← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/stretch/openbabel/stretch

« back to all changes in this revision

Viewing changes to data/SMARTS_InteLigand.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Banck
  • Date: 2008-07-22 23:54:58 UTC
  • mfrom: (3.1.10 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080722235458-3o606czluviz4akx
Tags: 2.2.0-2
* Upload to unstable.
* debian/control: Updated descriptions.
* debian/patches/gauss_cube_format.patch: New patch, makes the 
  gaussian cube format available again.
* debian/rules (DEB_DH_MAKESHLIBS_ARGS_libopenbabel3): Removed.
* debian/rules (DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS): Likewise.
* debian/libopenbabel3.install: Adjust formats directory to single 
  version hierarchy.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
data/SMARTS_InteLigand.txt
6
6
#
7
7
#              Released under the Lesser General Public License (LGPL license)
8
8
#              see http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
9
 
#              Version 221105
 
9
#              Modified from Version 221105
10
10
#####################################################################################################
11
11
 
12
12
# General Stuff:
33
33
 
34
34
Tertiary_carbon: [CX4H1]([#6])([#6])[#6]
35
35
 
36
 
Quartary_carbon: [CX4]([#6])([#6])([#6])[#6]
37
 
 
38
 
 
39
 
# I.1.2 C-C double and Tripple Bonds
 
36
Quaternary_carbon: [CX4]([#6])([#6])([#6])[#6]
 
37
 
 
38
 
 
39
# I.1.2 C-C double and Triple Bonds
40
40
 
41
41
Alkene: [CX3;$([H2]),$([H1][#6]),$(C([#6])[#6])]=[CX3;$([H2]),$([H1][#6]),$(C([#6])[#6])] 
42
42
# sp2 C may be substituted only by C or H - 
107
107
 
108
108
Tertiary_aliph_amine: [NX3H0+0,NX4H1+;!$([N][!C]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
109
109
 
110
 
Quartary_aliph_ammonium: [NX4H0+;!$([N][!C]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
 
110
Quaternary_aliph_ammonium: [NX4H0+;!$([N][!C]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
111
111
 
112
112
Primary_arom_amine: [NX3H2+0,NX4H3+]c
113
113
 
115
115
 
116
116
Tertiary_arom_amine: [NX3H0+0,NX4H1+;!$([N][!c]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
117
117
 
118
 
Quartary_arom_ammonium: [NX4H0+;!$([N][!c]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
 
118
Quaternary_arom_ammonium: [NX4H0+;!$([N][!c]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
119
119
 
120
120
Secondary_mixed_amine: [NX3H1+0,NX4H2+;$([N]([c])[C]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
121
121
 
122
122
Tertiary_mixed_amine: [NX3H0+0,NX4H1+;$([N]([c])([C])[#6]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
123
123
 
124
 
Quartary_mixed_ammonium: [NX4H0+;$([N]([c])([C])[#6][#6]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
 
124
Quaternary_mixed_ammonium: [NX4H0+;$([N]([c])([C])[#6][#6]);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
125
125
 
126
126
Ammonium: [N+;!$([N]~[!#6]);!$(N=*);!$([N]*~[#7,#8,#15,#16])]
127
 
# only C and H substituents allowed. Quartary or protonated amines
 
127
# only C and H substituents allowed. Quaternary or protonated amines
128
128
# NX4+ or Nv4+ is not recognized by Daylight's depictmatch if less than four C are present
129
129
 
130
130
 
809
809
Borohydride: [BH1,BH2,BH3,BH4]
810
810
# at least one H attached to B
811
811
 
812
 
Quartary_boron: [BX4]
 
812
Quaternary_boron: [BX4]
813
813
# mostly borates (negative charge), in complex with Lewis-base
814
814
 
815
815
 
885
885
Sugar_pattern_2_beta: [OX2;$([r5]1@[C@](!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C1),$([r6]1@[C@](!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C@C1)]
886
886
# 5 or 6-membered cyclic hemi-acetal
887
887
 
888
 
Poly_sugar_1: ([OX2;$([r5]1@C@C@C(O)@C1),$([r6]1@C@C@C(O)@C(O)@C1)].[OX2;$([r5]1@C@C@C(O)@C1),$([r6]1@C@C@C(O)@C(O)@C1)])
 
888
##Poly_sugar_1: ([OX2;$([r5]1@C@C@C(O)@C1),$([r6]1@C@C@C(O)@C(O)@C1)].[OX2;$([r5]1@C@C@C(O)@C1),$([r6]1@C@C@C(O)@C(O)@C1)])
889
889
# pattern1 occours more than once (in same molecule, but moieties don't have to be adjacent!)
890
890
 
891
 
Poly_sugar_2: ([OX2;$([r5]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C1),$([r6]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C@C1)].[OX2;$([r5]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C1),$([r6]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C@C1)])
 
891
##Poly_sugar_2: ([OX2;$([r5]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C1),$([r6]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C@C1)].[OX2;$([r5]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C1),$([r6]1@C(!@[OX2,NX3,SX2,FX1,ClX1,BrX1,IX1])@C@C@C@C1)])
892
892
# pattern2 occours more than once (in same molecule, but moieties don't have to be adjacent!)
893
893
 
894
894
 
921
921
C_ONS_bond: [#6]~[#7,#8,#16]
922
922
# probably all drug-like molecules have at least one O, N, or S connected to a C -> nice filter
923
923
 
924
 
# Mixture: (*).(*)
 
924
## Mixture: (*).(*)
925
925
# two or more seperate parts, may also be salt
926
926
# component-level grouping is not yet supported in Open Babel Version 2.0
927
927
 
935
935
Salt: ([-1,-2,-3,-4,-5,-6,-7]).([+1,+2,+3,+4,+5,+6,+7])
936
936
# two or more seperate components with opposite charges
937
937
 
938
 
Zwitterion: ([-1,-2,-3,-4,-5,-6,-7].[+1,+2,+3,+4,+5,+6,+7])
 
938
##Zwitterion: ([-1,-2,-3,-4,-5,-6,-7].[+1,+2,+3,+4,+5,+6,+7])
939
939
# both negative and positive charges somewhere within the same molecule. 
940
940
 
941
941
1,3-Tautomerizable: [$([#7X2,OX1,SX1]=*[!H0;!$([a;!n])]),$([#7X3,OX2,SX2;!H0]*=*),$([#7X3,OX2,SX2;!H0]*:n)]