← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/stretch/openbabel/stretch

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/java/OBResidue.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Banck
  • Date: 2008-07-22 23:54:58 UTC
  • mfrom: (3.1.10 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080722235458-3o606czluviz4akx
Tags: 2.2.0-2
* Upload to unstable.
* debian/control: Updated descriptions.
* debian/patches/gauss_cube_format.patch: New patch, makes the 
  gaussian cube format available again.
* debian/rules (DEB_DH_MAKESHLIBS_ARGS_libopenbabel3): Removed.
* debian/rules (DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS): Likewise.
* debian/libopenbabel3.install: Adjust formats directory to single 
  version hierarchy.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/java/OBResidue.java
 
1
/* ----------------------------------------------------------------------------
 
2
 * This file was automatically generated by SWIG (http://www.swig.org).
 
3
 * Version 1.3.36
 
4
 *
 
5
 * Do not make changes to this file unless you know what you are doing--modify
 
6
 * the SWIG interface file instead.
 
7
 * ----------------------------------------------------------------------------- */
 
8
 
 
9
 
 
10
public class OBResidue extends OBBase {
 
11
  private long swigCPtr;
 
12
 
 
13
  protected OBResidue(long cPtr, boolean cMemoryOwn) {
 
14
    super(openbabelJNI.SWIGOBResidueUpcast(cPtr), cMemoryOwn);
 
15
    swigCPtr = cPtr;
 
16
  }
 
17
 
 
18
  protected static long getCPtr(OBResidue obj) {
 
19
    return (obj == null) ? 0 : obj.swigCPtr;
 
20
  }
 
21
 
 
22
  protected void finalize() {
 
23
    delete();
 
24
  }
 
25
 
 
26
  public synchronized void delete() {
 
27
    if(swigCPtr != 0 && swigCMemOwn) {
 
28
      swigCMemOwn = false;
 
29
      openbabelJNI.delete_OBResidue(swigCPtr);
 
30
    }
 
31
    swigCPtr = 0;
 
32
    super.delete();
 
33
  }
 
34
 
 
35
  public OBResidue() {
 
36
    this(openbabelJNI.new_OBResidue__SWIG_0(), true);
 
37
  }
 
38
 
 
39
  public OBResidue(OBResidue arg0) {
 
40
    this(openbabelJNI.new_OBResidue__SWIG_1(OBResidue.getCPtr(arg0), arg0), true);
 
41
  }
 
42
 
 
43
  public void AddAtom(OBAtom atom) {
 
44
    openbabelJNI.OBResidue_AddAtom(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom);
 
45
  }
 
46
 
 
47
  public void InsertAtom(OBAtom atom) {
 
48
    openbabelJNI.OBResidue_InsertAtom(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom);
 
49
  }
 
50
 
 
51
  public void RemoveAtom(OBAtom atom) {
 
52
    openbabelJNI.OBResidue_RemoveAtom(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom);
 
53
  }
 
54
 
 
55
  public void SetName(String resname) {
 
56
    openbabelJNI.OBResidue_SetName(swigCPtr, this, resname);
 
57
  }
 
58
 
 
59
  public void SetNum(long resnum) {
 
60
    openbabelJNI.OBResidue_SetNum__SWIG_0(swigCPtr, this, resnum);
 
61
  }
 
62
 
 
63
  public void SetNum(String resnum) {
 
64
    openbabelJNI.OBResidue_SetNum__SWIG_1(swigCPtr, this, resnum);
 
65
  }
 
66
 
 
67
  public void SetChain(char chain) {
 
68
    openbabelJNI.OBResidue_SetChain(swigCPtr, this, chain);
 
69
  }
 
70
 
 
71
  public void SetChainNum(long chainnum) {
 
72
    openbabelJNI.OBResidue_SetChainNum(swigCPtr, this, chainnum);
 
73
  }
 
74
 
 
75
  public void SetIdx(long idx) {
 
76
    openbabelJNI.OBResidue_SetIdx(swigCPtr, this, idx);
 
77
  }
 
78
 
 
79
  public void SetAtomID(OBAtom atom, String id) {
 
80
    openbabelJNI.OBResidue_SetAtomID(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom, id);
 
81
  }
 
82
 
 
83
  public void SetHetAtom(OBAtom atom, boolean hetatm) {
 
84
    openbabelJNI.OBResidue_SetHetAtom(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom, hetatm);
 
85
  }
 
86
 
 
87
  public void SetSerialNum(OBAtom atom, long sernum) {
 
88
    openbabelJNI.OBResidue_SetSerialNum(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom, sernum);
 
89
  }
 
90
 
 
91
  public String GetName() {
 
92
    return openbabelJNI.OBResidue_GetName(swigCPtr, this);
 
93
  }
 
94
 
 
95
  public long GetNum() {
 
96
    return openbabelJNI.OBResidue_GetNum(swigCPtr, this);
 
97
  }
 
98
 
 
99
  public String GetNumString() {
 
100
    return openbabelJNI.OBResidue_GetNumString(swigCPtr, this);
 
101
  }
 
102
 
 
103
  public long GetNumAtoms() {
 
104
    return openbabelJNI.OBResidue_GetNumAtoms(swigCPtr, this);
 
105
  }
 
106
 
 
107
  public char GetChain() {
 
108
    return openbabelJNI.OBResidue_GetChain(swigCPtr, this);
 
109
  }
 
110
 
 
111
  public long GetChainNum() {
 
112
    return openbabelJNI.OBResidue_GetChainNum(swigCPtr, this);
 
113
  }
 
114
 
 
115
  public long GetIdx() {
 
116
    return openbabelJNI.OBResidue_GetIdx(swigCPtr, this);
 
117
  }
 
118
 
 
119
  public long GetResKey() {
 
120
    return openbabelJNI.OBResidue_GetResKey(swigCPtr, this);
 
121
  }
 
122
 
 
123
  public SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t GetAtoms() {
 
124
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t(openbabelJNI.OBResidue_GetAtoms(swigCPtr, this), true);
 
125
  }
 
126
 
 
127
  public SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBBond_p_t GetBonds(boolean exterior) {
 
128
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBBond_p_t(openbabelJNI.OBResidue_GetBonds__SWIG_0(swigCPtr, this, exterior), true);
 
129
  }
 
130
 
 
131
  public SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBBond_p_t GetBonds() {
 
132
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBBond_p_t(openbabelJNI.OBResidue_GetBonds__SWIG_1(swigCPtr, this), true);
 
133
  }
 
134
 
 
135
  public String GetAtomID(OBAtom atom) {
 
136
    return openbabelJNI.OBResidue_GetAtomID(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom);
 
137
  }
 
138
 
 
139
  public long GetSerialNum(OBAtom atom) {
 
140
    return openbabelJNI.OBResidue_GetSerialNum(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom);
 
141
  }
 
142
 
 
143
  public boolean GetAminoAcidProperty(int arg0) {
 
144
    return openbabelJNI.OBResidue_GetAminoAcidProperty(swigCPtr, this, arg0);
 
145
  }
 
146
 
 
147
  public boolean GetAtomProperty(OBAtom a, int arg1) {
 
148
    return openbabelJNI.OBResidue_GetAtomProperty(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(a), a, arg1);
 
149
  }
 
150
 
 
151
  public boolean GetResidueProperty(int arg0) {
 
152
    return openbabelJNI.OBResidue_GetResidueProperty(swigCPtr, this, arg0);
 
153
  }
 
154
 
 
155
  public boolean IsHetAtom(OBAtom atom) {
 
156
    return openbabelJNI.OBResidue_IsHetAtom(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(atom), atom);
 
157
  }
 
158
 
 
159
  public boolean IsResidueType(int arg0) {
 
160
    return openbabelJNI.OBResidue_IsResidueType(swigCPtr, this, arg0);
 
161
  }
 
162
 
 
163
  public SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator BeginAtoms() {
 
164
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator(openbabelJNI.OBResidue_BeginAtoms(swigCPtr, this), true);
 
165
  }
 
166
 
 
167
  public SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator EndAtoms() {
 
168
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator(openbabelJNI.OBResidue_EndAtoms(swigCPtr, this), true);
 
169
  }
 
170
 
 
171
  public OBAtom BeginAtom(SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator i) {
 
172
    long cPtr = openbabelJNI.OBResidue_BeginAtom(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator.getCPtr(i));
 
173
    return (cPtr == 0) ? null : new OBAtom(cPtr, false);
 
174
  }
 
175
 
 
176
  public OBAtom NextAtom(SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator i) {
 
177
    long cPtr = openbabelJNI.OBResidue_NextAtom(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__vectorT_OpenBabel__OBAtom_p_t__iterator.getCPtr(i));
 
178
    return (cPtr == 0) ? null : new OBAtom(cPtr, false);
 
179
  }
 
180
 
 
181
}