7
499 152 1055 3691 10 3122
8
665 243 653 431 303 133 379
9
66 715 1405 331 441 1269 162 19
10
145 136 168 10 280 92 148 40 29
11
197 203 113 10 396 286 82 20 66 1745
12
236 4482 2430 412 48 3313 2629 263 305 345 218
13
185 125 61 47 159 202 113 21 10 1772 1351 193
14
68 53 97 22 726 10 145 25 127 454 1268 72 327
15
490 87 173 170 285 323 185 28 152 117 219 302 100 43
16
2440 385 2085 590 2331 396 568 691 303 216 516 868 93 487 1202
17
1340 314 1393 266 576 241 369 92 32 1040 156 918 645 148 260 2151
18
14 230 40 18 435 53 63 82 69 42 159 10 86 468 49 73 29
19
56 323 754 281 1466 391 142 10 1971 89 189 247 215 2370 97 522 71 346
20
968 92 83 75 592 54 200 91 25 4797 865 249 475 317 122 167 760 10 119
22
0.0755 0.0621 0.0410 0.0371 0.0091 0.0382 0.0495 0.0838 0.0246 0.0806
23
0.1011 0.0504 0.0220 0.0506 0.0431 0.0622 0.0543 0.0181 0.0307 0.0660
25
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
26
Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val
28
Symmetrical part of the rate matrix and aa frequencies, estimated for
29
plant chloroplast proteins, under the REVaa model. The first part is
30
S_ij = S_ji, and the second part has the amino acid frequencies
31
(\pi_i). The substitution rate from amino acid i to j is Q_ij =
32
S_ij*PI_j. This is the cpREV model used in protml 2.3b6 (12/10/98),
35
Adachi, J., P. J. Waddell, W. Martin, and M. Hasegawa. 2000. Plastid
36
genome phylogeny and a model of amino acid substitution for proteins
37
encoded by chloroplast DNA. Journal of Molecular Evolution 50:348-358.
40
protml 2.3b6 (12/10/98) cpREV45 6 OTUs 1344 sites.
42
Relative Substitution Rate Matrix
43
Ala 105 227 175 669 157 499 665 66 145 197 236 185 68 490 2440 1340 14 56 968
44
105 Arg 357 43 823 1745 152 243 715 136 203 4482 125 53 87 385 314 230 323 92
45
227 357 Asn 4435 538 768 1055 653 1405 168 113 2430 61 97 173 2085 1393 40 754 83
46
175 43 4435 Asp 10 400 3691 431 331 10 10 412 47 22 170 590 266 18 281 75
47
669 823 538 10 Cys 10 10 303 441 280 396 48 159 726 285 2331 576 435 1466 592
48
157 1745 768 400 10 Gln 3122 133 1269 92 286 3313 202 10 323 396 241 53 391 54
49
499 152 1055 3691 10 3122 Glu 379 162 148 82 2629 113 145 185 568 369 63 142 200
50
665 243 653 431 303 133 379 Gly 19 40 20 263 21 25 28 691 92 82 10 91
51
66 715 1405 331 441 1269 162 19 His 29 66 305 10 127 152 303 32 69 1971 25
52
145 136 168 10 280 92 148 40 29 Ile 1745 345 1772 454 117 216 1040 42 89 4797
53
197 203 113 10 396 286 82 20 66 1745 Leu 218 1351 1268 219 516 156 159 189 865
54
236 4482 2430 412 48 3313 2629 263 305 345 218 Lys 193 72 302 868 918 10 247 249
55
185 125 61 47 159 202 113 21 10 1772 1351 193 Met 327 100 93 645 86 215 475
56
68 53 97 22 726 10 145 25 127 454 1268 72 327 Phe 43 487 148 468 2370 317
57
490 87 173 170 285 323 185 28 152 117 219 302 100 43 Pro 1202 260 49 97 122
58
2440 385 2085 590 2331 396 568 691 303 216 516 868 93 487 1202 Ser 2151 73 522 167
59
1340 314 1393 266 576 241 369 92 32 1040 156 918 645 148 260 2151 Thr 29 71 760
60
14 230 40 18 435 53 63 82 69 42 159 10 86 468 49 73 29 Trp 346 10
61
56 323 754 281 1466 391 142 10 1971 89 189 247 215 2370 97 522 71 346 Tyr 119
62
968 92 83 75 592 54 200 91 25 4797 865 249 475 317 122 167 760 10 119 Val
64
Instantaneous Rate Matrix (x1.0e7)
65
-91529 1244 1785 1237 1154 1146 4685 10703 317 2255
66
1525 -89950 2801 308 1418 12704 1430 3915 3425 2104
67
3308 4236 -148182 31435 928 5592 9901 10512 6730 2610
68
2541 516 34834 -102527 17 2913 34646 6941 1585 155
69
9744 9769 4227 71 -104875 73 94 4875 2113 4351
70
2291 20728 6034 2836 17 -122138 29310 2147 6078 1425
71
7267 1809 8285 26162 17 22730 -119787 6093 775 2300
72
9684 2890 5131 3057 522 971 3554 -40638 91 622
73
964 8494 11037 2345 761 9239 1519 306 -58046 447
74
2116 1611 1321 71 483 669 1391 645 138 -133037
75
2864 2412 890 71 683 2085 768 322 318 27085
76
3436 53232 19085 2918 82 24119 24682 4239 1463 5361
77
2698 1479 482 332 274 1470 1061 331 48 27490
78
992 629 760 159 1252 73 1359 398 609 7045
79
7129 1034 1355 1206 491 2354 1740 456 727 1817
80
35520 4578 16378 4179 4018 2879 5336 11116 1453 3346
81
19503 3730 10942 1883 994 1755 3467 1474 155 16143
82
210 2728 313 126 749 384 595 1315 330 654
83
814 3832 5922 1994 2528 2848 1334 161 9438 1383
84
14095 1096 649 528 1020 394 1876 1464 118 74430
86
3806 2261 781 666 4033 28977 13857 50 332 12240
87
3929 42929 525 518 717 4578 3249 792 1916 1167
88
2192 23275 259 946 1421 24766 14411 137 4477 1045
89
193 3943 198 220 1402 7002 2747 61 1670 942
90
7660 458 669 7094 2348 27681 5962 1499 8708 7480
91
5541 31736 851 98 2663 4698 2495 182 2324 684
92
1584 25185 476 1415 1527 6752 3820 219 844 2527
93
388 2523 87 242 233 8204 947 282 59 1150
94
1284 2925 42 1243 1250 3603 335 238 11703 311
95
33772 3309 7466 4436 965 2561 10762 145 529 60646
96
-79825 2086 5695 12392 1807 6129 1610 548 1124 10936
97
4214 -171296 815 704 2488 10315 9498 34 1469 3142
98
26146 1852 -83052 3193 825 1109 6672 298 1280 6012
99
24541 690 1377 -67258 358 5784 1532 1613 14072 4013
100
4244 2893 422 425 -45559 14281 2690 170 577 1548
101
9985 8318 394 4758 9904 -149879 22249 251 3101 2115
102
3011 8795 2718 1447 2142 25545 -113841 100 424 9613
103
3076 96 364 4570 405 864 300 -19261 2055 126
104
3661 2369 908 23151 800 6202 738 1193 -70777 1500
105
16736 2380 2004 3101 1009 1987 7865 34 705 -131490
107
Instantaneous Rate Matrix (x1.0e5)
108
Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val
109
Ala 99085 12 18 12 12 11 47 107 3 23 38 23 8 7 40 290 139 0 3 122
110
Arg 15 99100 28 3 14 127 14 39 34 21 39 429 5 5 7 46 32 8 19 12
111
Asn 33 42 98518 314 9 56 99 105 67 26 22 233 3 9 14 248 144 1 45 10
112
Asp 25 5 348 98975 0 29 346 69 16 2 2 39 2 2 14 70 27 1 17 9
113
Cys 97 98 42 1 98951 1 1 49 21 44 77 5 7 71 23 277 60 15 87 75
114
Gln 23 207 60 28 0 98779 293 21 61 14 55 317 9 1 27 47 25 2 23 7
115
Glu 73 18 83 262 0 227 98802 61 8 23 16 252 5 14 15 68 38 2 8 25
116
Gly 97 29 51 31 5 10 36 99594 1 6 4 25 1 2 2 82 9 3 1 12
117
His 10 85 110 23 8 92 15 3 99420 4 13 29 0 12 13 36 3 2 117 3
118
Ile 21 16 13 1 5 7 14 6 1 98670 338 33 75 44 10 26 108 1 5 606
119
Leu 29 24 9 1 7 21 8 3 3 271 99202 21 57 124 18 61 16 5 11 109
120
Lys 34 532 191 29 1 241 247 42 15 54 42 98287 8 7 25 103 95 0 15 31
121
Met 27 15 5 3 3 15 11 3 0 275 261 19 99169 32 8 11 67 3 13 60
122
Phe 10 6 8 2 13 1 14 4 6 70 245 7 14 99327 4 58 15 16 141 40
123
Pro 71 10 14 12 5 24 17 5 7 18 42 29 4 4 99544 143 27 2 6 15
124
Ser 355 46 164 42 40 29 53 111 15 33 100 83 4 48 99 98501 222 3 31 21
125
Thr 195 37 109 19 10 18 35 15 2 161 30 88 27 14 21 255 98862 1 4 96
126
Trp 2 27 3 1 7 4 6 13 3 7 31 1 4 46 4 9 3 99807 21 1
127
Tyr 8 38 59 20 25 28 13 2 94 14 37 24 9 232 8 62 7 12 99292 15
128
Val 141 11 6 5 10 4 19 15 1 744 167 24 20 31 10 20 79 0 7 98685
129
Pai 0.076 0.062 0.041 0.037 0.009 0.038 0.049 0.084 0.025 0.081 0.101 0.050 0.022 0.051 0.043 0.062 0.054 0.018 0.031 0.066
added
removed
dat/cpREV.dat
