← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/bioperl/vivid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/AlignIO/phylip.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-06-17 13:51:18 UTC
  • mfrom: (3.1.6 sid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110617135118-hncy38e0134j8oi5
Tags: 1.6.901-1
* New upstream release.
* Point debian/watch to search.cpan.org.
* Build using dh and overrides:
  - Use Debhelper 8 (debian/rules, debian/control).
  - Simplified debian/rules.
* Split into libbio-perl-perl, as discussed with the Debian Perl team.
  (debian/control, debian/bioperl.install, debian libbio-perl-perl.install)
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/AlignIO/phylip.t
7
7
        use lib '.';
8
8
    use Bio::Root::Test;
9
9
    
10
 
    test_begin(-tests => 11);
 
10
    test_begin(-tests => 16);
11
11
        
12
12
        use_ok('Bio::AlignIO::phylip');
13
13
}
31
31
$status = $strout->write_aln($aln);
32
32
is $status, 1, "phylip output test";
33
33
 
 
34
# check the LocatableSeq start/end/strand etc
 
35
my $ls = $aln->get_seq_by_pos(2);
 
36
is($ls->display_id, 'Pan_panisc');
 
37
is($ls->start, 1);
 
38
is($ls->end,47);
 
39
 
 
40
# bug 2984
 
41
TODO: {
 
42
    local $TODO = 'problems with default strand, length?';
 
43
    # shouldn't this be 0?
 
44
    is($ls->strand,0);
 
45
    is($ls->length,47);
 
46
}
 
47
 
34
48
# PHYLIP sequential/non-interleaved
35
49
$strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => test_input_file('noninterleaved.phy'),
36
50
                            '-format' => 'phylip');