← Back to branch summary

~nickpapior/siesta/tddft-work

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/si-optical.out

  • Committer: Rafi Ullah
  • Date: 2017-08-30 14:09:10 UTC
  • mfrom: (611.1.19 trunk)
  • Revision ID: rraffiu@gmail.com-20170830140910-bhu0osuh4d59wn8e
Merged with trunk-630

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/si-optical.out
10
10
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
11
reinit: System Label: si-optical
12
12
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: trunk-554
14
 
Architecture  : x86_64-linux-gcc
15
 
Compiler flags: mpif90 -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
16
 
PP flags      : -DSIESTA__FLOOK -DSIESTA__METIS -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DGRID_DP -DMPI_TIMING -DTRANSIESTA_TIMING -DTBTRANS_TIMING -DSIESTA__MUMPS -DNCDF_PARALLEL -DNCDF -DNCDF_4 -DSCALAPACK_DEBUG
17
 
Libraries     : -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -L/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -lscalapack  -L/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -lopenblas -L/home/nicpa/phd/esl/flook -lflookall -ldl -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
 
13
Siesta Version: siesta-4.1--731
 
14
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
 
15
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
 
16
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK
 
17
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
18
18
PARALLEL version
19
19
NetCDF support
20
20
NetCDF-4 support
21
21
NetCDF-4 MPI-IO support
22
22
METIS ordering support
23
23
 
24
 
* Running on 4 nodes in parallel
25
 
>> Start of run:  18-AUG-2016   9:11:57
 
24
* Running on 8 nodes in parallel
 
25
>> Start of run:   2-JUL-2017  12:01:19
26
26
 
27
27
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
28
28
Species number:   1 Atomic number:   14 Label: Si
232
232
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
233
233
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
234
234
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
235
 
redata: Discard 1st Pulay DM after kick             =   F
236
235
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.3000
237
236
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
238
237
redata: No kicks to SCF
240
239
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
241
240
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
242
241
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
243
 
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
 
242
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0001
 
243
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
 
244
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
244
245
redata: Require H convergence for SCF               =   T
245
246
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
246
247
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
259
260
mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.300000
260
261
mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.300000
261
262
mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07
262
 
redata: Save data in SIESTA.nc                      =   F
 
263
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
263
264
redata: ***********************************************************************
264
265
 
265
266
%block SCF.Mixers
266
 
  Pulay                   
 
267
  Pulay
267
268
%endblock SCF.Mixers
268
269
 
269
270
%block SCF.Mixer.Pulay
275
276
  weight 0.3000
276
277
  weight.linear 0.3000
277
278
  history 3
278
 
  restart 0
279
 
  restart.save 1
280
 
 
281
 
  # Continuation options
282
279
%endblock SCF.Mixer.Pulay
283
280
 
284
281
DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation
286
283
Total number of electrons:     8.000000
287
284
Total ionic charge:     8.000000
288
285
 
289
 
* ProcessorY, Blocksize:    2   7
290
 
 
291
 
 
292
 
* Orbital distribution balance (max,min):     7     5
 
286
* ProcessorY, Blocksize:    2   3
 
287
 
 
288
 
 
289
* Orbital distribution balance (max,min):     5     3
293
290
 
294
291
 Kpoints in:           75 . Kpoints trimmed:           63
295
292
 
321
318
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     40.0258
322
319
<dSpData1D:S at geom step 0
323
320
  <sparsity:sparsity for geom step 0
324
 
    nrows_g=26 nrows=7 sparsity=11.5222 nnzs=7789, refcount: 7>
325
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=7789, refcount: 1>
 
321
    nrows_g=26 nrows=5 sparsity=9.5902 nnzs=6483, refcount: 7>
 
322
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=6483, refcount: 1>
326
323
refcount: 1>
327
 
New_DM. Step:     1
 
324
new_DM -- step:     1
328
325
Initializing Density Matrix...
 
326
 
329
327
Attempting to read DM from file... Failed...
330
 
DM after filling with atomic data:
331
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
328
DM filled with atomic data:
 
329
<dSpData2D:DM initialized from atoms
332
330
  <sparsity:sparsity for geom step 0
333
 
    nrows_g=26 nrows=7 sparsity=11.5222 nnzs=7789, refcount: 8>
334
 
  <dData2D:(DMatomic) n=7789 m=1, refcount: 1>
 
331
    nrows_g=26 nrows=5 sparsity=9.5902 nnzs=6483, refcount: 8>
 
332
  <dData2D:DM n=6483 m=1, refcount: 1>
335
333
refcount: 1>
 
334
 
 
335
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      38     269
336
336
New grid distribution:   1
337
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
338
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
339
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
340
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
337
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
338
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
339
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
340
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
341
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
342
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
343
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
344
           8       1:   12    7:   12   10:   12
341
345
 
342
346
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
343
347
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
344
348
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   150.000   161.974 Ry
345
 
ExtMesh (bp) on 0 =    68 x    62 x    62 =      261392
 
349
ExtMesh (bp) on 0 =    68 x    62 x    59 =      248744
346
350
New grid distribution:   2
347
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
348
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
349
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
350
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
351
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
352
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
353
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
354
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
355
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
356
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
357
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
358
           8       1:    6    7:   12    1:    6
351
359
New grid distribution:   3
352
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
353
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
354
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
355
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
360
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
361
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
362
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
363
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
364
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
365
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
366
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
367
           8       1:    6    7:   12    1:    6
356
368
Setting up quadratic distribution...
357
 
ExtMesh (bp) on 0 =    68 x    62 x    62 =      261392
358
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
359
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                43737
360
 
cdiag-debug: Node=3, lwork=       301>= lworkq=       257, lrwork=       693>= lrworkq=       667, liwork=       216>= liworkq=       200
361
 
cdiag-debug: Node=0, lwork=       343>= lworkq=       271, lrwork=       849>= lrworkq=       823, liwork=       216>= liworkq=       200
362
 
cdiag-debug: Node=1, lwork=       329>= lworkq=       271, lrwork=       765>= lrworkq=       739, liwork=       216>= liworkq=       200
363
 
cdiag-debug: Node=2, lwork=       315>= lworkq=       257, lrwork=       765>= lrworkq=       739, liwork=       216>= liworkq=       200
 
369
ExtMesh (bp) on 0 =    62 x    62 x    62 =      238328
 
370
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
371
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                23933
364
372
 
365
373
stepf: Fermi-Dirac step function
366
374
 
367
375
siesta: Program's energy decomposition (eV):
368
 
siesta: Ebs     =       -79.223267
 
376
siesta: Ebs     =       -79.223268
369
377
siesta: Eions   =       380.802124
370
378
siesta: Ena     =       117.077053
371
379
siesta: Ekin    =        82.160904
372
 
siesta: Enl     =        29.069542
 
380
siesta: Enl     =        29.069543
373
381
siesta: Eso     =         0.000000
374
382
siesta: Eldau   =         0.000000
375
 
siesta: DEna    =         1.934241
 
383
siesta: DEna    =         1.934240
376
384
siesta: DUscf   =         0.375021
377
385
siesta: DUext   =         0.000000
378
 
siesta: Exc     =       -65.250421
 
386
siesta: Exc     =       -65.250422
379
387
siesta: eta*DQ  =         0.000000
380
388
siesta: Emadel  =         0.000000
381
389
siesta: Emeta   =         0.000000
387
395
 
388
396
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
389
397
   scf:    1     -213.820204     -215.435784     -215.435784  1.862806 -4.743561  0.359288
390
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       1.072  27.02
391
 
   scf:    2     -215.450312     -215.443226     -215.443226  0.014733 -4.673216  0.223504
 
398
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.560  36.92
 
399
   scf:    2     -215.450312     -215.443227     -215.443227  0.014733 -4.673216  0.223504
392
400
   scf:    3     -215.451681     -215.447961     -215.447963  0.023578 -4.555282  0.002907
393
 
   scf:    4     -215.447970     -215.447966     -215.447968  0.001064 -4.554202  0.001867
394
 
   scf:    5     -215.447967     -215.447966     -215.447968  0.000278 -4.553743  0.000010
395
 
   scf:    6     -215.447966     -215.447966     -215.447968  0.000000 -4.553743  0.000009
 
401
   scf:    4     -215.447971     -215.447966     -215.447968  0.001064 -4.554202  0.001867
 
402
   scf:    5     -215.447967     -215.447967     -215.447969  0.000278 -4.553743  0.000010
 
403
   scf:    6     -215.447967     -215.447967     -215.447969  0.000000 -4.553743  0.000009
396
404
 
397
405
SCF Convergence by DM+H criterion
398
 
max |DM_out - DM_in|   :     0.0000004948
399
 
max |H_out - H_in| (eV):     0.0000087129
 
406
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000004948
 
407
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0000087128
400
408
SCF cycle converged after 6 iterations
401
409
 
402
410
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
411
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      38     269
403
412
 
404
413
siesta: E_KS(eV) =             -215.4480
405
414
 
407
416
 
408
417
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
409
418
----------------------------------------
410
 
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
419
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
411
420
----------------------------------------
412
421
   Max    0.000000
413
422
   Res    0.000000    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
422
431
siesta: Ebs     =       -79.686256
423
432
siesta: Eions   =       380.802124
424
433
siesta: Ena     =       117.077053
425
 
siesta: Ekin    =        81.470645
426
 
siesta: Enl     =        28.903404
 
434
siesta: Ekin    =        81.470644
 
435
siesta: Enl     =        28.903405
427
436
siesta: Eso     =         0.000000
428
437
siesta: Eldau   =         0.000000
429
 
siesta: DEna    =         2.633323
 
438
siesta: DEna    =         2.633322
430
439
siesta: DUscf   =         0.323270
431
440
siesta: DUext   =         0.000000
432
 
siesta: Exc     =       -65.053537
 
441
siesta: Exc     =       -65.053538
433
442
siesta: eta*DQ  =         0.000000
434
443
siesta: Emadel  =         0.000000
435
444
siesta: Emeta   =         0.000000
436
445
siesta: Emolmec =         0.000000
437
446
siesta: Ekinion =         0.000000
438
 
siesta: Eharris =      -215.447966
439
 
siesta: Etot    =      -215.447966
440
 
siesta: FreeEng =      -215.447968
 
447
siesta: Eharris =      -215.447967
 
448
siesta: Etot    =      -215.447967
 
449
siesta: FreeEng =      -215.447969
441
450
 
442
451
siesta: Final energy (eV):
443
452
siesta:  Band Struct. =     -79.686256
444
 
siesta:       Kinetic =      81.470645
 
453
siesta:       Kinetic =      81.470644
445
454
siesta:       Hartree =      14.615406
446
455
siesta:       Eldau   =       0.000000
447
456
siesta:       Eso     =       0.000000
448
457
siesta:    Ext. field =       0.000000
449
 
siesta:   Exch.-corr. =     -65.053537
 
458
siesta:   Exch.-corr. =     -65.053538
450
459
siesta:  Ion-electron =    -105.564499
451
 
siesta:       Ion-ion =    -140.915981
 
460
siesta:       Ion-ion =    -140.915980
452
461
siesta:       Ekinion =       0.000000
453
 
siesta:         Total =    -215.447966
 
462
siesta:         Total =    -215.447967
454
463
siesta:         Fermi =      -4.553743
455
464
 
456
465
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
463
472
siesta: Pressure (static):
464
473
siesta:                Solid            Molecule  Units
465
474
siesta:           0.00001171          0.00001171  Ry/Bohr**3
466
 
siesta:           0.00107497          0.00107497  eV/Ang**3
467
 
siesta:           1.72231459          1.72231453  kBar
 
475
siesta:           0.00107499          0.00107499  eV/Ang**3
 
476
siesta:           1.72233938          1.72233932  kBar
468
477
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -213.898641
469
478
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -213.898641
470
479
 
486
495
Optical: For insulators and closed shell systems
487
496
Optical: this number should be close to 1 if an enough
488
497
Optical: number of unoccupied bands have been included
489
 
>> End of run:  18-AUG-2016   9:12:41
 
498
>> End of run:   2-JUL-2017  12:01:46
 
499
Job completed