← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/voxbo/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to stats/vbstatmap.hlp

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Hanke
  • Date: 2010-06-06 11:33:11 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100606113311-v3c13imdkkd5n7ae
Tags: upstream-1.8.5~svn1172
Import upstream version 1.8.5~svn1172

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
stats/vbstatmap.hlp
 
1
 
 
2
VoxBo vbstatmap (v%1%)
 
3
summary: creates a stat map from a GLM directory
 
4
usage:
 
5
    vbstatmap <glm dir> [flags]
 
6
flags:
 
7
    -c <contrast>     contrast name or vector
 
8
    -o <file>         output file
 
9
    -p <x> <y> <z>    FWHM in voxels for pseudo-t variance smoothing
 
10
    -m <mask>         mask volume
 
11
    -q <num>          q value for an FDR test
 
12
example:
 
13
    vbstatmap myglm_directory -o out.cub -c "foo t vec 1 0" -s 0 0 0
 
14
scales:
 
15
    t                  - t value map
 
16
    i                  - intercept term percent change map
 
17
    beta or rb         - raw beta values map
 
18
    f                  - F value map
 
19
    tp tp/1 tp/2       - p map of t values
 
20
    fp                 - p map for F values
 
21
    tz tz/1 tz/2       - Z map of t values
 
22
    fz                 - Z map for F values
 
23
notes:
 
24
  You are strongly encouraged to specify your contrasts in the
 
25
  contrasts.txt file, which is automatically created along with your
 
26
  GLM, and comes with comments explaining its use.  Then you can just
 
27
  use the -c flag with the name of a contrast in that file (e.g., "-c
 
28
  mycontrast").  If you want to specify the contrast on the command
 
29
  line, it's best to use that same syntax, e.g.: -c "foo t vec 1 0
 
30
  -1".  Note that the first token ("foo") isn't used for anything
 
31
  right now.
 
32
 
 
33
  Use the -p option to smooth the variance map for a pseudo-t map
 
34
 
 
35
  Note that VoxBo defaults to one tailed tests, and that /1 and /2
 
36
  force one tailed and two tailed for p and z maps
 
37
 
 
38
  If you provide a q value of 0 (-q 0), vbstatmap will give you FDR
 
39
  thresholds for a range of commonly requested q values.
 
40