~njansson/dolfin/hpc

// --- Return NumPy arrays for Mesh::cells() and Mesh::coordinates() ---

 

%define ALL_COORDINATES(name)

%extend name {

    PyObject* coordinates() {

        // Get coordinates for all vertices in structure.

        // returns a 3xnoVertices Numeric array, x in array[0], y in array[1]

        // and z in array[2]

        int noVert = self->numVertices();

        int dim = self->geometry().dim();

        int nadims = 2;

        npy_intp adims[nadims];

 

        adims[0] = noVert;

        adims[1] = dim;

 

        PyArrayObject* arr = (PyArrayObject *)PyArray_SimpleNewFromData(nadims, adims, PyArray_DOUBLE, (char *)(self->coordinates()));

        if ( arr == NULL ) return NULL;

        PyArray_INCREF(arr);

        return (PyObject *)arr;

    }

}

%enddef

 

%define ALL_CELLS(name)

%extend name {

    PyObject* cells() {

       // Get the node-id for all vertices.

        int  nadims = 2;

        npy_intp adims[nadims];

        int no_cells = self->numCells();

        int vertices_per_cell = (self->topology().dim() == 2) ? 3 : 4;

 

        adims[0] = no_cells;

        adims[1] = vertices_per_cell;

 

        // the std. way of creating a Numeric array

        PyArrayObject* arr = (PyArrayObject *)PyArray_SimpleNewFromData(nadims, adims, PyArray_INT, (char *)(self->cells()));

        if (arr == NULL) return NULL;

        PyArray_INCREF(arr);

        return (PyObject *)arr;

    }

}

%enddef

 

ALL_COORDINATES(dolfin::Mesh)

ALL_CELLS(dolfin::Mesh)

 

%ignore dolfin::Mesh::cells;

%ignore dolfin::Mesh::coordinates;

 

//--- Mesh iterators ---

 

// Map increment operator and dereference operators for iterators

%rename(increment) dolfin::MeshEntityIterator::operator++;

%rename(dereference) dolfin::MeshEntityIterator::operator*;

 

// Rename the iterators to better match the Python syntax

%rename(vertices) dolfin::VertexIterator;

%rename(edges) dolfin::EdgeIterator;

%rename(faces) dolfin::FaceIterator;

%rename(facets) dolfin::FacetIterator;

%rename(cells) dolfin::CellIterator;

%rename(entities) dolfin::MeshEntityIterator;