← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/bioperl/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/MZEF.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/MZEF.pm
1
 
# $Id: MZEF.pm,v 1.9 2002/10/22 07:38:46 lapp Exp $
 
1
# $Id: MZEF.pm,v 1.14.4.1 2006/10/02 23:10:32 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::MZEF
4
4
#
5
 
# Cared for by Hilmar Lapp <hlapp@gmx.net>
 
5
# Cared for by Hilmar Lapp <hlapp-at-gmx.net>
6
6
#
7
7
# Copyright Hilmar Lapp
8
8
#
62
62
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
63
63
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
64
64
 
65
 
  bioperl-l@bioperl.org          - General discussion
66
 
  http://bio.perl.org/MailList.html             - About the mailing lists
 
65
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
66
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
67
67
 
68
68
=head2 Reporting Bugs
69
69
 
70
70
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
71
 
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via email
72
 
or the web:
 
71
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
72
web:
73
73
 
74
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
75
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
74
  http://bugzilla.open-bio.org/
76
75
 
77
76
=head1 AUTHOR - Hilmar Lapp
78
77
 
79
 
Email hlapp@gmx.net (or hilmar.lapp@pharma.novartis.com)
80
 
 
81
 
Describe contact details here
 
78
Email hlapp-at-gmx.net (or hilmar.lapp-at-pharma.novartis.com)
82
79
 
83
80
=head1 APPENDIX
84
81
 
85
 
The rest of the documentation details each of the object methods. Internal methods are usually preceded with a _
 
82
The rest of the documentation details each of the object
 
83
methods. Internal methods are usually preceded with a _
86
84
 
87
85
=cut
88
86
 
91
89
 
92
90
 
93
91
package Bio::Tools::MZEF;
94
 
use vars qw(@ISA);
95
92
use strict;
96
93
 
97
 
use Bio::Tools::AnalysisResult;
98
94
use Bio::Tools::Prediction::Gene;
99
95
use Bio::Tools::Prediction::Exon;
100
96
 
101
 
@ISA = qw(Bio::Tools::AnalysisResult);
 
97
use base qw(Bio::Tools::AnalysisResult);
102
98
 
103
99
sub _initialize_state {
104
100
    my($self,@args) = @_;
297
293
sub _prediction {
298
294
    my ($self) = @_;
299
295
 
300
 
    return undef unless(exists($self->{'_preds'}) && @{$self->{'_preds'}});
 
296
    return unless(exists($self->{'_preds'}) && @{$self->{'_preds'}});
301
297
    return shift(@{$self->{'_preds'}});
302
298
}
303
299