← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/bioperl/lucid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/bl2seq.blastn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/bl2seq.blastn
 
1
Query= 
 
2
         (180 letters)
 
3
 
 
4
>human
 
5
          Length = 179
 
6
 
 
7
 Score = 54.0 bits (27), Expect = 2e-12
 
8
 Identities = 83/94 (88%), Gaps = 7/94 (7%)
 
9
 Strand = Plus / Plus
 
10
 
 
11
                                                                       
 
12
Query: 94  gtggctgggctc-tgaagcatttggg--tgagcccagggg-ctcagggcagggcacct-g 148
 
13
           |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| | || |||||||||||| |
 
14
Sbjct: 86  gtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagcccaggggccccaaggcagggcacctgg 145
 
15
 
 
16
                                             
 
17
Query: 149 ccttcag-cggcctcag-cctgcctgtctcccag 180
 
18
           ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||
 
19
Sbjct: 146 ccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 
20
 
 
21
 
 
22
 
 
23
 Score = 36.2 bits (18), Expect = 4e-07
 
24
 Identities = 18/18 (100%)
 
25
 Strand = Plus / Plus
 
26
 
 
27
                            
 
28
Query: 1  gtctgttccaagggcctt 18
 
29
          ||||||||||||||||||
 
30
Sbjct: 1  gtctgttccaagggcctt 18
 
31
 
 
32
 
 
33
Lambda     K      H
 
34
    1.37    0.711     1.31 
 
35
 
 
36
Gapped
 
37
Lambda     K      H
 
38
    1.37    0.711     1.31 
 
39
 
 
40
 
 
41
Matrix: blastn matrix:1 -3
 
42
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
 
43
Number of Hits to DB: 7
 
44
Number of Sequences: 0
 
45
Number of extensions: 7
 
46
Number of successful extensions: 7
 
47
Number of sequences better than 10.0: 1
 
48
length of query: 180
 
49
length of database: 179
 
50
effective HSP length: 6
 
51
effective length of query: 174
 
52
effective length of database: 173
 
53
effective search space:    30102
 
54
effective search space used:    30102
 
55
T: 0
 
56
A: 30
 
57
X1: 6 (11.9 bits)
 
58
X2: 15 (29.7 bits)
 
59
S1: 12 (24.3 bits)
 
60
S2: 6 (12.4 bits)