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scripts/paasify.sh

 

1

#!/bin/sh

 

2

# script to do perfusion processing

 

3

 

 

4

# defaults

 

5

#MATLABPATH=/usr/local/spm8

 

6

#SPM8_MATLAB_CMD="matlab2009b -nodesktop"

 

7

MPRAGE=mprage.nii

 

8

PERF=perf.nii

 

9

WMASK=wmask.nii

 

10

FSLOUTPUTTYPE=NIFTI    # for spm-compatibility

 

11

 

 

12

# FIXME test return codes at every step

 

13

 

 

14

 

 

15

# reset orientation info to sane defaults

 

16

vbim $MPRAGE -setspace -write $MPRAGE

 

17

vbim $PERF -setspace -write4d $PERF

 

18

vbim $WMASK -setspace -write $WMASK

 

19

 

 

20

 

 

21

# remove existing files from previous runs that could confuse things

 

22

rm -f *perf1* rperf* mperf* *.mat meanperf* [wm]mprage.nii *perfmap* *~ *.ps rp_*.txt

 

23

 

 

24

# coreg perf to mprage using FLIRT

 

25

#flirt -cost normmi -in $PERF -ref $MPRAGE -out cperf.nii -omat perf2mprage.mat

 

26

# coreg perf to mprage using resample

 

27

#resample perf.tes cperf.tes -ref mprage.cub

 

28

 

 

29

# coreg perf to mprage using spm

 

30

vbim perf.nii -include 0 -write perf1.nii

 

31

spm8_coreg -r $MPRAGE -i perf1.nii

 

32

vbim perf.nii -setspace perf1.nii -write4d perf.nii

 

33

 

 

34

# for convenience, extract perf1

 

35

#vbim cperf.nii -include 0 -setspace -write perf1.nii

 

36

#vbim $PERF -setspace -write4d $PERF

 

37

 

 

38

# segment first volume of PERF for the sole purpose of bias correction

 

39

# (producing mperf.nii), remove extraneous normalized version

 

40

# (wperf.nii).  we do this first so that we aren't going to mess with

 

41

# PERF's coregistration.

 

42

spm8_segment -i perf.nii,1 -o tmp.nii -p tmp.mat

 

43

#rm -f wperf.nii tmp.mat tmp.nii

 

44

# get perf denominator

 

45

#denom=`calcperf -t 4000 -m  $WMASK perf1.nii`

 

46

denom=`calcperf -t 4000 -m  $WMASK mperf.nii`

 

47

echo "DENOM: " $denom

 

48

#rm mperf.nii

 

49

 

 

50

# reset NIfTI headers on input files to sane defaults

 

51

vbim $MPRAGE -setspace -write $MPRAGE

 

52

#vbim $PERF -setspace -write4d $PERF

 

53

vbim $WMASK -setspace -write $WMASK

 

54

 

 

55

# extract the first volume as a reference for realignment

 

56

# don't need to do this, we can just use "foo.nii,1" within spm

 

57

# vbim $PERF -include 0 -write perf1.nii

 

58

 

 

59

# coregister first perf volume to mprage

 

60

#spm8_coreg -r $MPRAGE -i perf1.nii

 

61

 

 

62

# realign and reslice the single perf volume

 

63

spm8_realign -i perf.nii -r perf1.nii

 

64

#flirt -in cperf.nii -ref perf1.nii -out rperf.nii

 

65

 

 

66

 

 

67

# get the perf data, reduce it to a perf map

 

68

vbim rperf.nii -convert double  -oddeven -average -div $denom -write perfmap.nii

 

69

# the following may be necessary, but shouldn't be, since we resliced

 

70

vbim perfmap.nii -setspace perf1.nii -write perfmap.nii

 

71

 

 

72

# normalize (segment) mprage

 

73

spm8_segment -i $MPRAGE -p sn_seg.mat

 

74

 

 

75

# normalize perf map

 

76

spm8_warp -i perfmap.nii -p sn_seg.mat -b t1

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