← Back to branch summary

~nickpapior/siesta/tddft-work

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/h2o_dos.out

  • Committer: Rafi Ullah
  • Date: 2017-08-30 14:09:10 UTC
  • mfrom: (611.1.19 trunk)
  • Revision ID: rraffiu@gmail.com-20170830140910-bhu0osuh4d59wn8e
Merged with trunk-630

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/h2o_dos.out
10
10
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
11
reinit: System Label: h2o_dos
12
12
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: trunk-554
14
 
Architecture  : x86_64-linux-gcc
15
 
Compiler flags: mpif90 -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
16
 
PP flags      : -DSIESTA__FLOOK -DSIESTA__METIS -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DGRID_DP -DMPI_TIMING -DTRANSIESTA_TIMING -DTBTRANS_TIMING -DSIESTA__MUMPS -DNCDF_PARALLEL -DNCDF -DNCDF_4 -DSCALAPACK_DEBUG
17
 
Libraries     : -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -L/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -lscalapack  -L/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -lopenblas -L/home/nicpa/phd/esl/flook -lflookall -ldl -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
 
13
Siesta Version: siesta-4.1--731
 
14
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
 
15
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
 
16
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK
 
17
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
18
18
PARALLEL version
19
19
NetCDF support
20
20
NetCDF-4 support
21
21
NetCDF-4 MPI-IO support
22
22
METIS ordering support
23
23
 
24
 
* Running on 4 nodes in parallel
25
 
>> Start of run:  18-AUG-2016   8:42:19
 
24
* Running on 8 nodes in parallel
 
25
>> Start of run:   2-JUL-2017  11:40:44
26
26
 
27
27
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
28
28
Species number:   1 Atomic number:    8 Label: O
352
352
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
353
353
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
354
354
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
355
 
redata: Discard 1st Pulay DM after kick             =   F
356
355
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.2500
357
356
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
358
357
redata: No kicks to SCF
360
359
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
361
360
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
362
361
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
363
 
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
 
362
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0001
 
363
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
 
364
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
364
365
redata: Require H convergence for SCF               =   T
365
366
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
366
367
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
379
380
mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.250000
380
381
mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.250000
381
382
mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07
382
 
redata: Save data in SIESTA.nc                      =   F
 
383
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
383
384
redata: ***********************************************************************
384
385
 
385
386
%block SCF.Mixers
386
 
  Pulay                   
 
387
  Pulay
387
388
%endblock SCF.Mixers
388
389
 
389
390
%block SCF.Mixer.Pulay
395
396
  weight 0.2500
396
397
  weight.linear 0.2500
397
398
  history 2
398
 
  restart 0
399
 
  restart.save 1
400
 
 
401
 
  # Continuation options
402
399
%endblock SCF.Mixer.Pulay
403
400
 
404
401
DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation
406
403
Total number of electrons:     8.000000
407
404
Total ionic charge:     8.000000
408
405
 
409
 
* ProcessorY, Blocksize:    2   6
410
 
 
411
 
 
412
 
* Orbital distribution balance (max,min):     6     5
 
406
* ProcessorY, Blocksize:    2   3
 
407
 
 
408
 
 
409
* Orbital distribution balance (max,min):     3     2
413
410
 
414
411
 Kpoints in:            4 . Kpoints trimmed:            4
415
412
 
435
432
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    235.3780
436
433
<dSpData1D:S at geom step 0
437
434
  <sparsity:sparsity for geom step 0
438
 
    nrows_g=23 nrows=6 sparsity=.2609 nnzs=138, refcount: 7>
439
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=138, refcount: 1>
 
435
    nrows_g=23 nrows=3 sparsity=.1304 nnzs=69, refcount: 7>
 
436
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=69, refcount: 1>
440
437
refcount: 1>
441
 
New_DM. Step:     1
 
438
new_DM -- step:     1
442
439
Initializing Density Matrix...
443
 
DM after filling with atomic data:
444
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
440
DM filled with atomic data:
 
441
<dSpData2D:DM initialized from atoms
445
442
  <sparsity:sparsity for geom step 0
446
 
    nrows_g=23 nrows=6 sparsity=.2609 nnzs=138, refcount: 8>
447
 
  <dData2D:(DMatomic) n=138 m=1, refcount: 1>
 
443
    nrows_g=23 nrows=3 sparsity=.1304 nnzs=69, refcount: 8>
 
444
  <dData2D:DM n=69 m=1, refcount: 1>
448
445
refcount: 1>
 
446
 
 
447
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      23
449
448
New grid distribution:   1
450
 
           1       1:   16    1:    8    1:    6
451
 
           2       1:   16    1:    8    7:   12
452
 
           3       1:   16    9:   15    1:    6
453
 
           4       1:   16    9:   15    7:   12
 
449
           1       1:   16    1:    8    1:    3
 
450
           2       1:   16    1:    8    4:    6
 
451
           3       1:   16    1:    8    7:    9
 
452
           4       1:   16    1:    8   10:   12
 
453
           5       1:   16    9:   15    1:    3
 
454
           6       1:   16    9:   15    4:    6
 
455
           7       1:   16    9:   15    7:    9
 
456
           8       1:   16    9:   15   10:   12
454
457
 
455
458
InitMesh: MESH =    32 x    30 x    24 =       23040
456
459
InitMesh: (bp) =    16 x    15 x    12 =        2880
457
460
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    50.384 Ry
458
 
ExtMesh (bp) on 0 =    40 x    36 x    30 =       43200
 
461
ExtMesh (bp) on 0 =    40 x    36 x    27 =       38880
459
462
New grid distribution:   2
460
 
           1       5:   16    1:    4    1:   12
461
 
           2       1:    4    1:    4    1:   12
462
 
           3       5:   16    5:   15    1:   12
463
 
           4       1:    4    5:   15    1:   12
 
463
           1       5:   16    5:   15    1:    4
 
464
           2       5:   16    1:    4    1:    4
 
465
           3       5:   16    1:    4    5:   12
 
466
           4       1:    4    1:    4    5:   12
 
467
           5       1:    4    5:   15    1:    4
 
468
           6       1:    4    1:    4    1:    4
 
469
           7       5:   16    5:   15    5:   12
 
470
           8       1:    4    5:   15    5:   12
464
471
New grid distribution:   3
465
 
           1       8:   16    1:    5    1:   12
466
 
           2       1:    7    1:    5    1:   12
467
 
           3       8:   16    6:   15    1:   12
468
 
           4       1:    7    6:   15    1:   12
 
472
           1       1:    7    6:   15    1:    4
 
473
           2       8:   16    1:    5    1:    5
 
474
           3       1:    7    6:   15    5:   12
 
475
           4       8:   16    1:    5    6:   12
 
476
           5       8:   16    6:   15    1:    4
 
477
           6       1:    7    1:    5    6:   12
 
478
           7       8:   16    6:   15    5:   12
 
479
           8       1:    7    1:    5    1:    5
469
480
Setting up quadratic distribution...
470
 
ExtMesh (bp) on 0 =    36 x    32 x    36 =       41472
471
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
472
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 3687
473
 
cdiag-debug: Node=1, lwork=       246>= lworkq=       203, lrwork=       627>= lrworkq=       604, liwork=       195>= liworkq=       179
474
 
cdiag-debug: Node=2, lwork=       240>= lworkq=       197, lrwork=       627>= lrworkq=       604, liwork=       195>= liworkq=       179
475
 
cdiag-debug: Node=3, lwork=       234>= lworkq=       197, lrwork=       594>= lrworkq=       571, liwork=       195>= liworkq=       179
476
 
cdiag-debug: Node=0, lwork=       252>= lworkq=       203, lrwork=       663>= lrworkq=       640, liwork=       195>= liworkq=       179
 
481
ExtMesh (bp) on 0 =    36 x    39 x    28 =       39312
 
482
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  528
 
483
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 2325
477
484
 
478
485
stepf: Fermi-Dirac step function
479
486
 
480
487
siesta: Program's energy decomposition (eV):
481
 
siesta: Ebs     =       -86.527728
 
488
siesta: Ebs     =       -86.527724
482
489
siesta: Eions   =       815.854478
483
490
siesta: Ena     =       175.154321
484
 
siesta: Ekin    =       370.751244
 
491
siesta: Ekin    =       370.751247
485
492
siesta: Enl     =       -67.181676
486
493
siesta: Eso     =         0.000000
487
494
siesta: Eldau   =         0.000000
488
 
siesta: DEna    =       -13.606308
 
495
siesta: DEna    =       -13.606312
489
496
siesta: DUscf   =         1.705533
490
497
siesta: DUext   =         0.000000
491
498
siesta: Exc     =      -116.213094
494
501
siesta: Emeta   =         0.000000
495
502
siesta: Emolmec =         0.000000
496
503
siesta: Ekinion =         0.000000
497
 
siesta: Eharris =      -467.645205
498
 
siesta: Etot    =      -465.244457
499
 
siesta: FreeEng =      -465.244457
 
504
siesta: Eharris =      -467.645208
 
505
siesta: Etot    =      -465.244458
 
506
siesta: FreeEng =      -465.244458
500
507
 
501
508
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
502
 
   scf:    1     -467.645205     -465.244457     -465.244457  1.438728 -4.254018  6.304091
503
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.036   2.20
504
 
   scf:    2     -466.124874     -465.763869     -465.763869  0.046622 -3.203898  2.536085
505
 
   scf:    3     -465.849695     -465.836458     -465.836458  0.025064 -2.450205  0.346690
506
 
   scf:    4     -465.841501     -465.839127     -465.839127  0.010781 -2.371205  0.255425
507
 
   scf:    5     -465.841092     -465.840517     -465.840517  0.023618 -2.152275  0.044619
508
 
   scf:    6     -465.840726     -465.840634     -465.840634  0.001580 -2.149639  0.027740
509
 
   scf:    7     -465.840688     -465.840664     -465.840664  0.000885 -2.149922  0.014628
510
 
   scf:    8     -465.840676     -465.840670     -465.840670  0.000436 -2.152067  0.010016
511
 
   scf:    9     -465.840673     -465.840672     -465.840672  0.000473 -2.156137  0.003322
512
 
   scf:   10     -465.840672     -465.840672     -465.840672  0.000044 -2.157562  0.001940
513
 
   scf:   11     -465.840672     -465.840672     -465.840672  0.000014 -2.158567  0.001317
514
 
   scf:   12     -465.840672     -465.840672     -465.840672  0.000015 -2.158751  0.000747
 
509
   scf:    1     -467.645208     -465.244458     -465.244458  1.438730 -4.254018  6.304092
 
510
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.045   4.25
 
511
   scf:    2     -466.124875     -465.763870     -465.763870  0.046622 -3.203898  2.536085
 
512
   scf:    3     -465.849696     -465.836459     -465.836459  0.025064 -2.450205  0.346690
 
513
   scf:    4     -465.841502     -465.839128     -465.839128  0.010781 -2.371205  0.255425
 
514
   scf:    5     -465.841092     -465.840518     -465.840518  0.023618 -2.152275  0.044619
 
515
   scf:    6     -465.840727     -465.840635     -465.840635  0.001580 -2.149639  0.027740
 
516
   scf:    7     -465.840689     -465.840665     -465.840665  0.000885 -2.149921  0.014627
 
517
   scf:    8     -465.840677     -465.840671     -465.840671  0.000436 -2.152067  0.010016
 
518
   scf:    9     -465.840674     -465.840673     -465.840673  0.000473 -2.156136  0.003322
 
519
   scf:   10     -465.840673     -465.840673     -465.840673  0.000044 -2.157561  0.001940
 
520
   scf:   11     -465.840673     -465.840673     -465.840673  0.000014 -2.158566  0.001317
 
521
   scf:   12     -465.840673     -465.840673     -465.840673  0.000015 -2.158751  0.000747
515
522
 
516
523
SCF Convergence by DM+H criterion
517
 
max |DM_out - DM_in|   :     0.0000151487
518
 
max |H_out - H_in| (eV):     0.0007470289
 
524
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000151486
 
525
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0007470259
519
526
SCF cycle converged after 12 iterations
520
527
 
521
528
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
529
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      23
522
530
 
523
531
siesta: E_KS(eV) =             -465.8407
524
532
 
526
534
 
527
535
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
528
536
----------------------------------------
529
 
   Tot   -0.000000    0.055859   -0.000000
530
 
----------------------------------------
531
 
   Max    0.717768
532
 
   Res    0.399599    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
533
 
----------------------------------------
534
 
   Max    0.717768    constrained
 
537
   Tot   -0.000000    0.055861   -0.000000
 
538
----------------------------------------
 
539
   Max    0.717766
 
540
   Res    0.399597    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
541
----------------------------------------
 
542
   Max    0.717766    constrained
535
543
 
536
544
Stress-tensor-Voigt (kbar):      -20.20       -3.68       22.43        0.00        0.00        0.00
537
545
(Free)E + p*V (eV/cell)     -465.7698
540
548
siesta: e1, e2, sigma, nhist:   -26.00 eV    4.00 eV    0.20 eV    500
541
549
 
542
550
siesta: Program's energy decomposition (eV):
543
 
siesta: Ebs     =      -104.740964
 
551
siesta: Ebs     =      -104.740961
544
552
siesta: Eions   =       815.854478
545
553
siesta: Ena     =       175.154321
546
 
siesta: Ekin    =       350.790386
 
554
siesta: Ekin    =       350.790387
547
555
siesta: Enl     =       -61.961783
548
556
siesta: Eso     =         0.000000
549
557
siesta: Eldau   =         0.000000
550
 
siesta: DEna    =        -1.781926
 
558
siesta: DEna    =        -1.781929
551
559
siesta: DUscf   =         0.727495
552
560
siesta: DUext   =         0.000000
553
561
siesta: Exc     =      -112.914686
556
564
siesta: Emeta   =         0.000000
557
565
siesta: Emolmec =         0.000000
558
566
siesta: Ekinion =         0.000000
559
 
siesta: Eharris =      -465.840672
560
 
siesta: Etot    =      -465.840672
561
 
siesta: FreeEng =      -465.840672
 
567
siesta: Eharris =      -465.840673
 
568
siesta: Etot    =      -465.840673
 
569
siesta: FreeEng =      -465.840673
562
570
 
563
571
siesta: Final energy (eV):
564
 
siesta:  Band Struct. =    -104.740964
565
 
siesta:       Kinetic =     350.790386
566
 
siesta:       Hartree =     382.623371
 
572
siesta:  Band Struct. =    -104.740961
 
573
siesta:       Kinetic =     350.790387
 
574
siesta:       Hartree =     382.623367
567
575
siesta:       Eldau   =       0.000000
568
576
siesta:       Eso     =       0.000000
569
577
siesta:    Ext. field =       0.000000
570
578
siesta:   Exch.-corr. =    -112.914686
571
 
siesta:  Ion-electron =   -1072.833875
572
 
siesta:       Ion-ion =     -13.505868
 
579
siesta:  Ion-electron =   -1072.833868
 
580
siesta:       Ion-ion =     -13.505875
573
581
siesta:       Ekinion =       0.000000
574
 
siesta:         Total =    -465.840672
 
582
siesta:         Total =    -465.840673
575
583
siesta:         Fermi =      -2.158751
576
584
 
577
585
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
578
 
siesta:      1   -0.000000   -0.501438   -0.000000
579
 
siesta:      2    0.717768    0.278649   -0.000000
580
 
siesta:      3   -0.717768    0.278649   -0.000000
 
586
siesta:      1    0.000000   -0.501435   -0.000000
 
587
siesta:      2    0.717766    0.278648   -0.000000
 
588
siesta:      3   -0.717766    0.278648   -0.000000
581
589
siesta: ----------------------------------------
582
 
siesta:    Tot   -0.000000    0.055859   -0.000000
 
590
siesta:    Tot   -0.000000    0.055861   -0.000000
583
591
 
584
592
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
585
593
siesta:    -0.012608    0.000000    0.000000
592
600
siesta:                Solid            Molecule  Units
593
601
siesta:           0.00000328         -0.00001818  Ry/Bohr**3
594
602
siesta:           0.00030112         -0.00166940  eV/Ang**3
595
 
siesta:           0.48245631         -2.67470545  kBar
596
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -465.255505
597
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -465.255505
 
603
siesta:           0.48244709         -2.67470419  kBar
 
604
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -465.255506
 
605
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -465.255506
598
606
 
599
 
siesta: Electric dipole (a.u.)  =    0.000000    0.558282    0.000000
600
 
siesta: Electric dipole (Debye) =    0.000000    1.419012    0.000000
601
 
>> End of run:  18-AUG-2016   8:42:21
 
607
siesta: Electric dipole (a.u.)  =   -0.000000    0.558282    0.000000
 
608
siesta: Electric dipole (Debye) =   -0.000000    1.419012    0.000000
 
609
>> End of run:   2-JUL-2017  11:40:46
 
610
Job completed