← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/bioperl/vivid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/SeqIO/nexml.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-06-17 13:51:18 UTC
  • mfrom: (3.1.6 sid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110617135118-hncy38e0134j8oi5
Tags: 1.6.901-1
* New upstream release.
* Point debian/watch to search.cpan.org.
* Build using dh and overrides:
  - Use Debhelper 8 (debian/rules, debian/control).
  - Simplified debian/rules.
* Split into libbio-perl-perl, as discussed with the Debian Perl team.
  (debian/control, debian/bioperl.install, debian libbio-perl-perl.install)
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/SeqIO/nexml.t
 
1
#-*-perl-*-
 
2
# $Id$
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
use Bio::Root::Test;
 
7
test_begin(-tests => 126,
 
8
            -requires_modules => [qw(Bio::Phylo)]);
 
9
use_ok( 'Bio::PrimarySeq' );
 
10
use_ok('Bio::SeqIO::nexml'); # checks that your module is there and loads ok
 
11
diag("WARNING: NeXML parsing for NeXML v0.9 is currently very experimental support");
 
12
SKIP: {
 
13
    skip("NeXML parsing for NeXML v0.9 is currently very experimental support", 124);
 
14
 
 
15
#Read Data
 
16
ok( my $SeqStream = Bio::SeqIO->new(
 
17
                    -file => test_input_file('nexml', 'characters.nexml.xml'),
 
18
                    -format => 'nexml'),'stream ok');
 
19
 
 
20
#checking first sequence object
 
21
ok( my $seq_obj = $SeqStream->next_seq(), 'seq obj' );
 
22
isa_ok($seq_obj, 'Bio::Seq');
 
23
is( $seq_obj->alphabet, 'dna', "alphabet" );
 
24
TODO: {
 
25
    local $TODO = 'primary/display_id broken with NeXML 0.9';
 
26
    is( $seq_obj->primary_id, 'DNA sequences.seq_1', "primary_id");
 
27
    is( $seq_obj->display_id, 'DNA sequences.seq_1', "display_id");
 
28
}
 
29
is( $seq_obj->seq, 'ACGCTCGCATCGCATC', "sequence");
 
30
#check taxa
 
31
my %expected_taxa = ('Homo sapiens' => 1,
 
32
                     'Pan paniscus' => 1,
 
33
                     'Pan troglodytes' => 1,
 
34
                     'Gorilla gorilla' => 1,
 
35
                     'Pongo pygmaeus' => 1);
 
36
my $feat = ($seq_obj->get_SeqFeatures())[0];
 
37
is( ($feat->get_tag_values('taxa_id'))[0], 'taxa1', 'taxa id');
 
38
is( ($feat->get_tag_values('taxa_label'))[0], 'Primary taxa block', 'taxa label');
 
39
is( ($feat->get_tag_values('my_taxon'))[0], 'Homo sapiens', "taxon ok" );
 
40
my @taxa = $feat->get_tag_values('taxon');
 
41
is( @taxa, 5, 'number of taxa');
 
42
foreach my $taxon (@taxa) {
 
43
    ok( $expected_taxa{$taxon}, 'taxon ok')     
 
44
}
 
45
 
 
46
#checking second sequence object
 
47
ok( $seq_obj = $SeqStream->next_seq() );
 
48
is( $seq_obj->alphabet, 'dna', "alphabet" );
 
49
TODO: {
 
50
    local $TODO = 'primary/display_id broken with NeXML 0.9';
 
51
    is( $seq_obj->primary_id, 'DNA sequences.seq_2', "primary_id");
 
52
    is( $seq_obj->display_id, 'DNA sequences.seq_2', "display_id");
 
53
}
 
54
is( $seq_obj->seq, 'ACGCTCGCATCGCATC', "sequence");
 
55
$SeqStream->next_seq();
 
56
$SeqStream->next_seq();
 
57
 
 
58
#checking fifth sequence object
 
59
ok( $seq_obj = $SeqStream->next_seq() );
 
60
is( $seq_obj->alphabet, 'rna', "alphabet" );
 
61
TODO: {
 
62
    local $TODO = 'primary/display_id broken with NeXML 0.9';
 
63
    is( $seq_obj->primary_id, 'RNA sequences.seq_2', "primary_id");
 
64
    is( $seq_obj->display_id, 'RNA sequences.seq_2', "display_id defaults to primary");
 
65
}
 
66
is( $seq_obj->seq, 'ACGCUCGCAUCGCAUC', "sequence");
 
67
 
 
68
#Write Data
 
69
diag('Begin tests for writing seq files');
 
70
my $outdata = test_output_file();
 
71
ok( my $outSeqStream = Bio::SeqIO->new(-file => ">$outdata",
 
72
                                       -format => 'nexml'), 'out stream ok');
 
73
ok $outSeqStream->write_seq($seq_obj), 'write nexml seq';
 
74
close($outdata);
 
75
 
 
76
diag("write_seq support for NeXML 0.9 NYI");
 
77
 
 
78
#Read in the out file to test roundtrip
 
79
my $inSeqStream = Bio::SeqIO->new(-file => $outdata, -format => 'nexml');
 
80
 
 
81
#checking fifth sequence object
 
82
ok( my $seq_obj2 = $inSeqStream->next_seq() );
 
83
is( $seq_obj2->alphabet, 'rna', "alphabet" );
 
84
is( $seq_obj2->primary_id, 'RNA sequences.seq_2', "primary_id");
 
85
is( $seq_obj2->display_id, 'RNA sequences.seq_2', "display_id defaults to primary");
 
86
is( $seq_obj2->seq, 'ACGCUCGCAUCGCAUC', "sequence");
 
87
 
 
88
#check taxa
 
89
my $feat1 = ($seq_obj2->get_SeqFeatures())[0];
 
90
is( ($feat1->get_tag_values('taxa_id'))[0], 'taxa1', 'taxa id');
 
91
is( ($feat1->get_tag_values('taxa_label'))[0], 'Primary taxa block', 'taxa label');
 
92
is( ($feat1->get_tag_values('my_taxon'))[0], 'Pan paniscus', "taxon ok" );
 
93
my @taxa2 = $feat1->get_tag_values('taxon');
 
94
is( @taxa2, 5, 'number of taxa');
 
95
foreach my $taxon (@taxa2) {
 
96
    ok( $expected_taxa{$taxon}, 'taxon ok')     
 
97
}
 
98
 
 
99
}