← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/bioperl/lucid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SeqFeature/Gene/ExonI.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SeqFeature/Gene/ExonI.pm
1
 
# $Id: ExonI.pm,v 1.4 2001/11/24 21:49:23 jason Exp $
 
1
# $Id: ExonI.pm,v 1.7 2003/04/21 15:00:46 jason Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::SeqFeature::Gene::ExonI
4
4
#
43
43
 Bug reports can be submitted via email or the web:
44
44
 
45
45
  bioperl-bugs@bio.perl.org
46
 
  http://bio.perl.org/bioperl-bugs/
 
46
  http://bugzilla.bioperl.org/
47
47
 
48
48
=head1 AUTHOR - Hilmar Lapp
49
49
 
65
65
package Bio::SeqFeature::Gene::ExonI;
66
66
use vars qw(@ISA);
67
67
use strict;
68
 
 
69
 
use Carp;
70
68
use Bio::SeqFeatureI;
71
69
 
72
70
@ISA = qw(Bio::SeqFeatureI);
88
86
 
89
87
sub is_coding {
90
88
    my ($self) = @_;
91
 
 
92
 
    $self->_abstractDeath('is_coding');
 
89
    $self->throw_not_implemented();
93
90
}
94
91
 
95
92
=head2 cds
104
101
           An implementation may return undef, indicating that a coding
105
102
           sequence does not exist, e.g. for a UTR (untranslated region).
106
103
 
107
 
 Returns : A Bio::PrimarySeqI implementing object.
 
104
 Returns : A L<Bio::PrimarySeqI> implementing object.
108
105
 Args    : 
109
106
 
110
107
 
112
109
 
113
110
sub cds {
114
111
    my ($self) = @_;
115
 
    $self->_abstractDeath('cds');
 
112
    $self->throw_not_implemented();
116
113
}
117
114
 
118
115
1;