← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/TipDate2Delete/README2.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille, Pjotr Prins, Andreas Tille
  • Date: 2012-05-15 11:10:59 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120515111059-34qte02qzkcnzq5n
Tags: 4.5-1
http://bugs.debian.org/661519
[ Pjotr Prins ]
* Improved long description.

[ Andreas Tille ]
* New upstream version
* Fixed watch file
* debian/control: Standards-Version: 3.9.3 (no changes needed)
* debian/rules: remove useless dh-make template
* debian/paml.dirs: removed because unneeded
* debian/{install,links}: install all binaries to
  /usr/lib/debian-med/bin and symlink to /usr/bin with the
  exception of evolver which has a name space conflict.  This
  is renamed to /usr/bin/paml-evolver
  Closes: #661519
* debian/{paml.docs,paml-doc.docs}:
   - Adapted to new names
   - do not duplicate the same files into both packages (paml and
     paml-doc)
* debian/profile.d/paml: Set PATH to find paml executables under
  their expected names
* debian/README.Debian: Document the name space conflict solution
* debian/upstream: Citation information
* debhelper 9 (control+compat)
* debian/patches/hardening.patch: Enable propagation of hardening
  flags

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/TipDate2Delete/README2.txt
 
1
readme2.txt
 
2
28 July 2011, Ziheng Yang
 
3
 
 
4
This examples dates divergences of sequences with sample dates, such as viral sequences.
 
5
The control file is mcmctree.ctl, and you run the program mcmctree using it, for example, with 
 
6
 
 
7
   ..\..\bin\mcmctree (on Windows)
 
8
 
 
9
   ../..\bin/mcmctree (on Macs or Linux)
 
10
 
 
11
Please look at the control file mcmctree.ctl, the paml/mcmctree
 
12
documentation in the doc/ folder, and perhaps also the step-by-step
 
13
manual for running mcmctree.
 
14
 
 
15
The following line in the control file specifies the TipDate model.  The second number is the time unit.  
 
16
 
 
17
       TipDate = 1 100  * TipDate (1) & time unit
 
18
 
 
19
When you run the default analysis, you will see the following printout on the monitor.
 
20
 
 
21
TipDate model
 
22
Date range: (94.00, 56.00) => (0, 0.38).  TimeUnit = 100.00.
 
23
 
 
24
The program scans the sequence names, and take the last field in the
 
25
sequence name as the sampling date.  The most recent sample date will
 
26
be time zero, and the other times will be rescaled using the time
 
27
unit.  For example the sequences in the example dataset are from 1994
 
28
to 1956, with 1994 becoming time 0, and 1956 becoming 0.38 as one time
 
29
unit is specified to be 100 years.
 
30
 
 
31
You should specify a prior on the age of the root of the tree.
 
32
 
 
33
      RootAge = B(0.8, 1.2, 0.01, 0.02)  * root age constraints
 
34
 
 
35
The above means that the age of root is between 0.8 and 1.2 time
 
36
units, with those bounds violated with probability 1% and 2&.
 
37
 
 
38
Other things that are important include the prior on the substitution rate 
 
39
 
 
40
      rgene_gamma = 1 20   * gamma prior G(a, b) for rate for genes
 
41
 
 
42
Note that the gamma distribution G(alpha, beta) has shape parameter
 
43
alpha and scale parameter beta.  You specify alpha depending on how
 
44
much confidence you have (with alpha = 1 to be a diffuse prior and
 
45
alpha = 5 or 10 to be informative priors, say), and the mean
 
46
alpha/beta so that the rate is at the right range.  Here alpha = 1
 
47
means a diffuse prior, while alpha/beta = 0.05 means 0.05 changes per
 
48
site per time unit, or 0.0005 changes per site per year (since the time
 
49
unit is 100 years).
 
50
 
 
51
The clock model may also be important.
 
52
 
 
53
      clock = 1    * 1: global clock; 2: independent rates; 3: correlated rates
 
54
 
 
55
//end of file