'hostname' command to retrieve the local hostname.
 
41
'mpirun' compares this hostname with hostnames in the machine file
 
42
containing ATM hostnames. The regular 'hostname' command does not return ATM
 
43
hostnames and thus the comparation of hostnames fails which leads to a wrong
 
44
distribution of tasks. A clean way to fix this problem is to use the
 
45
hostname wrapper in this directory. You can enforce the use of this wrapper
 
46
by placing it in the $TMPDIR directory which is created for each job. The
 
47
startup script for mpi 'startmpi.sh' will do this for you if it is started
 
48
using the -catch_hostname option by installing a symbolic link. Note that
 
49
this will not work in case
 
50
 
 
51
   $SGE_ROOT/mpi/hostname
 
52
 
 
53
is not available at all execution hosts. If so feel free to use rcp, ftp in
 
54
order to make the 'hostname' wrapper available under $TMPDIR/hostname
 
55
 
 
56
 
 
57
4) Copyright
 
58
------------
 
59
___INFO__MARK_BEGIN__
 
60
The Contents of this file are made available subject to the terms of the Sun 
 
61
Industry Standards Source License Version 1.2
 
62
 
 
63
Sun Microsystems Inc., March, 2001
 
64
 
 
65
Sun Industry Standards Source License Version 1.2
 
66
=================================================
 
67
 
 
68
The contents of this file are subject to the Sun Industry Standards Source
 
69
License Version 1.2 (the "License"); You may not use this file except in
 
70
compliance with the License. You may obtain a copy of the License at
 
71
http://gridengine.sunsource.net/Gridengine_SISSL_license.html
 
72
 
 
73
Software provided under this License is provided on an "AS IS" basis,
 
74
WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING,
 
75
WITHOUT LIMITATION, WARRANTIES THAT THE SOFTWARE IS FREE OF DEFECTS, 
 
76
MERCHANTABLE, FIT FOR A PARTICULAR PURPOSE, OR NON-INFRINGING.
 
77
 
 
78
See the License for the specific provisions governing your rights and
 
79
obligations concerning the Software.
 
80
 
 
81
The Initial Developer of the Original Code is: Sun Microsystems, Inc.
 
82
 
 
83
Copyright: 2001 by Sun Microsystems, Inc.
 
84
 
 
85
All Rights Reserved.
 
86
___INFO__MARK_END__