~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/bioperl/lucid

#!/usr/bin/perl -w

 

=head1 NAME

 

seq_length.pl - lists the number of bases and number of sequences in specified sequence database files

 

=head1 SYNOPSIS

 

seq_length.pl *.fa

 

=head1 DESCRIPTION

 

seq_length.pl will report the total number of residues and total number of individual sequences contained within a specified sequence database file.

 

=head1 OPTIONS

 

 -f/--format          - Specify the database format ('fasta' is default).

                        This script uses SeqIO and as such formats are 

                        limited to those which SeqIO system supports.

 

=head1 FEEDBACK

 

=head2 Mailing Lists

 

User feedback is an integral part of the evolution of this and other

Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to

the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.

 

  bioperl-l@bioperl.org              - General discussion

  http://bioperl.org/MailList.shtml  - About the mailing lists

 

=head2 Reporting Bugs

 

Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track

of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via

email or the web:

 

  bioperl-bugs@bioperl.org

  http://bioperl.org/bioperl-bugs/

 

=head1 AUTHOR - Jason Stajich

 

Jason Stajich E<lt>jason@bioperl.orgE<gt>

 

=cut

 

use strict;

use Bio::SeqIO;

use Getopt::Long;

 

my $format = 'fasta';

GetOptions('f|format:s' => \$format);

 

exec('perldoc',$0) unless @ARGV;

 

foreach my $f ( @ARGV ) {

    my $in = new Bio::SeqIO(-file => $f,

                            -format => $format);

    my $len = 0;

    my $count = 0;

    while( my $seq = $in->next_seq ) {

        $len += $seq->length();

        $count++;

    }

    

    printf "%-10s %d bp $count sequences\n",$f,$len;

}