← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/bioperl/vivid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/02_dogfish_no_taxrefs.xml

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-06-17 13:51:18 UTC
  • mfrom: (3.1.6 sid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110617135118-hncy38e0134j8oi5
Tags: 1.6.901-1
* New upstream release.
* Point debian/watch to search.cpan.org.
* Build using dh and overrides:
  - Use Debhelper 8 (debian/rules, debian/control).
  - Simplified debian/rules.
* Split into libbio-perl-perl, as discussed with the Debian Perl team.
  (debian/control, debian/bioperl.install, debian libbio-perl-perl.install)
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/02_dogfish_no_taxrefs.xml
 
1
<nex:nexml generator="Bio::Phylo::Project v.0.17_RC9_841" version="0.8" xmlns="http://www.nexml.org/1.0" xmlns:nex="http://www.nexml.org/1.0" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns" xmlns:xml="http://www.w3.org/XML/1998/namespace" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.nexml.org/1.0 http://www.nexml.org/1.0/nexml.xsd">
 
2
  <otus id="otus1">
 
3
    <otu id="otu2" label="S. acanthias"/> <!-- Squalus acanthias, spiny dogfish, NCBI 7797 -->
 
4
    <otu id="otu3" label="S. glaucus"/>  <!-- Squalus glaucus, http://www.zoobank.org/?lsid=urn:lsid:zoobank.org:act:A6AD1B85-C65C-4079-B425-56828418620C -->
 
5
    <otu id="otu4" label="S. cubensis"/> <!-- Cuban dogfish, NCBI 134995 -->
 
6
    <otu id="otu5" label="S. megalops"/>  <!-- dogfish, NCBI 335062 -->
 
7
    <otu id="otu6" label="S. grahami"/>  <!-- dogfish, NCBI 335029 -->
 
8
    <otu id="otu7" label="S. brevirostris"/>  <!--  dogfish, NCBI 436290 -->
 
9
  </otus>
 
10
  <trees id="trees16" otus="otus1">
 
11
    <tree id="tree18" label="'the tree'" xsi:type="nex:IntTree">
 
12
      <node id="node19" root="true"/>
 
13
      <node id="node20" label="S. acanthias" otu="otu2"/>
 
14
      <node id="node21"/>
 
15
      <node id="node22"/>
 
16
      <node id="node27"/>
 
17
      <node id="node23"/>
 
18
      <node id="node26" label="S. megalops" otu="otu5"/>
 
19
      <node id="node28" label="S. grahami" otu="otu6"/>
 
20
      <node id="node29" label="S. brevirostris" otu="otu7"/>
 
21
      <node id="node24" label="S. glaucus" otu="otu3"/>
 
22
      <node id="node25" label="S. cubensis" otu="otu4"/>
 
23
      <edge id="edge20" length="4" source="node19" target="node20"/>
 
24
      <edge id="edge21" length="1" source="node19" target="node21"/>
 
25
      <edge id="edge22" length="1" source="node21" target="node22"/>
 
26
      <edge id="edge27" length="2" source="node21" target="node27"/>
 
27
      <edge id="edge23" length="1" source="node22" target="node23"/>
 
28
      <edge id="edge26" length="2" source="node22" target="node26"/>
 
29
      <edge id="edge28" length="1" source="node27" target="node28"/>
 
30
      <edge id="edge29" length="1" source="node27" target="node29"/>
 
31
      <edge id="edge24" length="1" source="node23" target="node24"/>
 
32
      <edge id="edge25" length="1" source="node23" target="node25"/>
 
33
    </tree>
 
34
  </trees>
 
35
  <characters id="characters8" otus="otus1" xsi:type="nex:StandardCells">
 
36
    <format>
 
37
      <states id="states10">
 
38
        <state id="s1" symbol="0"/>
 
39
        <state id="s2" symbol="1"/>
 
40
        <state id="s3" symbol="2"/>
 
41
        <state id="s4" symbol="3"/>
 
42
        <state id="s5" symbol="4"/>
 
43
        <state id="s6" symbol="5"/>
 
44
        <state id="s7" symbol="6"/>
 
45
        <state id="s8" symbol="7"/>
 
46
        <state id="s9" symbol="8"/>
 
47
        <state id="s10" symbol="9"/>
 
48
        <uncertain_state_set id="s11" symbol="-"></uncertain_state_set>
 
49
        <uncertain_state_set id="s12" symbol="?">
 
50
          <member state="s1"/>
 
51
          <member state="s2"/>
 
52
          <member state="s3"/>
 
53
          <member state="s4"/>
 
54
          <member state="s5"/>
 
55
          <member state="s6"/>
 
56
          <member state="s7"/>
 
57
          <member state="s8"/>
 
58
          <member state="s9"/>
 
59
          <member state="s10"/>
 
60
          <member state="s11"/>
 
61
        </uncertain_state_set>
 
62
      </states>
 
63
      <char id="c1" states="states10"/>
 
64
    </format>
 
65
    <matrix>
 
66
      <row id="row9" label="S. acanthias" otu="otu2">
 
67
        <cell char="c1" state="s1"/>
 
68
      </row>
 
69
      <row id="row11" label="S. glaucus" otu="otu3">
 
70
        <cell char="c1" state="s3"/>
 
71
      </row>
 
72
      <row id="row12" label="S. cubensis" otu="otu4">
 
73
        <cell char="c1" state="s3"/>
 
74
      </row>
 
75
      <row id="row13" label="S. megalops" otu="otu5">
 
76
        <cell char="c1" state="s1"/>
 
77
      </row>
 
78
      <row id="row14" label="S. grahami" otu="otu6">
 
79
        <cell char="c1" state="s2"/>
 
80
      </row>
 
81
      <row id="row15" label="S. brevirostris" otu="otu7">
 
82
        <cell char="c1" state="s1"/>
 
83
      </row>
 
84
    </matrix>
 
85
  </characters>
 
86
</nex:nexml>