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Viewing changes to Bio/Tools/Blast/HSP.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

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Lines of Context:
Bio/Tools/Blast/HSP.pm
1
1
#----------------------------------------------------------------------------
2
 
# PACKAGE : Bio::Tools::Blast::HSP.pm
 
2
# PACKAGE : Bio::Tools::Blast::HSP
3
3
# AUTHOR  : Steve Chervitz (sac@bioperl.org)
4
4
# CREATED : March 1996
5
5
# STATUS  : Alpha
6
 
# REVISION: $Id: HSP.pm,v 1.15 2002/01/25 09:06:32 sac Exp $
 
6
# REVISION: $Id: HSP.pm,v 1.18 2002/10/22 07:38:48 lapp Exp $
7
7
#
8
8
# For the latest version and documentation, visit the distribution site:
9
9
#    http://genome-www.stanford.edu/perlOOP/bioperl/blast/
27
27
use strict;
28
28
use vars qw($ID $GAP_SYMBOL @SCORE_CUTOFFS $Revision %STRAND_SYMBOL);
29
29
$ID       = 'Bio::Tools::Blast::HSP';
30
 
$Revision = '$Id: HSP.pm,v 1.15 2002/01/25 09:06:32 sac Exp $';  #'
 
30
$Revision = '$Id: HSP.pm,v 1.18 2002/10/22 07:38:48 lapp Exp $';  #'
31
31
 
32
32
$GAP_SYMBOL    = '-';          # Need a more general way to handle gap symbols.
33
33
@SCORE_CUTOFFS = ( 100, 30 );  # Bit score cutoffs (see homol_score()).
37
37
 
38
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=head1 NAME
39
39
 
40
 
Bio::Tools::Blast::HSP.pm - Bioperl BLAST High-Scoring Segment Pair object
 
40
Bio::Tools::Blast::HSP - Bioperl BLAST High-Scoring Segment Pair object
41
41
 
42
42
=head1 SYNOPSIS
43
43
 
130
130
or the web:
131
131
 
132
132
    bioperl-bugs@bio.perl.org                   
133
 
    http://bio.perl.org/bioperl-bugs/           
 
133
    http://bugzilla.bioperl.org/           
134
134
 
135
135
=head1 AUTHOR
136
136