~ubuntu-branches/debian/stretch/r-cran-rnexml/stretch

context("publish")

 

if(0){  # skip publishing tests.  These were all still passing at last check, but rfigshare configuration for testing is not ideal.  

  

  

  

# This loads the rOpenSci figshare sandbox credentials, so that the example 

# can run automatically during check and install.  Unlike normal figshare accounts,

# data loaded to this testing sandbox is periodically purged.  

library(rfigshare)

status <- try(fs_auth(token = "xdBjcKOiunwjiovwkfTF2QjGhROeLMw0y0nSCSgvg3YQxdBjcKOiunwjiovwkfTF2Q", token_secret = "4mdM3pfekNGO16X4hsvZdg"))

if(is(status, "try-error") || (is(status, "response") && status$status_code != 200)){

  warning("Could not authenticate figshare, skipping figshare tests")

} else {

 

 

 

## Create example file

  library(geiger)

  data(geospiza)

 

  geiger_nex <- add_trees(geospiza$phy)

  geiger_nex <- add_characters(geospiza$dat, geiger_nex)

  geiger_nex <- add_basic_meta(

    title = "Geospiza phylogeny with character data rendered as NeXML", 

    creator = "Carl Boettiger", 

    description = "This example NeXML file was created using the data originally provided in the geiger package for R to illustrate how this data can be stored, shared and distributed as NeXML.", 

    citation = citation("geiger"), 

    nexml = geiger_nex)

 

 

  test_that("We can publish to figshare", {

 

## Publish 

  id <- nexml_publish(geiger_nex, visibility="public", repo="figshare")

 

 

## Download and parse publication 

## Note that at present, only public files can be automatically downloaded from figshare

  library(rfigshare)

  test_nex <- nexml_read(fs_download(id))

 

## Extract and compare metadata from upload and download 

  m <- get_metadata(geiger_nex)

  test_m <- get_metadata(test_nex)

  expect_equal(m["dc:title"], test_m["dc:title"])

  expect_equal(m["dc:description"], test_m["dc:description"])

 

## Check that DOI resolves -- doesn't for the test account

#library(httr)

#page <- GET(test_m[["dc:identifier"]])

#expect_equal(page$status_code, 200)

 

 

# Check that we avoid repeated metadata entries

 

  expect_equal(sum(match(names(test_m), "dc:pubdate"), na.rm=TRUE), 1)

  expect_equal(sum(match(names(test_m), "cc:license"), na.rm=TRUE), 1)

 

 

  })

 

 

 

}

 

}