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Viewing changes to t/data/sofa.ontology

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
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Lines of Context:
t/data/sofa.ontology
 
1
!autogenerated-by:     DAG-Edit version 1.316
 
2
!saved-by:             suzi
 
3
!date:                 Wed Feb 19 16:38:05 SGT 2003
 
4
!version: $Revision: 1.1 $
 
5
!type: % ISA Is a
 
6
!type: < PARTOF Part of
 
7
!Sequence_ontology_Lite_Version
 
8
!This is only for comment; not for implementation
 
9
!Comments to: song-devel@sourceforge.net
 
10
$Sequence_Feature_Ontology ; SO:0000000
 
11
 %sofa ; GO:0000001
 
12
  %feature ; SO:20000000
 
13
   %chromosome ; GO:0000005
 
14
    <centromere ; GO:0000004
 
15
    <telomere ; GO:0000003
 
16
   %gene ; SO:0000704
 
17
    <regulatory_region ; SO:0005836
 
18
     %enhancer ; SO:0000165
 
19
     %TF_binding_site ; SO:0000235 ; synonym:transcription_factor_binding_site % nucleotide_motif ; SO:0000714
 
20
    <transcript ; SO:0000673
 
21
     %primary_transcript ; SO:0000185 ; synonym:precursor_RNA
 
22
      <exon ; SO:0000147
 
23
      <intron ; SO:0000188
 
24
      %noncoding_primary_transcript ; SO:0000483
 
25
       %micro_RNA_primary_transcript ; SO:0000647
 
26
       %transfer_RNA_primary_transcript ; SO:0000210
 
27
      <splice_site ; SO:0000162
 
28
       %splice_acceptor ; SO:0000164 ; synonym:acceptor_splice_site
 
29
        %transsplice_acceptor_site ; SO:0000706
 
30
       %splice_donor ; SO:0000163 ; synonym:donor_splice_site
 
31
      <transcription_start_site ; SO:0000315
 
32
     %processed_transcript ; SO:0000233
 
33
      <exon_junction ; SO:0000333
 
34
      %mRNA ; SO:0000234 ; synonym:messenger_RNA
 
35
       <coding_sequence ; SO:0000316
 
36
        <coding_end ; SO:0000327
 
37
        <coding_start ; SO:0000323
 
38
       <untranslated_region ; SO:0000203 ; synonym:UTR
 
39
        %five_prime_untranslated_region ; SO:0000204 ; synonym:5'-UTR
 
40
        %three_prime_untranslated_region ; SO:0000205 ; synonym:3'-UTR
 
41
      %ncRNA ; SO:0000655 ; synonym:noncoding_RNA
 
42
       %miRNA ; SO:0000276 ; synonym:micro_RNA
 
43
       %rRNA ; SO:0000252 ; synonym:ribosomal_RNA
 
44
       %tRNA ; SO:0000253 ; synonym:transfer_RNA
 
45
      <polyA_site ; SO:0000553
 
46
   %match ; SO:0000343
 
47
    %nucleotide_to_nucleotide_match ; SO:0000347
 
48
     %cross_genome_match ; SO:0000177
 
49
     %expressed_sequence_match ; GO:0000007
 
50
      %cDNA_match ; SO:0000689 % RNAi_reagent ; GO:0000009
 
51
      %EST_match ; SO:0000668
 
52
     %translated_nucleotide_match ; SO:0000181
 
53
    %nucleotide_to_protein_match ; SO:0000351
 
54
   %nucleotide_motif ; SO:0000714
 
55
    %CpG_island ; SO:0000307
 
56
    %TF_binding_site ; SO:0000235 ; synonym:transcription_factor_binding_site % regulatory_region ; SO:0005836
 
57
   %origin_of_replication ; SO:0000296
 
58
   %pseudogene_region ; SO:0000336
 
59
   %reagent ; SO:0000695
 
60
    %assembly_component ; SO:0000143
 
61
     %contig ; SO:0000149
 
62
     %golden_path_region ; SO:0000688
 
63
    %clone ; SO:0000151
 
64
     %cDNA_clone ; GO:0000011
 
65
     <clone_end ; SO:0000103
 
66
     %genomic_clone ; GO:0000012
 
67
    %databank_entry ; SO:2000061
 
68
    %oligonucleotide ; SO:0000696 ; synonym:primer % RNAi_reagent ; GO:0000009
 
69
    %pcr_product ; SO:0000006 ; synonym:amplicon
 
70
     %STS ; GO:0000008 ; synonym:sequence_tag_site
 
71
   %remark ; SO:0000700
 
72
    %experimental_reagent_region ; SO:0000703
 
73
     %RNAi_reagent ; GO:0000009
 
74
      %cDNA_match ; SO:0000689 % expressed_sequence_match ; GO:0000007
 
75
      %oligonucleotide ; SO:0000696 ; synonym:primer % reagent ; SO:0000695
 
76
    %potential_sequencing_error ; SO:0000701
 
77
   %repeat_region ; SO:0000657
 
78
    %direct_repeat ; SO:0000314
 
79
    %dispersed_repeat ; SO:0000658
 
80
    %inverted_repeat ; SO:0000294
 
81
    %repeat_family ; SO:0000187
 
82
     %transposable_element ; SO:0000101
 
83
      %DNA_transposon ; SO:0000182
 
84
      %retrotransposon ; SO:0000180
 
85
       %LTR_retrotransposon ; SO:0000186
 
86
       %non_LTR_retrotransposon ; SO:0000189
 
87
        %LINE_element ; SO:0000194
 
88
        %SINE_element ; SO:0000206
 
89
    %tandem_repeat ; SO:0000705
 
90
     %microsatellite ; SO:0000289
 
91
   %sequence_variant ; SO:0000109
 
92
    %deletion ; SO:0000159
 
93
     <deletion_junction ; SO:0000687
 
94
    %insertion ; SO:0000667
 
95
    %inversion ; SO:0000697
 
96
     <inversion_junction ; SO:0000692
 
97
    %substitution ; SO:1000002
 
98
    %translocation_junction ; SO:0000691