← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/bioperl/vivid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-06-17 13:51:18 UTC
  • mfrom: (3.1.6 sid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110617135118-hncy38e0134j8oi5
Tags: 1.6.901-1
* New upstream release.
* Point debian/watch to search.cpan.org.
* Build using dh and overrides:
  - Use Debhelper 8 (debian/rules, debian/control).
  - Simplified debian/rules.
* Split into libbio-perl-perl, as discussed with the Debian Perl team.
  (debian/control, debian/bioperl.install, debian libbio-perl-perl.install)
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/StandAloneNCBIBlast.pm
1
 
# $Id: StandAloneNCBIBlast.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
1
#
3
2
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::StandAloneBlast
4
3
#
50
49
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via 
51
50
the web:
52
51
 
53
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
 
52
  https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
54
53
 
55
54
=head1 AUTHOR - Peter Schattner
56
55
 
74
73
package Bio::Tools::Run::StandAloneNCBIBlast;
75
74
 
76
75
use strict;
 
76
use warnings;
77
77
 
78
78
use base qw(Bio::Tools::Run::StandAloneBlast);
79
79
 
89
89
                        o => 'outfile',
90
90
                        p => 'program',
91
91
                        d => 'database');
92
 
our @BLASTALL_PARAMS = qw(A B C D E F G K L M O P Q R S W X Y Z a b e f l m q r t v w y z);
 
92
our @BLASTALL_PARAMS = qw(A B C D E F G K L M O P Q R S W X Y Z a b e f l m q r t v w y z n);
93
93
our @BLASTALL_SWITCH = qw(I g J T U n V s);
94
94
our @BLASTPGP_PARAMS = qw(A B C E F G H I J K L M N O P Q R S T U W X Y Z a b c e f h j k l m q s t u v y z);
95
95
our @RPSBLAST_PARAMS = qw(F I J L N O P T U V X Y Z a b e l m v y z);
113
113
parameters have defaults and are optional except for -p in those programs that
114
114
have it. For a complete listing of settable parameters, run the relevant
115
115
executable BLAST program with the option "-" as in blastall -
116
 
Note that the input paramters (-i, -j, -input) should not be set directly by
 
116
Note that the input parameters (-i, -j, -input) should not be set directly by
117
117
you: this module sets them when you call one of the executable methods.
118
118
 
119
119
Blastall