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  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko, Andreas Tille
  • Date: 2012-06-24 22:54:29 UTC
  • mfrom: (1.1.12)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120624225429-y81u0gzrppi3fhyf
Tags: 6.1.20120620-2
[ Andreas Tille ]
debian/upstream: Strings containing ': ' need to be quoted.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
asn/asn.all
743
743
END
744
744
    
745
745
 
746
 
--$Revision: 6.22 $
 
746
--$Revision: 6.24 $
747
747
--**********************************************************************
748
748
--
749
749
--  NCBI Sequence elements
838
838
    biomol INTEGER {
839
839
        unknown (0) ,
840
840
        genomic (1) ,
841
 
        pre-RNA (2) ,              -- precursor RNA of any sort really 
 
841
        pre-RNA (2) ,              -- precursor RNA of any sort really
842
842
        mRNA (3) ,
843
843
        rRNA (4) ,
844
844
        tRNA (5) ,
903
903
GIBB-mol ::= ENUMERATED {       -- type of molecule represented
904
904
    unknown (0) ,
905
905
    genomic (1) ,
906
 
    pre-mRNA (2) ,              -- precursor RNA of any sort really 
 
906
    pre-mRNA (2) ,              -- precursor RNA of any sort really
907
907
    mRNA (3) ,
908
908
    rRNA (4) ,
909
909
    tRNA (5) ,
913
913
    other-genetic (9) ,      -- other genetic material
914
914
    genomic-mRNA (10) ,      -- reported a mix of genomic and cdna sequence
915
915
    other (255) }
916
 
    
 
916
 
917
917
GIBB-mod ::= ENUMERATED {        -- GenInfo Backbone modifiers
918
918
    dna (0) ,
919
919
    rna (1) ,
952
952
    seq-pept-homol (5) ,   -- sequenced peptide, ordered by homology
953
953
    concept-trans-a (6) ,  -- conceptual transl. supplied by author
954
954
    other (255) }
955
 
    
 
955
 
956
956
Numbering ::= CHOICE {           -- any display numbering system
957
957
    cont Num-cont ,              -- continuous numbering
958
958
    enum Num-enum ,              -- enumerated names for residues
959
959
    ref Num-ref ,                -- by reference to another sequence
960
960
    real Num-real }              -- supports mapping to a float system
961
 
    
 
961
 
962
962
Num-cont ::= SEQUENCE {          -- continuous display numbering system
963
963
    refnum INTEGER DEFAULT 1,         -- number assigned to first residue
964
964
    has-zero BOOLEAN DEFAULT FALSE ,  -- 0 used?
1083
1083
Seq-hist-rec ::= SEQUENCE {
1084
1084
    date Date OPTIONAL ,
1085
1085
    ids SET OF Seq-id }
1086
 
    
 
1086
 
1087
1087
--*** Various internal sequence representations ************
1088
1088
--*      all are controlled, fixed length forms
1089
1089
 
1104
1104
Seq-gap ::= SEQUENCE {
1105
1105
    type INTEGER {
1106
1106
        unknown(0),
1107
 
        fragment(1),
1108
 
        clone(2),
 
1107
        fragment(1),               -- Deprecated. Used only for AGP 1.1
 
1108
        clone(2),                  -- Deprecated. Used only for AGP 1.1
1109
1109
        short-arm(3),
1110
1110
        heterochromatin(4),
1111
1111
        centromere(5),
1112
1112
        telomere(6),
1113
1113
        repeat(7),
1114
1114
        contig(8),
 
1115
        scaffold(9),
1115
1116
        other(255)
1116
1117
    },
1117
1118
    linkage INTEGER {
1118
1119
        unlinked(0),
1119
1120
        linked(1),
1120
1121
        other(255)
1121
 
    } OPTIONAL
 
1122
    } OPTIONAL,
 
1123
    linkage-evidence SET OF Linkage-evidence OPTIONAL
 
1124
}
 
1125
 
 
1126
Linkage-evidence ::= SEQUENCE {
 
1127
    type INTEGER {
 
1128
        paired-ends(0),
 
1129
        align-genus(1),
 
1130
        align-xgenus(2),
 
1131
        align-trnscpt(3),
 
1132
        within-clone(4),
 
1133
        clone-contig(5),
 
1134
        map(6),
 
1135
        strobe(7),
 
1136
        unspecified(8),
 
1137
        other(255)
 
1138
    }
1122
1139
}
1123
1140
 
1124
1141
IUPACna ::= StringStore       -- IUPAC 1 letter codes, no spaces
1158
1175
    general Dbtag,
1159
1176
    other Textannot-id
1160
1177
}
1161
 
    
 
1178
 
1162
1179
Annot-descr ::= SET OF Annotdesc
1163
1180
 
1164
1181
Annotdesc ::= CHOICE {
1566
1583
 
1567
1584
END
1568
1585
 
1569
 
--$Revision: 6.47 $
 
1586
--$Revision: 6.49 $
1570
1587
--**********************************************************************
1571
1588
--
1572
1589
--  NCBI Sequence Feature elements
1853
1870
        sts (2),               -- Clone placed by STS
1854
1871
        fish (3),
1855
1872
        fingerprint (4),
 
1873
        end-seq-insert-alignment (5), -- combined end-seq and insert align
 
1874
        external (253),           -- Placement provided externally
 
1875
        curated (254),            -- Human placed or approved
1856
1876
        other (255)
1857
1877
    } OPTIONAL,
1858
1878
    clone-seq Clone-seq-set OPTIONAL
1868
1888
        other (255)
1869
1889
    },
1870
1890
    confidence INTEGER {
1871
 
        multiple (0),     -- Multiple hits
1872
 
        na (1),           -- Unspecified
1873
 
        nohit-rep (2),    -- No hits, repetitive
1874
 
        nohitnorep (3),   -- No hits, not repetitive
1875
 
        other-chrm (4),   -- Hit on different chromosome
 
1891
        multiple (0),        -- Multiple hits
 
1892
        na (1),              -- Unspecified
 
1893
        nohit-rep (2),       -- No hits, end flagged repetitive
 
1894
        nohitnorep (3),      -- No hits, end not flagged repetitive
 
1895
        other-chrm (4),      -- Hit on different chromosome
1876
1896
        unique (5),
1877
 
        virtual (6),      -- Virtual (hasn't been sequenced)
 
1897
        virtual (6),         -- Virtual (hasn't been sequenced)
 
1898
        multiple-rep (7),    -- Multiple hits, end flagged repetitive
 
1899
        multiplenorep (8),   -- Multiple hits, end not flagged repetitive
 
1900
        no-hit (9),          -- No hits
1878
1901
        other (255)
1879
1902
    } OPTIONAL,
1880
 
    location Seq-loc,     -- location on sequence
1881
 
    seq Seq-loc OPTIONAL, -- clone sequence location
1882
 
    align-id Dbtag OPTIONAL
 
1903
    location Seq-loc,        -- location on sequence
 
1904
    seq Seq-loc OPTIONAL,    -- clone sequence location
 
1905
    align-id Dbtag OPTIONAL, -- internal alignment identifier
 
1906
    support INTEGER {
 
1907
        prototype (0),       -- sequence used to place clone
 
1908
        supporting (1),      -- sequence supports placement
 
1909
        supports-other(2),   -- supports a different placement
 
1910
        non-supporting (3)   -- does not support any placement
 
1911
    } OPTIONAL
1883
1912
}
1884
1913
 
1885
1914
END
2067
2096
        uniparental     (128),
2068
2097
        not-tested      (256),
2069
2098
        tested-inconclusive (512),
 
2099
        not-reported   (1024),
2070
2100
 
2071
2101
        -- stopper - 2^31
2072
2102
        other           (1073741824)
2944
2974
 
2945
2975
END
2946
2976
 
2947
 
--$Revision: 1.5 $
 
2977
--$Revision: 1.7 $
2948
2978
--  ----------------------------------------------------------------------------
2949
2979
--
2950
2980
--                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
3058
3088
 
3059
3089
CommonString-table ::= SEQUENCE {
3060
3090
    -- set of possible values
3061
 
    strings     SEQUENCE OF VisibleString,
 
3091
    strings     SEQUENCE OF UTF8String,
3062
3092
 
3063
3093
    -- indexes of values
3064
3094
    indexes     SEQUENCE OF INTEGER
3082
3112
    real        SEQUENCE OF REAL,
3083
3113
 
3084
3114
    -- a set of strings, one per row
3085
 
    string      SEQUENCE OF VisibleString,
 
3115
    string      SEQUENCE OF UTF8String,
3086
3116
 
3087
3117
    -- a set of byte arrays, one per row
3088
3118
    bytes       SEQUENCE OF OCTET STRING,
3112
3142
    real        REAL,
3113
3143
 
3114
3144
    -- string
3115
 
    string      VisibleString,
 
3145
    string      UTF8String,
3116
3146
 
3117
3147
    -- byte array
3118
3148
    bytes       OCTET STRING,
4663
4693
 
4664
4694
END
4665
4695
 
4666
 
--$Id: scoremat.asn,v 1.12 2008/04/15 15:55:45 kazimird Exp $
 
4696
--$Id: scoremat.asn,v 1.14 2011/12/21 15:29:33 kazimird Exp $
4667
4697
-- ===========================================================================
4668
4698
--
4669
4699
--                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
4736
4766
CoreDef ::= SEQUENCE {
4737
4767
  nblocks        INTEGER,                   -- number of core elements/blocks
4738
4768
  blocks         SEQUENCE OF CoreBlock,     -- nblocks locations
4739
 
  loops          SEQUENCE OF LoopConstraint -- (nblocks+1) constraints 
4740
 
}
 
4769
  loops          SEQUENCE OF LoopConstraint, -- (nblocks+1) constraints
 
4770
 
 
4771
  isDiscontinuous BOOLEAN OPTIONAL,         -- is it a discontinuous domain
 
4772
 
 
4773
  insertions SEQUENCE OF INTEGER OPTIONAL   -- positions of long insertions
 
4774
}
 
4775
 
 
4776
Site-annot ::= SEQUENCE {
 
4777
  startPosition  INTEGER,                -- location of the annotation,
 
4778
  stopPosition   INTEGER,                -- start and stop position in the
 
4779
                                         -- PSSM
 
4780
 
 
4781
  description    VisibleString OPTIONAL, -- holds description or names, that
 
4782
                                         -- can be used for labels in
 
4783
                                         -- visualization
 
4784
 
 
4785
  type           INTEGER OPTIONAL,       -- type of the annotated feature,
 
4786
                                         -- similarly to Align-annot in
 
4787
                                         -- NCBI-Cdd
 
4788
 
 
4789
  aliases        SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- additional names for
 
4790
                                                     -- the annotation
 
4791
 
 
4792
  motif          VisibleString OPTIONAL, -- motif to validate mapping of sites
 
4793
 
 
4794
  motifuse       INTEGER OPTIONAL        -- 0 for validation
 
4795
                                         -- 1 for motif in seqloc
 
4796
                                         -- 2 for multiple motifs in seqloc
 
4797
}
 
4798
 
 
4799
Site-annot-set ::= SEQUENCE OF Site-annot
4741
4800
 
4742
4801
-- ===========================================================================
4743
4802
-- PSI-BLAST, formatrpsdb, RPS-BLAST workflow:
4849
4908
    -- -out_ascii_pssm option in psiblast)
4850
4909
    informationContent          SEQUENCE OF REAL OPTIONAL,
4851
4910
 
4852
 
    -- Weights for columns of the PSSM without gaps
 
4911
    -- Relative weight for columns of the PSSM without gaps to pseudocounts
4853
4912
    -- NOTE: this is needed for diagnostics information only (i.e.:
4854
4913
    -- -out_ascii_pssm option in psiblast)
4855
4914
    gaplessColumnWeights        SEQUENCE OF REAL OPTIONAL,
4868
4927
    -- query)
4869
4928
    -- NOTE: this is needed for diagnostics information only (i.e.:
4870
4929
    -- -out_ascii_pssm option in psiblast)
4871
 
    numMatchingSeqs             SEQUENCE OF INTEGER OPTIONAL
 
4930
    numMatchingSeqs             SEQUENCE OF INTEGER OPTIONAL,
 
4931
 
 
4932
    -- Number of independent observations per position of the PSSM
 
4933
    -- NOTE: this is needed for building CDD database for DELTA-BLAST
 
4934
    numIndeptObsr               SEQUENCE OF REAL OPTIONAL
4872
4935
}
4873
4936
 
4874
4937
-- Position-specific scoring matrix
4957
5020
 
4958
5021
    -- alignment constraints needed by sequence-structure threader
4959
5022
    -- and other global or local block-alignment algorithms
4960
 
        constraints     CoreDef OPTIONAL
 
5023
    constraints     CoreDef OPTIONAL,
 
5024
 
 
5025
    -- bit score threshold for specific conserved domain hits
 
5026
    bitScoreThresh  REAL OPTIONAL,
 
5027
 
 
5028
    -- conserved functional sites with annotations
 
5029
    annotatedSites  Site-annot-set OPTIONAL
4961
5030
}
4962
5031
 
4963
5032
-- Envelope containing PSSM and the parameters used to create it. 
4986
5055
}
4987
5056
 
4988
5057
END
4989
 
--$Revision: 1.118 $
 
5058
--$Revision: 1.143 $
4990
5059
--**********************************************************************
4991
5060
--
4992
5061
--  NCBI ASN.1 macro editing language specifications
5668
5737
  trace-assembly (1) ,
5669
5738
  bio-sample (2) ,
5670
5739
  probe-db (3) ,
5671
 
  sequence-read-archve (4) }
 
5740
  sequence-read-archve (4) ,
 
5741
  bio-project (5) }
5672
5742
 
5673
5743
DBLink-field-pair ::= SEQUENCE {
5674
5744
  from DBLink-field-type ,
5772
5842
    seqtype Sequence-constraint-mol-type-constraint OPTIONAL ,
5773
5843
    id String-constraint OPTIONAL ,
5774
5844
    feature Macro-feature-type ,
 
5845
    num-type-features Quantity-constraint OPTIONAL ,
5775
5846
    num-features Quantity-constraint OPTIONAL ,
5776
5847
    length Quantity-constraint OPTIONAL ,
5777
5848
    strandedness Feature-strandedness-constraint DEFAULT any }
5877
5948
    tolower (1) ,
5878
5949
    toupper (2) ,
5879
5950
    firstcap (3) ,
5880
 
    firstcaprestnochange (4) }
 
5951
    firstcaprestnochange (4) ,
 
5952
    firstlower-restnochange (5) ,
 
5953
    cap-word-space (6) ,
 
5954
    cap-word-space-punc (7)
 
5955
    }
5881
5956
 
5882
5957
Text-transform ::= CHOICE {
5883
5958
  edit Field-edit ,
5913
5988
Remove-action ::= SEQUENCE {
5914
5989
    field Field-type }
5915
5990
 
 
5991
Remove-outside-action ::= SEQUENCE {
 
5992
    portion Text-portion ,
 
5993
    field Field-type ,
 
5994
    remove-if-not-found BOOLEAN DEFAULT FALSE }
 
5995
 
5916
5996
Action-choice ::= CHOICE {
5917
5997
    apply Apply-action ,
5918
5998
    edit Edit-action ,
5920
6000
    copy Copy-action ,
5921
6001
    swap Swap-action ,
5922
6002
    remove Remove-action ,
5923
 
    parse AECRParse-action }
 
6003
    parse AECRParse-action ,
 
6004
    remove-outside Remove-outside-action }
5924
6005
 
5925
6006
AECR-action ::= SEQUENCE {
5926
6007
    action Action-choice ,
6137
6218
  order (2) ,
6138
6219
  merge (3) }
6139
6220
 
 
6221
Extend-to-feature ::= SEQUENCE {
 
6222
  type Macro-feature-type ,
 
6223
  include-feat BOOLEAN ,
 
6224
  distance Quantity-constraint OPTIONAL }
 
6225
  
6140
6226
Location-edit-type ::= CHOICE {
6141
6227
  strand Edit-location-strand ,
6142
6228
  set-5-partial Partial-5-set-action ,
6147
6233
  clear-both-partial Partial-both-clear-constraint ,
6148
6234
  convert Convert-location-type ,
6149
6235
  extend-5 NULL ,
6150
 
  extend-3 NULL }
 
6236
  extend-3 NULL ,
 
6237
  extend-5-to-feat Extend-to-feature ,
 
6238
  extend-3-to-feat Extend-to-feature }
6151
6239
 
6152
6240
Edit-feature-location-action ::= SEQUENCE {
6153
6241
  type Macro-feature-type ,
6154
6242
  action Location-edit-type ,
6155
6243
  retranslate-cds BOOLEAN OPTIONAL ,
 
6244
  also-edit-gene BOOLEAN OPTIONAL ,
6156
6245
  constraint Constraint-choice-set OPTIONAL }
6157
6246
 
6158
6247
Molinfo-block ::= SEQUENCE {
6181
6270
Autodef-list-type ::= ENUMERATED {
6182
6271
  feature-list (1) ,
6183
6272
  complete-sequence (2) ,
6184
 
  complete-genome (3) }
 
6273
  complete-genome (3) ,
 
6274
  sequence (4) }
6185
6275
  
 
6276
Autodef-misc-feat-parse-rule ::= ENUMERATED {
 
6277
  use-comment-before-first-semicolon (1) ,
 
6278
  look-for-noncoding-products (2) }
 
6279
 
6186
6280
Autodef-action ::= SEQUENCE {
6187
6281
  modifiers SET OF Source-qual OPTIONAL ,
6188
 
  clause-list-type Autodef-list-type }
 
6282
  clause-list-type Autodef-list-type ,
 
6283
  misc-feat-parse-rule Autodef-misc-feat-parse-rule DEFAULT look-for-noncoding-products }
6189
6284
 
6190
6285
Fix-pub-caps-action ::= SEQUENCE {
6191
6286
  title BOOLEAN OPTIONAL ,
6205
6300
  order Sort-order ,
6206
6301
  constraint Constraint-choice-set OPTIONAL }
6207
6302
  
 
6303
Fix-author-caps ::= SEQUENCE {
 
6304
  last-name-only BOOLEAN }
 
6305
 
6208
6306
Fix-caps-action ::= CHOICE {
6209
6307
  pub Fix-pub-caps-action ,
6210
6308
  src-country NULL ,
6211
6309
  mouse-strain NULL ,
6212
 
  src-qual Source-qual }
 
6310
  src-qual Source-qual ,
 
6311
  author Fix-author-caps }
6213
6312
 
6214
6313
Fix-format-action ::= CHOICE {
6215
6314
  collection-date NULL ,
6259
6358
  fix-type Author-fix-type ,
6260
6359
  constraint Constraint-choice-set OPTIONAL }  
6261
6360
 
 
6361
Update-sequences-action ::= SEQUENCE {
 
6362
  filename VisibleString ,
 
6363
  add-cit-subs BOOLEAN DEFAULT FALSE }
 
6364
 
 
6365
Create-TSA-ids-src ::= CHOICE {
 
6366
  local-id NULL ,
 
6367
  defline Text-portion
 
6368
}
 
6369
 
 
6370
Create-TSA-ids-action ::= SEQUENCE {
 
6371
  src Create-TSA-ids-src ,
 
6372
  suffix VisibleString OPTIONAL ,
 
6373
  id-text-portion Text-portion OPTIONAL }  
 
6374
 
 
6375
Autofix-action ::= SEQUENCE {
 
6376
  test-name VisibleString }
 
6377
 
 
6378
Fix-sets-action ::= CHOICE {
 
6379
  remove-single-item-set NULL ,
 
6380
  renormalize-nuc-prot-sets NULL ,
 
6381
  fix-pop-to-phy NULL
 
6382
}
 
6383
 
 
6384
Table-match-type ::= CHOICE {
 
6385
  feature-id NULL ,
 
6386
  gene-locus-tag NULL ,
 
6387
  protein-id NULL,
 
6388
  dbxref NULL ,
 
6389
  nuc-id NULL ,
 
6390
  src-qual Source-qual-choice ,
 
6391
  protein-name NULL ,
 
6392
  any NULL
 
6393
}
 
6394
 
 
6395
Table-match ::= SEQUENCE {
 
6396
  match-type Table-match-type ,
 
6397
  match-location String-location DEFAULT equals
 
6398
}
 
6399
 
 
6400
 
 
6401
Apply-table-extra-data ::= CHOICE {
 
6402
  table NULL }
 
6403
 
 
6404
Apply-table-action ::= SEQUENCE {
 
6405
  filename VisibleString ,
 
6406
  match-type Table-match ,
 
6407
  in-memory-table Apply-table-extra-data OPTIONAL
 
6408
}
 
6409
 
 
6410
Add-file-action ::= SEQUENCE {
 
6411
  filename VisibleString ,
 
6412
  in-memory-table Apply-table-extra-data OPTIONAL
 
6413
} 
 
6414
 
 
6415
Add-descriptor-list-action ::= SEQUENCE {
 
6416
  descriptor-list Add-file-action ,
 
6417
  constraint Constraint-choice-set OPTIONAL
 
6418
}
 
6419
 
 
6420
Remove-sequences-action ::= SEQUENCE {
 
6421
  constraint Constraint-choice-set
 
6422
}
 
6423
 
6262
6424
Macro-action-choice ::= CHOICE {
6263
6425
  aecr AECR-action ,
6264
6426
  parse Parse-action ,
6286
6448
  remove-xrefs Remove-xrefs-action ,
6287
6449
  make-gene-xrefs Make-gene-xref-action ,
6288
6450
  make-bold-xrefs NULL ,
6289
 
  fix-author Author-fix-action }
 
6451
  fix-author Author-fix-action ,
 
6452
  update-sequences Update-sequences-action ,
 
6453
  add-trans-splicing NULL ,
 
6454
  remove-invalid-ecnumbers NULL ,
 
6455
  create-tsa-ids Create-TSA-ids-action ,
 
6456
  perform-autofix Autofix-action ,
 
6457
  fix-sets Fix-sets-action ,
 
6458
  apply-table Apply-table-action ,
 
6459
  remove-sequences Remove-sequences-action ,
 
6460
  propagate-sequence-technology NULL ,
 
6461
  add-file-descriptors Add-descriptor-list-action ,
 
6462
  propagate-missing-old-name NULL ,
 
6463
  autoapply-structured-comments NULL }
6290
6464
 
6291
6465
 
6292
6466
Macro-action-list ::= SET OF Macro-action-choice
6320
6494
Fix-type ::= ENUMERATED {
6321
6495
  none (0) ,
6322
6496
  typo (1) ,
6323
 
  quickfix (2) ,
6324
 
  no-organelle-for-prokaryote (3),
6325
 
  might-be-nonfunctional (4),
6326
 
  database (5),
6327
 
  remove-organism-name (6),
6328
 
  inappropriate-symbol (7),
6329
 
  evolutionary-relationship (8),
6330
 
  use-protein (9),
6331
 
  hypothetical (10),
6332
 
  british (11),
6333
 
  description (12),
6334
 
  gene (13) }  
6335
 
  
 
6497
  putative-typo (2) ,
 
6498
  quickfix (3) ,
 
6499
  no-organelle-for-prokaryote (4),
 
6500
  might-be-nonfunctional (5),
 
6501
  database (6),
 
6502
  remove-organism-name (7),
 
6503
  inappropriate-symbol (8),
 
6504
  evolutionary-relationship (9),
 
6505
  use-protein (10),
 
6506
  hypothetical (11),
 
6507
  british (12),
 
6508
  description (13),
 
6509
  gene (14) }  
6336
6510
 
6337
6511
Suspect-rule ::= SEQUENCE {
6338
6512
  find Search-func ,
6339
6513
  except Search-func OPTIONAL ,
6340
6514
  feat-constraint Constraint-choice-set OPTIONAL ,
6341
6515
  rule-type Fix-type DEFAULT none ,
6342
 
  replace Replace-rule OPTIONAL }  
 
6516
  replace Replace-rule OPTIONAL ,
 
6517
  description VisibleString OPTIONAL }  
6343
6518
 
6344
6519
Suspect-rule-set ::= SET OF Suspect-rule
6345
6520