~ubuntu-branches/debian/stretch/r-cran-rnexml/stretch

« back to all changes in this revision

Viewing changes to man/add_trees.Rd

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2016-04-08 13:58:39 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20160408135839-ilq08z8v8p414qpn
Tags: upstream-2.0.6
ImportĀ upstreamĀ versionĀ 2.0.6

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
 
1
% Generated by roxygen2: do not edit by hand
 
2
% Please edit documentation in R/add_trees.R
 
3
\name{add_trees}
 
4
\alias{add_trees}
 
5
\title{add_trees}
 
6
\usage{
 
7
add_trees(phy, nexml = new("nexml"), append_to_existing_otus = FALSE)
 
8
}
 
9
\arguments{
 
10
\item{phy}{a phylo object, multiPhylo object, or list of 
 
11
mulitPhylo to be added to the nexml}
 
12
 
 
13
\item{nexml}{a nexml object to which we should append this phylo.
 
14
By default, a new nexml object will be created.}
 
15
 
 
16
\item{append_to_existing_otus}{logical, indicating if we should 
 
17
make a new OTU block (default) or append to the existing one.}
 
18
}
 
19
\value{
 
20
a nexml object containing the phy in nexml format.
 
21
}
 
22
\description{
 
23
add_trees
 
24
}
 
25
\examples{
 
26
library("geiger")
 
27
data(geospiza)
 
28
geiger_nex <- add_trees(geospiza$phy)
 
29
}
 
30