~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/pamlHistory.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille, Pjotr Prins, Andreas Tille
  • Date: 2012-05-15 11:10:59 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120515111059-34qte02qzkcnzq5n
Tags: 4.5-1
[ Pjotr Prins ]
* Improved long description.

[ Andreas Tille ]
* New upstream version
* Fixed watch file
* debian/control: Standards-Version: 3.9.3 (no changes needed)
* debian/rules: remove useless dh-make template
* debian/paml.dirs: removed because unneeded
* debian/{install,links}: install all binaries to
  /usr/lib/debian-med/bin and symlink to /usr/bin with the
  exception of evolver which has a name space conflict.  This
  is renamed to /usr/bin/paml-evolver
  Closes: #661519
* debian/{paml.docs,paml-doc.docs}:
   - Adapted to new names
   - do not duplicate the same files into both packages (paml and
     paml-doc)
* debian/profile.d/paml: Set PATH to find paml executables under
  their expected names
* debian/README.Debian: Document the name space conflict solution
* debian/upstream: Citation information
* debhelper 9 (control+compat)
* debian/patches/hardening.patch: Enable propagation of hardening
  flags

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
8
8
(http://www.ucl.ac.uk/discussions/viewforum.php?f=54&sid=577cc7a5ea677a16eef670fac7f51807).
9
9
 
10
10
 
 
11
Version 4.5, December 2011
 
12
 
 
13
baseml.  I have added the joint ancestral reconstruction under the
 
14
nonhomogeneous models (nhomo = 3 or 4).  This works for the model of one
 
15
rate for all sites, and does not work for the model of gamma rates for
 
16
sites.  Also no implementation for the marginal reconstruction.
 
17
 
 
18
mcmctree.  The program now prints out a file called FigTree.tre in the
 
19
current working directory that is readable by FigTree.  The branch
 
20
lengths show the posterior means of times while the bars generated by
 
21
FigTree will indicate the 95% CIs.  I have also added an option to
 
22
deal with TipDate data, such as viral sequences with dates.  See
 
23
examples/TipDate/README2.txt for more notes.
 
24
 
11
25
 
12
26
 
13
27
Version 4.4e, May 2011