← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/bioperl/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/codeml_lysozyme/lysozymeSmall.trees

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/codeml_lysozyme/lysozymeSmall.trees
 
1
2 
 
2
 
 
3
((Hsa_Human: 0.02556, Hla_gibbon: 0.03889): 0.06798,
 
4
((Cgu/Can_colobus: 0.04379, Pne_langur: 0.05254) #1 : 0.07637, Mmu_rhesus:
 
5
0.02168): 0.04345, (Ssc_squirrelM: 0.04080, Cja_marmoset: 0.02392):
 
6
0.12266);
 
7
((Hsa_Human: 0.02556, Hla_gibbon: 0.03889): 0.06798,
 
8
((Cgu/Can_colobus: 0.04379, Pne_langur: 0.05254) #1 : 0.07637, Mmu_rhesus:
 
9
0.02168): 0.04345, (Ssc_squirrelM: 0.04080, Cja_marmoset: 0.02392):
 
10
0.12266);
 
11
 
 
12
 
 
13
((Hsa_Human, Hla_gibbon),((Cgu/Can_colobus, Pne_langur) #1,
 
14
Mmu_rhesus), (Ssc_squirrelM, Cja_marmoset)); / * table 1B&F */
 
15
 
 
16
 
 
17
((1,2), ((3,4) #1, 5), (6,7) );     / * table 1B&F */
 
18
((1,2) #1, ((3,4), 5), (6,7) );        / * table 1C&G */
 
19
((1,2) #1, ((3,4) #1, 5), (6,7) );     / * table 1D&H */
 
20
 
 
21
((1,2) #1, ((3,4) #2, 5), (6,7) );     / * table 1E&I */
 
22
((1,2) #2, ((3,4) #1, 5), (6,7) );     / * table 1E&J */
 
23
 
 
24
 
 
25
((1,2), ((3,4), 5), (6,7) );
 
26
 
 
27
For lysozymeSmall.nuc (Messier and Stewart 1997; Yang 1998)
 
28
 
 
29
 1: Hsa_Human
 
30
 2: Hla_gibbon
 
31
 3: Cgu/Can_colobus
 
32
 4: Pne_langur
 
33
 5: Mmu_rhesus
 
34
 6: Ssc_squirrelM
 
35
 7: Cja_marmoset
 
36