← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/bioperl/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SearchIO/axt.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SearchIO/axt.pm
1
 
# $Id: axt.pm,v 1.3 2003/07/24 20:33:55 jason Exp $
 
1
# $Id: axt.pm,v 1.8.4.2 2006/10/02 23:10:26 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::SearchIO::axt
4
4
#
28
28
 
29
29
=head1 DESCRIPTION
30
30
 
31
 
This is a parser and event-generator for AXT format reports typically
32
 
produced by BLASTZ (Schwartz et al,(2003) Genome Research, 13:103-107)
33
 
but can also be produce from any lav report and directly out of BLAT.
 
31
This is a parser and event-generator for AXT format reports.  BLASTZ
 
32
reports (Schwartz et al,(2003) Genome Research, 13:103-107) are normally
 
33
in LAV format but are commonly post-processed to AXT format; many precomputed
 
34
BLASTZ reports, such as those found in the UCSC Genome
 
35
Browser, are in AXT format.   This parser will also parse any
 
36
AXT format produced from any lav report and directly out of BLAT.
34
37
 
35
38
=head1 FEEDBACK
36
39
 
40
43
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
41
44
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
42
45
 
43
 
  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion
44
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists
 
46
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
47
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
45
48
 
46
49
=head2 Reporting Bugs
47
50
 
48
51
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
49
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
50
 
email or the web:
 
52
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
 
53
web:
51
54
 
52
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
55
  http://bugzilla.open-bio.org/
53
56
 
54
57
=head1 AUTHOR - Jason Stajich
55
58
 
56
59
Email jason-at-bioperl.org
57
60
 
58
 
=head1 CONTRIBUTORS
59
 
 
60
 
Additional contributors names and emails here
61
 
 
62
61
=head1 APPENDIX
63
62
 
64
63
The rest of the documentation details each of the object methods.
71
70
 
72
71
 
73
72
package Bio::SearchIO::axt;
74
 
use vars qw(@ISA %MODEMAP %MAPPING @STATES $GAPCHAR);
 
73
use vars qw(%MODEMAP %MAPPING @STATES $GAPCHAR);
75
74
use strict;
76
75
 
77
 
use Bio::SearchIO;
78
76
use Bio::Search::Result::ResultFactory;
79
77
use Bio::Search::HSP::HSPFactory;
80
 
@ISA = qw(Bio::SearchIO );
 
78
use base qw(Bio::SearchIO);
81
79
 
82
80
use POSIX;
83
81
 
139
137
 
140
138
sub next_result{
141
139
    my ($self) = @_;
 
140
    local $/ = "\n";
 
141
    local $_;
 
142
 
142
143
    my ($curquery,$curhit);
143
144
    $self->start_document();
144
145
    my @hit_signifs;
233
234
        $self->end_element({'Name' => 'AXTOutput'});
234
235
        return $self->end_document();
235
236
    }
236
 
    return undef;
 
237
    return;
237
238
}
238
239
 
239
240
sub _initialize {