← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/stretch/openbabel/stretch

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/obgen.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Banck
  • Date: 2008-07-22 23:54:58 UTC
  • mfrom: (3.1.10 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080722235458-3o606czluviz4akx
Tags: 2.2.0-2
* Upload to unstable.
* debian/control: Updated descriptions.
* debian/patches/gauss_cube_format.patch: New patch, makes the 
  gaussian cube format available again.
* debian/rules (DEB_DH_MAKESHLIBS_ARGS_libopenbabel3): Removed.
* debian/rules (DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS): Likewise.
* debian/libopenbabel3.install: Adjust formats directory to single 
  version hierarchy.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/obgen.1
 
1
.Dd July 4, 2008
 
2
.Os "Open Babel" 2.2
 
3
.Dt obgen 1 URM
 
4
.Sh NAME
 
5
.Nm obgen
 
6
.Nd "generate 3D coordinates for a molecule"
 
7
.Sh SYNOPSIS
 
8
.Nm
 
9
.Op Ar OPTIONS
 
10
.Ar filename
 
11
.Sh DESCRIPTION
 
12
The obgen tool will generate 3D coordinates for molecules in a file
 
13
(e.g. multi-molecule SMILES files). The resulting structure will be
 
14
optimized using the given forcefield and checked for the
 
15
lowest-energy conformer using a Monte Carlo search. 
 
16
Output will be sent to standard output in the SDF file format.
 
17
.Sh OPTIONS
 
18
If no filename is given, obgen will give all options including the
 
19
available forcefields.
 
20
.Bl -tag -width flag
 
21
.It Fl ff Ar forcefield
 
22
Select the forcefield
 
23
.El
 
24
.Sh EXAMPLES
 
25
.Pp
 
26
View the possible options, including available forcefields: 
 
27
.Dl "obgen"
 
28
.Pp
 
29
Generate 3D coordinates for the molecule(s) in file test.smi:
 
30
.Dl "obgen test.smi"
 
31
.Pp
 
32
Generate 3D coordinates for the molecule(s) in file test.smi using the 
 
33
UFF forcefield:
 
34
.Dl "obgen -ff UFF test.smi"
 
35
.Sh SEE ALSO
 
36
.Xr babel 1 ,
 
37
.Xr obminimize 1 ,
 
38
.Xr obconformer 1 .
 
39
.Pp
 
40
The web pages for Open Babel can be found at:
 
41
<\fBhttp://openbabel.org/\fR> 
 
42
.Pp
 
43
The web pages for Open Babel Molecular Mechanics can be found at: 
 
44
<\fBhttp://openbabel.org/wiki/Molecular_mechanics\fR>
 
45
.Sh AUTHORS
 
46
The obgen program was contributed by
 
47
.An Tim Vandermeersch.
 
48
.Pp
 
49
.An -nosplit
 
50
Open Babel is developed by a cast of many, including currrent maintainers
 
51
.An Geoff Hutchison ,
 
52
.An Chris Morley ,
 
53
.An Michael Banck , 
 
54
and innumerable others who have contributed fixes and additions. 
 
55
For more contributors to Open Babel, see 
 
56
<\fBhttp://openbabel.org/wiki/THANKS\fR>
 
57
.Sh COPYRIGHT
 
58
Copyright (C) 2007-2008 by Tim Vandermeersch.
 
59
.Pp
 
60
 This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 
61
it under the terms of the GNU General Public License as published by
 
62
the Free Software Foundation version 2 of the License.
 
63
.Pp
 
64
 This program is distributed in the hope that it will be useful,
 
65
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
66
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 
67
GNU General Public License for more details.