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R/get_taxa.R

 

1

 

 

2

#' get_taxa

 

3

#'

 

4

#' Retrieve names of all species/otus otus (operational taxonomic units) included in the nexml 

 

5

#' @aliases get_taxa get_otu

 

6

#' @param nexml a nexml object

 

7

#' @return the list of taxa

 

8

#' @export get_taxa get_otu

 

9

#' @examples

 

10

#' comp_analysis <- system.file("examples", "comp_analysis.xml", package="RNeXML")

 

11

#' nex <- nexml_read(comp_analysis)

 

12

#' get_taxa(nex)

 

13

#' @seealso  \code{\link{get_item}}

 

14

get_taxa <- function(nexml){

 

15

  get_level(nexml, "otus/otu")

 

16

}

 

17

get_otu <- get_taxa

 

18

 

 

19

#' get_taxa_list

 

20

#' 

 

21

#' Retrieve names of all species/otus otus (operational taxonomic units) included in the nexml 

 

22

#' @aliases get_taxa_list get_otus_list

 

23

#' @param nexml a nexml object

 

24

#' @return the list of taxa

 

25

#' @export get_taxa_list get_otus_list

 

26

#' @seealso  \code{\link{get_item}}

 

27

get_taxa_list <-

 

28

          function(nexml){

 

29

            out <- lapply(nexml@otus, function(otus){

 

30

              out <- sapply(otus@otu, function(otu) otu@label)

 

31

              names(out) <- name_by_id(otus@otu)

 

32

              out

 

33

              })

 

34

            names(out) <- name_by_id(nexml@otus)

 

35

            out

 

36

          }

 

37

get_otus_list <- get_taxa_list

 

38

 

 

39

 

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