← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/hoary/bioperl/hoary

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Genpred.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Genpred.t
1
1
# -*-Perl-*-
2
2
## Bioperl Test Harness Script for Modules
3
 
## $Id: Genpred.t,v 1.12 2001/12/06 17:29:52 bosborne Exp $
 
3
## $Id: Genpred.t,v 1.15 2003/05/23 21:02:35 jason Exp $
4
4
 
5
5
# Before `make install' is performed this script should be runnable with
6
6
# `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
15
15
        use lib 't';
16
16
    }
17
17
    use Test;
18
 
    plan tests => 34;
 
18
    plan tests => 56;
19
19
}
20
20
 
21
21
use Bio::Tools::Genscan;
22
22
use Bio::Tools::Genemark;
 
23
use Bio::Tools::Glimmer;
23
24
use Bio::Tools::MZEF;  
24
25
use Bio::SeqIO;
25
26
use Bio::Root::IO;
95
96
ok($gene->exons, 23);
96
97
 
97
98
# Genemark testing:
98
 
my $genemark = Bio::Tools::Genemark->new('-file' => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "genemark.out"));
 
99
my $genemark = Bio::Tools::Genemark->new('-file' => Bio::Root::IO->catfile(qw(t data genemark.out)));
99
100
 
100
101
my $gmgene = $genemark->next_prediction();
101
 
ok $gmgene->seqname(), "Hvrn.contig8";
 
102
ok $gmgene->seq_id(), "Hvrn.contig8";
102
103
ok $genemark->analysis_date(), "Thu Mar 22 10:25:00 2001";
103
104
 
104
105
my $i = 0;
117
118
    }
118
119
}
119
120
 
 
121
my $glimmer = new Bio::Tools::Glimmer('-file' => Bio::Root::IO->catfile(qw(t data glimmer.out)));
 
122
my $glimmergene = $glimmer->next_prediction;
 
123
 
 
124
ok($glimmergene);
 
125
ok($glimmergene->seq_id, 'BAC1Contig11');
 
126
ok($glimmergene->source_tag, 'GlimmerM_3.0');
 
127
ok($glimmergene->primary_tag, 'transcript');
 
128
ok(($glimmergene->get_tag_values('Group'))[0], 'GenePrediction1');
 
129
my @glim_exons = $glimmergene->exons;
 
130
ok(scalar (@glim_exons), 5);
 
131
ok($glim_exons[0]->start, 13907);
 
132
ok($glim_exons[0]->end, 13985);
 
133
ok($glim_exons[0]->strand, 1);
 
134
ok(($glim_exons[0]->get_tag_values('Group'))[0], 'GenePrediction1');
 
135
 
 
136
@num_exons = (0,5,3, 1, 6, 3);
 
137
$i = 1;
 
138
while($glimmergene = $glimmer->next_prediction()) {
 
139
    $i++;
 
140
    ok(($glimmergene->get_tag_values('Group'))[0],"GenePrediction$i");
 
141
    @glim_exons = $glimmergene->exons();    
 
142
    ok scalar(@glim_exons), $num_exons[$i];
 
143
    if($i == 5) {
 
144
        ok $glim_exons[1]->start, 30152;
 
145
        ok $glim_exons[1]->end, 30235;
 
146
        ok $glim_exons[1]->strand, -1;
 
147
    }
 
148
}
 
149