← Back to branch summary

~nickpapior/siesta/tddft-work

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/h_chain.out

  • Committer: Rafi Ullah
  • Date: 2017-08-30 14:09:10 UTC
  • mfrom: (611.1.19 trunk)
  • Revision ID: rraffiu@gmail.com-20170830140910-bhu0osuh4d59wn8e
Merged with trunk-630

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/h_chain.out
10
10
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
11
reinit: System Label: h_chain
12
12
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: trunk-554
14
 
Architecture  : x86_64-linux-gcc
15
 
Compiler flags: mpif90 -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
16
 
PP flags      : -DSIESTA__FLOOK -DSIESTA__METIS -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DGRID_DP -DMPI_TIMING -DTRANSIESTA_TIMING -DTBTRANS_TIMING -DSIESTA__MUMPS -DNCDF_PARALLEL -DNCDF -DNCDF_4 -DSCALAPACK_DEBUG
17
 
Libraries     : -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -L/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -lscalapack  -L/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -lopenblas -L/home/nicpa/phd/esl/flook -lflookall -ldl -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
 
13
Siesta Version: siesta-4.1--731
 
14
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
 
15
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
 
16
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK
 
17
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
18
18
PARALLEL version
19
19
NetCDF support
20
20
NetCDF-4 support
21
21
NetCDF-4 MPI-IO support
22
22
METIS ordering support
23
23
 
24
 
* Running on 2 nodes in parallel
25
 
>> Start of run:  18-AUG-2016  10:52:17
 
24
* Running in serial mode with MPI
 
25
>> Start of run:   2-JUL-2017  11:07:56
26
26
 
27
27
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
28
28
Species number:   1 Atomic number:    1 Label: H
173
173
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
174
174
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
175
175
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
176
 
redata: Discard 1st Pulay DM after kick             =   F
177
176
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.2500
178
177
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
179
178
redata: No kicks to SCF
181
180
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
182
181
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
183
182
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
184
 
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
 
183
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0001
 
184
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
 
185
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
185
186
redata: Require H convergence for SCF               =   T
186
187
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
187
188
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
200
201
mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.250000
201
202
mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.250000
202
203
mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07
203
 
redata: Save data in SIESTA.nc                      =   F
 
204
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
204
205
redata: ***********************************************************************
205
206
 
206
207
%block SCF.Mixers
207
 
  Pulay                   
 
208
  Pulay
208
209
%endblock SCF.Mixers
209
210
 
210
211
%block SCF.Mixer.Pulay
216
217
  weight 0.2500
217
218
  weight.linear 0.2500
218
219
  history 2
219
 
  restart 0
220
 
  restart.save 1
221
 
 
222
 
  # Continuation options
223
220
%endblock SCF.Mixer.Pulay
224
221
 
225
222
DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation
227
224
Total number of electrons:     1.000000
228
225
Total ionic charge:     1.000000
229
226
 
230
 
* ProcessorY, Blocksize:    1   1
231
 
 
232
 
 
233
 
* Orbital distribution balance (max,min):     1     1
 
227
* ProcessorY, Blocksize:    1   3
 
228
 
 
229
 
 
230
* Orbital distribution balance (max,min):     2     2
234
231
 
235
232
k-point displ. along   3 input, could be:     0.00    0.50
236
233
 Kpoints in:           21 . Kpoints trimmed:           21
263
260
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    128.0000
264
261
<dSpData1D:S at geom step 0
265
262
  <sparsity:sparsity for geom step 0
266
 
    nrows_g=2 nrows=1 sparsity=2.5000 nnzs=10, refcount: 7>
267
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=10, refcount: 1>
 
263
    nrows_g=2 nrows=2 sparsity=5.0000 nnzs=20, refcount: 7>
 
264
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=20, refcount: 1>
268
265
refcount: 1>
269
 
New_DM. Step:     1
 
266
new_DM -- step:     1
270
267
Initializing Density Matrix...
271
 
DM after filling with atomic data:
272
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
268
DM filled with atomic data:
 
269
<dSpData2D:DM initialized from atoms
273
270
  <sparsity:sparsity for geom step 0
274
 
    nrows_g=2 nrows=1 sparsity=2.5000 nnzs=10, refcount: 8>
275
 
  <dData2D:(DMatomic) n=10 m=1, refcount: 1>
 
271
    nrows_g=2 nrows=2 sparsity=5.0000 nnzs=20, refcount: 8>
 
272
  <dData2D:DM n=20 m=1, refcount: 1>
276
273
refcount: 1>
 
274
 
 
275
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3       6
277
276
New grid distribution:   1
278
 
           1       1:   18    1:   18    1:    3
279
 
           2       1:   18    1:   18    4:    5
 
277
           1       1:   18    1:   18    1:    5
280
278
 
281
279
InitMesh: MESH =    36 x    36 x    10 =       12960
282
280
InitMesh: (bp) =    18 x    18 x     5 =        1620
283
281
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    55.966 Ry
284
 
ExtMesh (bp) on 0 =    42 x    42 x    31 =       54684
285
 
New grid distribution:   2
286
 
           1       1:   18    6:   18    1:    5
287
 
           2       1:   18    1:    5    1:    5
288
 
New grid distribution:   3
289
 
           1       1:   18    6:   18    1:    5
290
 
           2       1:   18    1:    5    1:    5
291
 
Setting up quadratic distribution...
292
 
ExtMesh (bp) on 0 =    42 x    37 x    33 =       51282
293
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                 1170
294
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                  794
295
 
cdiag-debug: Node=1, lwork=         6>= lworkq=         6, lrwork=        27>= lrworkq=        25, liwork=        32>= liworkq=        32
296
 
cdiag-debug: Node=0, lwork=         6>= lworkq=         6, lrwork=        27>= lrworkq=        25, liwork=        32>= liworkq=        32
 
282
ExtMesh (bp) on 0 =    42 x    42 x    33 =       58212
 
283
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                 1620
 
284
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 1623
297
285
 
298
286
stepf: Fermi-Dirac step function
299
287
 
319
307
siesta: FreeEng =       -13.384609
320
308
 
321
309
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
322
 
   scf:    1      -14.597431      -13.382817      -13.384609  0.489819 -5.931745  0.274056
323
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.012  10.34
324
 
   scf:    2      -13.383027      -13.382923      -13.384714  0.004726 -5.990862  0.198299
325
 
   scf:    3      -13.383151      -13.383041      -13.384833  0.012356 -6.145561  0.000384
 
310
   scf:    1      -14.597431      -13.382817      -13.384609  0.489818 -5.931745  0.274056
 
311
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.012  12.50
 
312
   scf:    2      -13.383027      -13.382923      -13.384715  0.004726 -5.990862  0.198299
 
313
   scf:    3      -13.383151      -13.383041      -13.384833  0.012356 -6.145560  0.000384
326
314
   scf:    4      -13.383041      -13.383041      -13.384833  0.000049 -6.145417  0.000312
327
315
 
328
316
SCF Convergence by DM+H criterion
329
 
max |DM_out - DM_in|   :     0.0000485989
330
 
max |H_out - H_in| (eV):     0.0003119658
 
317
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000485989
 
318
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0003119660
331
319
SCF cycle converged after 4 iterations
332
320
 
333
321
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
322
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3       6
334
323
 
335
324
siesta: E_KS(eV) =              -13.3830
336
325
 
345
334
----------------------------------------
346
335
   Max    0.000000    constrained
347
336
 
348
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):       -0.01       -0.01       39.95       -0.00       -0.00        0.00
 
337
Stress-tensor-Voigt (kbar):       -0.01       -0.01       39.95       -0.00        0.00       -0.00
349
338
(Free)E + p*V (eV/cell)      -14.4485
350
339
Target enthalpy (eV/cell)      -13.3848
351
340
Writing WFSX for COOP/COHP in h_chain.fullBZ.WFSX
354
343
siesta: Ebs     =        -7.503067
355
344
siesta: Eions   =        19.707322
356
345
siesta: Ena     =         5.235715
357
 
siesta: Ekin    =        10.265729
 
346
siesta: Ekin    =        10.265730
358
347
siesta: Enl     =        -2.951820
359
348
siesta: Eso     =         0.000000
360
349
siesta: Eldau   =         0.000000
361
350
siesta: DEna    =         0.502380
362
351
siesta: DUscf   =         0.016751
363
352
siesta: DUext   =         0.000000
364
 
siesta: Exc     =        -6.744475
 
353
siesta: Exc     =        -6.744476
365
354
siesta: eta*DQ  =         0.000000
366
355
siesta: Emadel  =         0.000000
367
356
siesta: Emeta   =         0.000000
373
362
 
374
363
siesta: Final energy (eV):
375
364
siesta:  Band Struct. =      -7.503067
376
 
siesta:       Kinetic =      10.265729
377
 
siesta:       Hartree =       7.829758
 
365
siesta:       Kinetic =      10.265730
 
366
siesta:       Hartree =       7.829759
378
367
siesta:       Eldau   =       0.000000
379
368
siesta:       Eso     =       0.000000
380
369
siesta:    Ext. field =       0.000000
381
 
siesta:   Exch.-corr. =      -6.744475
382
 
siesta:  Ion-electron =     -24.639587
383
 
siesta:       Ion-ion =      -0.094467
 
370
siesta:   Exch.-corr. =      -6.744476
 
371
siesta:  Ion-electron =     -24.639588
 
372
siesta:       Ion-ion =      -0.094466
384
373
siesta:       Ekinion =       0.000000
385
374
siesta:         Total =     -13.383041
386
375
siesta:         Fermi =      -6.145417
387
376
 
388
377
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
389
 
siesta:    -0.000004    0.000000    0.000000
390
 
siesta:    -0.000000   -0.000004   -0.000000
391
 
siesta:     0.000000   -0.000000    0.024936
 
378
siesta:    -0.000004   -0.000000   -0.000000
 
379
siesta:    -0.000000   -0.000004    0.000000
 
380
siesta:    -0.000000    0.000000    0.024936
392
381
 
393
382
siesta: Cell volume =        128.000000 Ang**3
394
383
 
396
385
siesta:                Solid            Molecule  Units
397
386
siesta:          -0.00009050         -0.00009050  Ry/Bohr**3
398
387
siesta:          -0.00830958         -0.00830958  eV/Ang**3
399
 
siesta:         -13.31355573        -13.31355573  kBar
 
388
siesta:         -13.31355577        -13.31355577  kBar
400
389
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =         -13.253233
401
390
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =         -13.253233
402
391
 
403
 
siesta: Electric dipole (a.u.)  =    0.000000    0.000000   -0.000000
404
 
siesta: Electric dipole (Debye) =    0.000000    0.000000   -0.000000
405
 
>> End of run:  18-AUG-2016  10:52:18
 
392
siesta: Electric dipole (a.u.)  =    0.000000    0.000000    0.000000
 
393
siesta: Electric dipole (Debye) =    0.000000    0.000000    0.000000
 
394
 
 
395
timer: Elapsed wall time (sec) =       0.219
 
396
timer: CPU execution times (sec):
 
397
 
 
398
Routine            Calls   Time/call    Tot.time        %
 
399
siesta                 1       0.123       0.123   100.00
 
400
Setup                  1       0.073       0.073    59.35
 
401
bands                  1       0.000       0.000     0.00
 
402
KSV_init               1       0.000       0.000     0.00
 
403
IterGeom               1       0.045       0.045    36.59
 
404
state_init             1       0.001       0.001     0.81
 
405
hsparse                1       0.000       0.000     0.00
 
406
overlap                1       0.000       0.000     0.00
 
407
Setup_H0               1       0.010       0.010     8.13
 
408
naefs                  2       0.001       0.001     0.81
 
409
MolMec                 2       0.000       0.000     0.00
 
410
kinefsm                2       0.000       0.000     0.00
 
411
nlefsm                 2       0.001       0.002     1.63
 
412
DHSCF_Init             1       0.007       0.007     5.69
 
413
DHSCF1                 1       0.002       0.002     1.63
 
414
INITMESH               1       0.000       0.000     0.00
 
415
DHSCF2                 1       0.005       0.005     4.07
 
416
REMESH                 1       0.000       0.000     0.00
 
417
REORD                 20       0.000       0.000     0.00
 
418
PHION                  1       0.002       0.002     1.63
 
419
COMM_BSC              15       0.000       0.000     0.00
 
420
POISON                 7       0.002       0.011     8.94
 
421
fft                   14       0.001       0.009     7.32
 
422
IterSCF                4       0.006       0.026    21.14
 
423
setup_H                5       0.004       0.020    16.26
 
424
DHSCF                  6       0.004       0.023    18.70
 
425
DHSCF3                 6       0.003       0.020    16.26
 
426
rhoofd                 6       0.000       0.000     0.00
 
427
CellXC                 6       0.001       0.008     6.50
 
428
cellXC                 6       0.001       0.008     6.50
 
429
vmat                   6       0.000       0.002     1.63
 
430
writeHSX               5       0.001       0.004     3.25
 
431
compute_dm             4       0.001       0.005     4.07
 
432
diagon                 4       0.001       0.005     4.07
 
433
c-eigval              84       0.000       0.001     0.81
 
434
c-buildHS             84       0.000       0.000     0.00
 
435
cdiag                189       0.000       0.002     1.63
 
436
cdiag1               189       0.000       0.000     0.00
 
437
cdiag2               189       0.000       0.000     0.00
 
438
cdiag3               189       0.000       0.002     1.63
 
439
cdiag4               189       0.000       0.000     0.00
 
440
c-eigvec             105       0.000       0.001     0.81
 
441
c-buildD              84       0.000       0.000     0.00
 
442
MIXER                  3       0.000       0.000     0.00
 
443
PostSCF                1       0.007       0.007     5.69
 
444
DHSCF4                 1       0.003       0.003     2.44
 
445
dfscf                  1       0.002       0.002     1.63
 
446
overfsm                1       0.000       0.000     0.00
 
447
state_analysis         1       0.001       0.001     0.81
 
448
siesta_move            1       0.000       0.000     0.00
 
449
Analysis               1       0.005       0.005     4.07
 
450
writewave              1       0.002       0.002     1.63
 
451
optical                1       0.000       0.000     0.00
 
452
  
 
453
>> End of run:   2-JUL-2017  11:07:56
 
454
Job completed