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~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/paml/vivid

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Viewing changes to src/basemlg.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-08-08 22:07:27 UTC
  • mfrom: (1.1.3)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130808220727-deh08eeugdwjff1h
Tags: 4.7-1
* New upstream version
* debian/control:
   - cme fix dpkg-control
   - use anonscm in Vcs fields
* debian/rules: provide get-orig-source target to make use of new uscan
  to remove windows binaries

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Lines of Context:
src/basemlg.c
40
40
int lfunG_dd (double x[], double *lnL, double dl[], double ddl[], int np);
41
41
 
42
42
struct CommonInfo {
43
 
   char *z[NS], *spname[NS], seqf[32],outf[32],treef[32];
 
43
   unsigned char *z[NS], *spname[NS], seqf[32],outf[32],treef[32];
44
44
   int  seqtype, ns, ls, ngene, posG[NGENE+1],lgene[NGENE],*pose,npatt, readpattern;
45
45
   int  clock,fix_alpha,fix_kappa,fix_rgene,Malpha,print,verbose;
46
46
   int  model, runmode, cleandata, ndata;
124
124
 
125
125
   DistanceMatNuc (fout, fpair[0], com.model, com.alpha);
126
126
   if (com.model<=HKY85)
127
 
      EigenTN93 (com.model, com.kappa, com.kappa, com.pi, &nR, Root, Cijk);
 
127
      eigenTN93 (com.model, com.kappa, com.kappa, com.pi, &nR, Root, Cijk);
128
128
   Forestry (fout, space);
129
129
   fclose(fseq);  fclose(fpair[0]);
130
130
   if(finitials) { fclose(finitials);  finitials=NULL; }
296
296
   else if (!com.fix_kappa)
297
297
      { com.nrate=1; x[com.ntime+com.nrgene]=com.kappa; }
298
298
   if (com.model<=HKY85)
299
 
      EigenTN93 (com.model, com.kappa, com.kappa, com.pi, &nR, Root, Cijk);
 
299
      eigenTN93 (com.model, com.kappa, com.kappa, com.pi, &nR, Root, Cijk);
300
300
 
301
301
   com.np = com.ntime+com.nrgene+com.nrate+(!com.fix_alpha);
302
302
   FOR (j,com.nrgene) x[com.ntime+j]=1;
436
436
       RootTN93 (com.model, kappa, kappa, com.pi, &rh, Root);
437
437
#ifdef REV_UNREST
438
438
   if (com.model==REV)
439
 
       EigenREV (NULL, x+com.ntime+com.nrgene, com.pi, &nR, Root, Cijk);
 
439
       eigenREV (NULL, x+com.ntime+com.nrgene, com.pi, &nR, Root, Cijk);
440
440
#endif
441
441
   if (SetBranch (x)) puts ("\nx[] err..");
442
442
   GetSave (2, &nm, M, alpha, 1);
498
498
       RootTN93(com.model,kappa,kappa,com.pi,&y,Root);
499
499
#ifdef REV_UNREST
500
500
   if (com.model==REV)
501
 
       EigenREV(NULL,x+com.ntime+com.nrgene,com.pi,&nR,Root,Cijk);
 
501
       eigenREV(NULL,x+com.ntime+com.nrgene,com.pi,&nR,Root,Cijk);
502
502
#endif
503
503
   if (SetBranch(x)) puts("\nx[] err..");
504
504
   for(j=0,nm=1; j<tree.nbranch; j++)  nm*=nR;
562
562
       RootTN93 (com.model, kappa, kappa, com.pi, &y, Root);
563
563
#ifdef REV_UNREST
564
564
   if (com.model==REV)
565
 
       EigenREV (NULL, x+com.ntime+com.nrgene, com.pi, &nR, Root, Cijk);
 
565
       eigenREV (NULL, x+com.ntime+com.nrgene, com.pi, &nR, Root, Cijk);
566
566
#endif
567
567
   if (SetBranch (x)) puts ("\nx[] err..");
568
568