← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/TipDate/HIV2ge.tre

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille, Pjotr Prins, Andreas Tille
  • Date: 2012-05-15 11:10:59 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120515111059-34qte02qzkcnzq5n
Tags: 4.5-1
http://bugs.debian.org/661519
[ Pjotr Prins ]
* Improved long description.

[ Andreas Tille ]
* New upstream version
* Fixed watch file
* debian/control: Standards-Version: 3.9.3 (no changes needed)
* debian/rules: remove useless dh-make template
* debian/paml.dirs: removed because unneeded
* debian/{install,links}: install all binaries to
  /usr/lib/debian-med/bin and symlink to /usr/bin with the
  exception of evolver which has a name space conflict.  This
  is renamed to /usr/bin/paml-evolver
  Closes: #661519
* debian/{paml.docs,paml-doc.docs}:
   - Adapted to new names
   - do not duplicate the same files into both packages (paml and
     paml-doc)
* debian/profile.d/paml: Set PATH to find paml executables under
  their expected names
* debian/README.Debian: Document the name space conflict solution
* debian/upstream: Citation information
* debhelper 9 (control+compat)
* debian/patches/hardening.patch: Enable propagation of hardening
  flags

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/TipDate/HIV2ge.tre
 
1
  33  1
 
2
 
 
3
 
 
4
(((SL92eSM1992, (SL92fSM1992, SL92aSM1992)), (((Lib1sm1988,
 
5
FO784h1989), SIVMNE1982), (SIVSTM1989, ((((((JA1990, ON1990),
 
6
EHO1988), UC1h1988), D205h1986), 2238h1989), (((D194h1987, UC2h1988),
 
7
BEN1987), (CAM2CG1987, (ROD1985, ((P07h1995, (P09h1995, NIHZ1986)),
 
8
(P08h1995, (P010h1995, ((P01h1995, ((P02h1995, P06h1995), (P05h1995,
 
9
ALI1989))), (P04h1995, P03h1995)))))))))))), (SL2h1993, (SL92bSM1992,
 
10
SL92cSM1992))); /*  RAxML tree under GTR+G, rooted according to Lemey tree. */
 
11
 
 
12
 
 
13
((((SL92aSM1992, SL92fSM1992), SL92eSM1992), SIVSTM1989, (FO784h1989,
 
14
Lib1sm1988), SIVMNE1982, ((((((ON1990, JA1990), EHO1988), UC1h1988),
 
15
D205h1986), 2238h1989), (((D194h1987, UC2h1988), BEN1987), (P08h1995,
 
16
P010h1995, CAM2CG1987, P09h1995, NIHZ1986, P07h1995, ROD1985,
 
17
((((P06h1995, P02h1995), ALI1989, P05h1995), P01h1995), (P03h1995,
 
18
P04h1995)))))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), 
 
19
SL2h1993)); /* RAxML GTR+G bootstrap consensus tree, with 100 replicates */
 
20
 
 
21
 
 
22
((((((((((P08h1995, (P010h1995, P07h1995)), ((P04h1995, P03h1995),
 
23
(((P05h1995, ALI1989), (P02h1995, P06h1995)), P01h1995))), (P09h1995,
 
24
NIHZ1986)), ROD1985), CAM2CG1987), ((UC2h1988, D194h1987), BEN1987)),
 
25
((D205h1986, ((EHO1988, (ON1990, JA1990)), UC1h1988)), 2238h1989)),
 
26
(SIVSTM1989, ((FO784h1989, Lib1sm1988), SIVMNE1982))), (SL92eSM1992,
 
27
(SL92fSM1992, SL92aSM1992))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), 
 
28
SL2h1993));  /* phyml tree under HKY+G5 */
 
29
 
 
30
 
 
31
((((SL92aSM1992, SL92fSM1992), SL92eSM1992), (SIVMNE1982, (Lib1sm1988,
 
32
FO784h1989)), SIVSTM1989, ((((ON1990, JA1990), UC1h1988, EHO1988,
 
33
D205h1986), 2238h1989), ((BEN1987, (UC2h1988, D194h1987)),
 
34
(((((P02h1995, P06h1995), ALI1989, P05h1995), P01h1995), (P04h1995,
 
35
P03h1995)), ROD1985, NIHZ1986, P010h1995, P09h1995, P08h1995,
 
36
CAM2CG1987, P07h1995)))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), 
 
37
SL2h1993));  /* PhyML HKY+G5 bootstrap tree, with 1000 replicates */ 
 
38
 
 
39
 
 
40
((SL2h1993, (SL92bSM1992, SL92cSM1992)), ((SIVSTM1989, (SL92eSM1992,
 
41
(SL92aSM1992, SL92fSM1992))), (SIVMNE1982, (Lib1sm1988, FO784h1989)),
 
42
(2238h1989, ((UC1h1988, EHO1988, D205h1986, (JA1990, ON1990)),
 
43
((BEN1987, (D194h1987, UC2h1988)), ((ROD1985, P07h1995, P08h1995,
 
44
CAM2CG1987, NIHZ1986, P09h1995, P010h1995), ((P01h1995, ((P06h1995,
 
45
P02h1995), (ALI1989, P05h1995))), (P03h1995, P04h1995))))))));  /* tree from Lemey et al. */