← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/bioperl/lucid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/ecoli-trna-qrna.out

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/ecoli-trna-qrna.out
 
1
#---------------------------------------------------------------------------------
 
2
#      qrna 1.2b (Tue Dec 18 15:04:38 CST 2001) using squid 1.5m (Sept 1997)
 
3
#---------------------------------------------------------------------------------
 
4
#      PAM model =  BLOSUM62 scaled by 1.000
 
5
#---------------------------------------------------------------------------------
 
6
#      RNA model =  /mix_tied_linux.cfg
 
7
#---------------------------------------------------------------------------------
 
8
#      seq file  =  ecoli-trna.blast.q
 
9
#                   #seqs: 94 (max_len = 78)
 
10
#---------------------------------------------------------------------------------
 
11
#      full length version:  -- length range = [0,1000]
 
12
#---------------------------------------------------------------------------------
 
13
# 1  [+ strand] 
 
14
>DA0780-1- (76)
 
15
>ECOLI-225501- (76)
 
16
 
 
17
length alignment: 76 (id=77.63)
 
18
posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.18 0.30 0.36 0.16) 
 
19
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.17 0.29 0.33 0.21) 
 
20
 21.414226 -10.515196 16.075247
 
21
 19.988807 -3.972533 12.698167
 
22
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
23
winner = OTH 
 
24
OTH  ends = 0 75
 
25
COD  ends = 74 0
 
26
RNA  ends = 0 12
 
27
              OTH =       20.871             COD =       -4.957             RNA =       15.208 
 
28
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.828  logoddspostRNA =       -5.663 
 
29
 
 
30
# 2  [+ strand] 
 
31
>DA0780-1- (76)
 
32
>ECOLI-4034592- (76)
 
33
 
 
34
length alignment: 76 (id=77.63)
 
35
posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.18 0.30 0.36 0.16) 
 
36
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.17 0.29 0.33 0.21) 
 
37
 21.414226 -10.515196 16.075247
 
38
 19.988807 -3.972533 12.698167
 
39
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
40
winner = OTH 
 
41
OTH  ends = 0 75
 
42
COD  ends = 74 0
 
43
RNA  ends = 0 12
 
44
              OTH =       20.871             COD =       -4.957             RNA =       15.208 
 
45
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.828  logoddspostRNA =       -5.663 
 
46
 
 
47
# 3  [+ strand] 
 
48
>DA0780-1- (70)
 
49
>ECOLI-3979754- (70)
 
50
 
 
51
length alignment: 70 (id=72.86)
 
52
posX: 0-69 [0-68](69) -- (0.17 0.29 0.38 0.16) 
 
53
posY: 0-69 [0-69](70) -- (0.16 0.30 0.36 0.19) 
 
54
 21.384909 12.463364 22.249356
 
55
 21.249381 17.921616 22.037246
 
56
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
57
winner = RNA 
 
58
OTH  ends = 0 69
 
59
COD  ends = 68 1
 
60
RNA  ends = 3 69
 
61
              OTH =       21.319             COD =       16.954             RNA =       22.147 
 
62
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -4.365  logoddspostRNA =        0.828 
 
63
 
 
64
# 4  [+ strand] 
 
65
>DA0780-8- (56)
 
66
>ECOLI-779995- (56)
 
67
 
 
68
length alignment: 56 (id=71.43)
 
69
posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18) 
 
70
posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18) 
 
71
 14.761275 -0.369781 17.076846
 
72
 14.838704 10.225100 21.877122
 
73
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
74
winner = RNA 
 
75
OTH  ends = 55 0
 
76
COD  ends = 54 0
 
77
RNA  ends = 35 19
 
78
              OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928 
 
79
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127 
 
80
 
 
81
# 5  [+ strand] 
 
82
>DA0780-8- (56)
 
83
>ECOLI-780298- (56)
 
84
 
 
85
length alignment: 56 (id=71.43)
 
86
posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18) 
 
87
posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18) 
 
88
 14.761275 -0.369781 17.076846
 
89
 14.838704 10.225100 21.877122
 
90
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
91
winner = RNA 
 
92
OTH  ends = 55 0
 
93
COD  ends = 54 0
 
94
RNA  ends = 35 19
 
95
              OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928 
 
96
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127 
 
97
 
 
98
# 6  [+ strand] 
 
99
>DA0780-8- (56)
 
100
>ECOLI-2518730- (56)
 
101
 
 
102
length alignment: 56 (id=71.43)
 
103
posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18) 
 
104
posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18) 
 
105
 14.761275 -0.369781 17.076846
 
106
 14.838704 10.225100 21.877122
 
107
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
108
winner = RNA 
 
109
OTH  ends = 55 0
 
110
COD  ends = 54 0
 
111
RNA  ends = 35 19
 
112
              OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928 
 
113
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127 
 
114
 
 
115
# 7  [+ strand] 
 
116
>DA0780-8- (56)
 
117
>ECOLI-2518850- (56)
 
118
 
 
119
length alignment: 56 (id=71.43)
 
120
posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18) 
 
121
posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18) 
 
122
 14.761275 -0.369781 17.076846
 
123
 14.838704 10.225100 21.877122
 
124
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
125
winner = RNA 
 
126
OTH  ends = 55 0
 
127
COD  ends = 54 0
 
128
RNA  ends = 35 19
 
129
              OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928 
 
130
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127 
 
131
 
 
132
# 8  [+ strand] 
 
133
>DA0780-8- (56)
 
134
>ECOLI-2518972- (56)
 
135
 
 
136
length alignment: 56 (id=71.43)
 
137
posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18) 
 
138
posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18) 
 
139
 14.761275 -0.369781 17.076846
 
140
 14.838704 10.225100 21.877122
 
141
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
142
winner = RNA 
 
143
OTH  ends = 55 0
 
144
COD  ends = 54 0
 
145
RNA  ends = 35 19
 
146
              OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928 
 
147
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127 
 
148
 
 
149
# 9  [+ strand] 
 
150
>DA0780-2- (73)
 
151
>ECOLI-2284230- (73)
 
152
 
 
153
length alignment: 73 (id=64.38)
 
154
posX: 0-72 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.35 0.17) 
 
155
posY: 0-72 [0-72](73) -- (0.15 0.27 0.38 0.19) 
 
156
 13.918545 -8.608490 24.007519
 
157
 15.073192 7.016852 12.344431
 
158
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
159
winner = RNA 
 
160
OTH  ends = 72 0
 
161
COD  ends = 72 0
 
162
RNA  ends = 0 70
 
163
              OTH =       14.608             COD =        6.017             RNA =       23.008 
 
164
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -8.592  logoddspostRNA =        8.400 
 
165
 
 
166
# 10  [+ strand] 
 
167
>DA0780-7- (59)
 
168
>ECOLI-2945191- (59)
 
169
 
 
170
length alignment: 59 (id=67.80)
 
171
posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.20 0.27 0.36 0.18) 
 
172
posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.19 0.28 0.32 0.21) 
 
173
 7.994668 -17.443195 7.730549
 
174
 8.785962 -9.672509 13.155362
 
175
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
176
winner = RNA 
 
177
OTH  ends = 58 0
 
178
COD  ends = 58 1
 
179
RNA  ends = 39 21
 
180
              OTH =        8.444             COD =      -10.666             RNA =       12.189 
 
181
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -19.110  logoddspostRNA =        3.745 
 
182
 
 
183
# 11  [+ strand] 
 
184
>DA0780-7- (59)
 
185
>ECOLI-2945301- (59)
 
186
 
 
187
length alignment: 59 (id=67.80)
 
188
posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.20 0.27 0.36 0.18) 
 
189
posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.19 0.28 0.32 0.21) 
 
190
 7.994668 -17.443195 7.730549
 
191
 8.785962 -9.672509 13.155362
 
192
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
193
winner = RNA 
 
194
OTH  ends = 58 0
 
195
COD  ends = 58 1
 
196
RNA  ends = 39 21
 
197
              OTH =        8.444             COD =      -10.666             RNA =       12.189 
 
198
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -19.110  logoddspostRNA =        3.745 
 
199
 
 
200
# 12  [+ strand] 
 
201
>DA0780-7- (59)
 
202
>ECOLI-2945411- (59)
 
203
 
 
204
length alignment: 59 (id=67.80)
 
205
posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.20 0.27 0.36 0.18) 
 
206
posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.19 0.28 0.32 0.21) 
 
207
 7.994668 -17.443195 7.730549
 
208
 8.785962 -9.672509 13.155362
 
209
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
210
winner = RNA 
 
211
OTH  ends = 58 0
 
212
COD  ends = 58 1
 
213
RNA  ends = 39 21
 
214
              OTH =        8.444             COD =      -10.666             RNA =       12.189 
 
215
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -19.110  logoddspostRNA =        3.745 
 
216
 
 
217
# 13  [+ strand] 
 
218
>DA0780-1- (76)
 
219
>ECOLI-3424373- (76)
 
220
 
 
221
length alignment: 76 (id=77.63)
 
222
posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.16 0.36 0.30 0.18) 
 
223
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.21 0.33 0.29 0.17) 
 
224
 20.682006 -9.755632 13.248665
 
225
 21.241284 -22.237923 16.258281
 
226
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
227
winner = OTH 
 
228
OTH  ends = 75 0
 
229
COD  ends = 1 68
 
230
RNA  ends = 75 63
 
231
              OTH =       20.989             COD =      -10.755             RNA =       15.427 
 
232
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -31.744  logoddspostRNA =       -5.561 
 
233
 
 
234
# 14  [+ strand] 
 
235
>DA0780-6- (71)
 
236
>ECOLI-2815582- (71)
 
237
 
 
238
length alignment: 71 (id=71.83)
 
239
posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19) 
 
240
posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22) 
 
241
 16.431838 -14.269383 12.463979
 
242
 16.326307 -7.331733 13.720289
 
243
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
244
winner = OTH 
 
245
OTH  ends = 0 70
 
246
COD  ends = 70 1
 
247
RNA  ends = 24 8
 
248
              OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225 
 
249
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155 
 
250
 
 
251
# 15  [+ strand] 
 
252
>DA0780-6- (71)
 
253
>ECOLI-2815857- (71)
 
254
 
 
255
length alignment: 71 (id=71.83)
 
256
posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19) 
 
257
posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22) 
 
258
 16.431838 -14.269383 12.463979
 
259
 16.326307 -7.331733 13.720289
 
260
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
261
winner = OTH 
 
262
OTH  ends = 0 70
 
263
COD  ends = 70 1
 
264
RNA  ends = 24 8
 
265
              OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225 
 
266
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155 
 
267
 
 
268
# 16  [+ strand] 
 
269
>DA0780-6- (71)
 
270
>ECOLI-2815996- (71)
 
271
 
 
272
length alignment: 71 (id=71.83)
 
273
posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19) 
 
274
posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22) 
 
275
 16.431838 -14.269383 12.463979
 
276
 16.326307 -7.331733 13.720289
 
277
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
278
winner = OTH 
 
279
OTH  ends = 0 70
 
280
COD  ends = 70 1
 
281
RNA  ends = 24 8
 
282
              OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225 
 
283
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155 
 
284
 
 
285
# 17  [+ strand] 
 
286
>DA0780-6- (71)
 
287
>ECOLI-2816271- (71)
 
288
 
 
289
length alignment: 71 (id=71.83)
 
290
posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19) 
 
291
posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22) 
 
292
 16.431838 -14.269383 12.463979
 
293
 16.326307 -7.331733 13.720289
 
294
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
295
winner = OTH 
 
296
OTH  ends = 0 70
 
297
COD  ends = 70 1
 
298
RNA  ends = 24 8
 
299
              OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225 
 
300
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155 
 
301
 
 
302
# 18  [+ strand] 
 
303
>DA0780-1- (76)
 
304
>ECOLI-2515836- (76)
 
305
 
 
306
length alignment: 76 (id=71.05)
 
307
posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.16 0.36 0.30 0.18) 
 
308
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.21 0.33 0.26 0.19) 
 
309
 14.736984 -14.375325 8.884532
 
310
 14.851236 -24.156886 9.868232
 
311
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
312
winner = OTH 
 
313
OTH  ends = 75 0
 
314
COD  ends = 1 75
 
315
RNA  ends = 75 63
 
316
              OTH =       14.795             COD =      -15.374             RNA =        9.459 
 
317
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.169  logoddspostRNA =       -5.337 
 
318
 
 
319
# 19  [+ strand] 
 
320
>DA0780-1- (76)
 
321
>ECOLI-2515951- (76)
 
322
 
 
323
length alignment: 76 (id=71.05)
 
324
posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.16 0.36 0.30 0.18) 
 
325
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.21 0.33 0.26 0.19) 
 
326
 14.736984 -14.375325 8.884532
 
327
 14.851236 -24.156886 9.868232
 
328
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
329
winner = OTH 
 
330
OTH  ends = 75 0
 
331
COD  ends = 1 75
 
332
RNA  ends = 75 63
 
333
              OTH =       14.795             COD =      -15.374             RNA =        9.459 
 
334
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.169  logoddspostRNA =       -5.337 
 
335
 
 
336
# 20  [+ strand] 
 
337
>DA0780-6- (52)
 
338
>ECOLI-2155594- (52)
 
339
 
 
340
length alignment: 52 (id=71.15)
 
341
posX: 0-51 [0-48](49) -- (0.16 0.41 0.27 0.16) 
 
342
posY: 0-51 [0-48](49) -- (0.18 0.41 0.29 0.12) 
 
343
 5.862400 -19.930995 -1.194701
 
344
 7.783836 -15.355771 0.726735
 
345
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
346
winner = OTH 
 
347
OTH  ends = 51 0
 
348
COD  ends = 50 0
 
349
RNA  ends = 52 52
 
350
              OTH =        7.122             COD =      -16.296             RNA =        0.065 
 
351
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -23.418  logoddspostRNA =       -7.057 
 
352
 
 
353
# 21  [+ strand] 
 
354
>DA0780-7- (59)
 
355
>ECOLI-3315645- (59)
 
356
 
 
357
length alignment: 59 (id=66.10)
 
358
posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.18 0.36 0.27 0.20) 
 
359
posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.21 0.30 0.28 0.21) 
 
360
 7.886726 -12.920042 12.597060
 
361
 6.999592 -16.997763 6.986972
 
362
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
363
winner = RNA 
 
364
OTH  ends = 0 58
 
365
COD  ends = 0 58
 
366
RNA  ends = 20 36
 
367
              OTH =        7.510             COD =      -13.837             RNA =       11.626 
 
368
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -21.347  logoddspostRNA =        4.116 
 
369
 
 
370
# 22  [+ strand] 
 
371
>DA0940-1- (77)
 
372
>ECOLI-225500- (77)
 
373
 
 
374
length alignment: 77 (id=75.32)
 
375
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
376
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.16 0.31 0.33 0.20) 
 
377
 24.181055 -0.353323 26.401988
 
378
 23.109013 11.590026 23.929123
 
379
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
380
winner = RNA 
 
381
OTH  ends = 0 76
 
382
COD  ends = 76 0
 
383
RNA  ends = 0 73
 
384
              OTH =       23.742             COD =       10.590             RNA =       25.641 
 
385
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -13.152  logoddspostRNA =        1.899 
 
386
 
 
387
# 23  [+ strand] 
 
388
>DA0940-1- (77)
 
389
>ECOLI-4034591- (77)
 
390
 
 
391
length alignment: 77 (id=75.32)
 
392
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
393
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.16 0.31 0.33 0.20) 
 
394
 24.181055 -0.353323 26.401988
 
395
 23.109013 11.590026 23.929123
 
396
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
397
winner = RNA 
 
398
OTH  ends = 0 76
 
399
COD  ends = 76 0
 
400
RNA  ends = 0 73
 
401
              OTH =       23.742             COD =       10.590             RNA =       25.641 
 
402
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -13.152  logoddspostRNA =        1.899 
 
403
 
 
404
# 24  [+ strand] 
 
405
>DA0940-1- (77)
 
406
>ECOLI-779777- (77)
 
407
 
 
408
length alignment: 77 (id=70.13)
 
409
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
410
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28) 
 
411
 19.326669 -6.735706 19.727199
 
412
 19.360233 -2.001147 14.966454
 
413
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
414
winner = OTH 
 
415
OTH  ends = 76 0
 
416
COD  ends = 74 1
 
417
RNA  ends = 0 73
 
418
              OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779 
 
419
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564 
 
420
 
 
421
# 25  [+ strand] 
 
422
>DA0940-1- (77)
 
423
>ECOLI-780066- (77)
 
424
 
 
425
length alignment: 77 (id=70.13)
 
426
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
427
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28) 
 
428
 19.326669 -6.735706 19.727199
 
429
 19.360233 -2.001147 14.966454
 
430
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
431
winner = OTH 
 
432
OTH  ends = 76 0
 
433
COD  ends = 74 1
 
434
RNA  ends = 0 73
 
435
              OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779 
 
436
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564 
 
437
 
 
438
# 26  [+ strand] 
 
439
>DA0940-1- (77)
 
440
>ECOLI-780370- (77)
 
441
 
 
442
length alignment: 77 (id=70.13)
 
443
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
444
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28) 
 
445
 19.326669 -6.735706 19.727199
 
446
 19.360233 -2.001147 14.966454
 
447
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
448
winner = OTH 
 
449
OTH  ends = 76 0
 
450
COD  ends = 74 1
 
451
RNA  ends = 0 73
 
452
              OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779 
 
453
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564 
 
454
 
 
455
# 27  [+ strand] 
 
456
>DA0940-1- (77)
 
457
>ECOLI-780592- (77)
 
458
 
 
459
length alignment: 77 (id=70.13)
 
460
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
461
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28) 
 
462
 19.326669 -6.735706 19.727199
 
463
 19.360233 -2.001147 14.966454
 
464
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
465
winner = OTH 
 
466
OTH  ends = 76 0
 
467
COD  ends = 74 1
 
468
RNA  ends = 0 73
 
469
              OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779 
 
470
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564 
 
471
 
 
472
# 28  [+ strand] 
 
473
>DA0940-1- (77)
 
474
>ECOLI-780800- (77)
 
475
 
 
476
length alignment: 77 (id=70.13)
 
477
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
478
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28) 
 
479
 19.326669 -6.735706 19.727199
 
480
 19.360233 -2.001147 14.966454
 
481
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
482
winner = OTH 
 
483
OTH  ends = 76 0
 
484
COD  ends = 74 1
 
485
RNA  ends = 0 73
 
486
              OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779 
 
487
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564 
 
488
 
 
489
# 29  [+ strand] 
 
490
>DA0940-1- (77)
 
491
>ECOLI-2519045- (77)
 
492
 
 
493
length alignment: 77 (id=70.13)
 
494
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
495
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28) 
 
496
 19.326669 -6.735706 19.727199
 
497
 19.360233 -2.001147 14.966454
 
498
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
499
winner = OTH 
 
500
OTH  ends = 76 0
 
501
COD  ends = 74 1
 
502
RNA  ends = 0 73
 
503
              OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779 
 
504
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564 
 
505
 
 
506
# 30  [+ strand] 
 
507
>DA0940-1- (78)
 
508
>ECOLI-563946- (78)
 
509
 
 
510
length alignment: 78 (id=69.23)
 
511
posX: 0-77 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
512
posY: 0-77 [0-75](76) -- (0.18 0.30 0.32 0.20) 
 
513
 17.963663 -9.269558 17.104482
 
514
 18.280556 -6.326426 22.143566
 
515
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
516
winner = RNA 
 
517
OTH  ends = 77 0
 
518
COD  ends = 72 1
 
519
RNA  ends = 44 28
 
520
              OTH =       18.131             COD =       -7.150             RNA =       21.187 
 
521
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.281  logoddspostRNA =        3.056 
 
522
 
 
523
# 31  [+ strand] 
 
524
>DA0940-1- (78)
 
525
>ECOLI-3979754- (78)
 
526
 
 
527
length alignment: 78 (id=69.23)
 
528
posX: 0-77 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14) 
 
529
posY: 0-77 [0-75](76) -- (0.14 0.33 0.36 0.17) 
 
530
 18.718315 -12.877073 20.514241
 
531
 18.551819 -5.649083 11.109117
 
532
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
533
winner = RNA 
 
534
OTH  ends = 0 77
 
535
COD  ends = 76 1
 
536
RNA  ends = 0 74
 
537
              OTH =       18.637             COD =       -6.639             RNA =       19.516 
 
538
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.277  logoddspostRNA =        0.879 
 
539
 
 
540
# 32  [+ strand] 
 
541
>DA0940-2- (75)
 
542
>ECOLI-3980115- (75)
 
543
 
 
544
length alignment: 75 (id=64.00)
 
545
posX: 0-74 [0-74](75) -- (0.15 0.35 0.36 0.15) 
 
546
posY: 0-74 [0-74](75) -- (0.16 0.27 0.36 0.21) 
 
547
 16.673417 5.650160 34.947176
 
548
 16.791520 4.389619 18.597200
 
549
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
550
winner = RNA 
 
551
OTH  ends = 74 0
 
552
COD  ends = 2 73
 
553
RNA  ends = 0 70
 
554
              OTH =       16.734             COD =        5.153             RNA =       33.947 
 
555
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -11.580  logoddspostRNA =       17.214 
 
556
 
 
557
# 33  [+ strand] 
 
558
>DA0940-8- (58)
 
559
>ECOLI-3979896- (58)
 
560
 
 
561
length alignment: 58 (id=68.97)
 
562
posX: 0-57 [0-56](57) -- (0.18 0.32 0.33 0.18) 
 
563
posY: 0-57 [0-55](56) -- (0.16 0.21 0.30 0.32) 
 
564
 11.514323 -1.612738 9.963681
 
565
 11.181613 -0.641287 8.426787
 
566
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
567
winner = OTH 
 
568
OTH  ends = 0 57
 
569
COD  ends = 57 0
 
570
RNA  ends = 20 37
 
571
              OTH =       11.358             COD =       -1.047             RNA =        9.391 
 
572
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -12.404  logoddspostRNA =       -1.967 
 
573
 
 
574
# 34  [+ strand] 
 
575
>DA0940-1- (77)
 
576
>ECOLI-3424371- (77)
 
577
 
 
578
length alignment: 77 (id=75.32)
 
579
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.37 0.34 0.14) 
 
580
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.20 0.33 0.31 0.16) 
 
581
 23.109013 5.520843 24.913393
 
582
 24.181055 9.917873 33.181724
 
583
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
584
winner = RNA 
 
585
OTH  ends = 76 0
 
586
COD  ends = 76 2
 
587
RNA  ends = 76 3
 
588
              OTH =       23.742             COD =        8.985             RNA =       32.186 
 
589
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -14.758  logoddspostRNA =        8.444 
 
590
 
 
591
# 35  [+ strand] 
 
592
>DA0940-1- (77)
 
593
>ECOLI-2515834- (77)
 
594
 
 
595
length alignment: 77 (id=70.13)
 
596
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.37 0.34 0.14) 
 
597
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.20 0.33 0.28 0.19) 
 
598
 18.645991 3.152473 25.533618
 
599
 18.627918 3.690656 29.967242
 
600
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
601
winner = RNA 
 
602
OTH  ends = 0 76
 
603
COD  ends = 76 2
 
604
RNA  ends = 76 3
 
605
              OTH =       18.637             COD =        3.447             RNA =       29.033 
 
606
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -15.190  logoddspostRNA =       10.396 
 
607
 
 
608
# 36  [+ strand] 
 
609
>DA0940-1- (77)
 
610
>ECOLI-2515949- (77)
 
611
 
 
612
length alignment: 77 (id=70.13)
 
613
posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.37 0.34 0.14) 
 
614
posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.20 0.33 0.28 0.19) 
 
615
 18.645991 3.152473 25.533618
 
616
 18.627918 3.690656 29.967242
 
617
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
618
winner = RNA 
 
619
OTH  ends = 0 76
 
620
COD  ends = 76 2
 
621
RNA  ends = 76 3
 
622
              OTH =       18.637             COD =        3.447             RNA =       29.033 
 
623
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -15.190  logoddspostRNA =       10.396 
 
624
 
 
625
# 37  [+ strand] 
 
626
>DA0940-5- (76)
 
627
>ECOLI-2815580- (76)
 
628
 
 
629
length alignment: 76 (id=71.05)
 
630
posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15) 
 
631
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21) 
 
632
 13.333636 -36.156781 13.057277
 
633
 13.159042 -36.377514 9.144681
 
634
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
635
winner = OTH 
 
636
OTH  ends = 0 75
 
637
COD  ends = 0 73
 
638
RNA  ends = 32 52
 
639
              OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150 
 
640
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099 
 
641
 
 
642
# 38  [+ strand] 
 
643
>DA0940-5- (76)
 
644
>ECOLI-2815855- (76)
 
645
 
 
646
length alignment: 76 (id=71.05)
 
647
posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15) 
 
648
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21) 
 
649
 13.333636 -36.156781 13.057277
 
650
 13.159042 -36.377514 9.144681
 
651
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
652
winner = OTH 
 
653
OTH  ends = 0 75
 
654
COD  ends = 0 73
 
655
RNA  ends = 32 52
 
656
              OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150 
 
657
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099 
 
658
 
 
659
# 39  [+ strand] 
 
660
>DA0940-5- (76)
 
661
>ECOLI-2815994- (76)
 
662
 
 
663
length alignment: 76 (id=71.05)
 
664
posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15) 
 
665
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21) 
 
666
 13.333636 -36.156781 13.057277
 
667
 13.159042 -36.377514 9.144681
 
668
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
669
winner = OTH 
 
670
OTH  ends = 0 75
 
671
COD  ends = 0 73
 
672
RNA  ends = 32 52
 
673
              OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150 
 
674
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099 
 
675
 
 
676
# 40  [+ strand] 
 
677
>DA0940-5- (76)
 
678
>ECOLI-2816269- (76)
 
679
 
 
680
length alignment: 76 (id=71.05)
 
681
posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15) 
 
682
posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21) 
 
683
 13.333636 -36.156781 13.057277
 
684
 13.159042 -36.377514 9.144681
 
685
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
686
winner = OTH 
 
687
OTH  ends = 0 75
 
688
COD  ends = 0 73
 
689
RNA  ends = 32 52
 
690
              OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150 
 
691
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099 
 
692
 
 
693
# 41  [+ strand] 
 
694
>DA0940-9- (69)
 
695
>ECOLI-1804478- (69)
 
696
 
 
697
length alignment: 69 (id=66.67)
 
698
posX: 0-68 [0-67](68) -- (0.15 0.34 0.35 0.16) 
 
699
posY: 0-68 [0-66](67) -- (0.13 0.39 0.31 0.16) 
 
700
 10.953909 -9.639667 10.662024
 
701
 12.823044 -5.075973 10.777964
 
702
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
703
winner = OTH 
 
704
OTH  ends = 68 0
 
705
COD  ends = 66 1
 
706
RNA  ends = 51 31
 
707
              OTH =       12.172             COD =       -6.016             RNA =       10.721 
 
708
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -18.188  logoddspostRNA =       -1.451 
 
709
 
 
710
# 42  [+ strand] 
 
711
>DA0940-8- (58)
 
712
>ECOLI-3706024- (58)
 
713
 
 
714
length alignment: 58 (id=68.97)
 
715
posX: 0-57 [0-55](56) -- (0.18 0.34 0.30 0.18) 
 
716
posY: 0-57 [0-55](56) -- (0.20 0.39 0.25 0.16) 
 
717
 9.771742 -15.688073 2.357499
 
718
 9.187335 -13.325765 1.773092
 
719
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
720
winner = OTH 
 
721
OTH  ends = 0 57
 
722
COD  ends = 55 1
 
723
RNA  ends = -1 -1
 
724
              OTH =        9.509             COD =      -14.069             RNA =        2.095 
 
725
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -23.578  logoddspostRNA =       -7.414 
 
726
 
 
727
# 43  [+ strand] 
 
728
>DA0940-7- (73)
 
729
>ECOLI-695888- (73)
 
730
 
 
731
length alignment: 73 (id=64.38)
 
732
posX: 0-72 [0-69](70) -- (0.16 0.34 0.34 0.16) 
 
733
posY: 0-72 [0-69](70) -- (0.24 0.26 0.26 0.24) 
 
734
 10.281468 -22.207847 3.873799
 
735
 9.636380 -19.716135 1.831177
 
736
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
737
winner = OTH 
 
738
OTH  ends = 0 72
 
739
COD  ends = 72 1
 
740
RNA  ends = 10 26
 
741
              OTH =        9.995             COD =      -20.480             RNA =        3.187 
 
742
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.475  logoddspostRNA =       -6.807 
 
743
 
 
744
# 44  [+ strand] 
 
745
>DA0940-7- (73)
 
746
>ECOLI-696281- (73)
 
747
 
 
748
length alignment: 73 (id=64.38)
 
749
posX: 0-72 [0-69](70) -- (0.16 0.34 0.34 0.16) 
 
750
posY: 0-72 [0-69](70) -- (0.24 0.26 0.26 0.24) 
 
751
 10.281468 -22.207847 3.873799
 
752
 9.636380 -19.716135 1.831177
 
753
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
754
winner = OTH 
 
755
OTH  ends = 0 72
 
756
COD  ends = 72 1
 
757
RNA  ends = 10 26
 
758
              OTH =        9.995             COD =      -20.480             RNA =        3.187 
 
759
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.475  logoddspostRNA =       -6.807 
 
760
 
 
761
# 45  [+ strand] 
 
762
>DA0940-6- (62)
 
763
>ECOLI-695990- (62)
 
764
 
 
765
length alignment: 62 (id=62.90)
 
766
posX: 0-61 [0-60](61) -- (0.16 0.38 0.30 0.16) 
 
767
posY: 0-61 [0-60](61) -- (0.25 0.30 0.26 0.20) 
 
768
 10.452429 5.015902 10.936383
 
769
 9.772183 2.186248 11.450894
 
770
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
771
winner = RNA 
 
772
OTH  ends = 0 61
 
773
COD  ends = 0 61
 
774
RNA  ends = 38 22
 
775
              OTH =       10.152             COD =        4.206             RNA =       11.216 
 
776
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.946  logoddspostRNA =        1.064 
 
777
 
 
778
# 46  [+ strand] 
 
779
>DA0940-6- (62)
 
780
>ECOLI-696099- (62)
 
781
 
 
782
length alignment: 62 (id=62.90)
 
783
posX: 0-61 [0-60](61) -- (0.16 0.38 0.30 0.16) 
 
784
posY: 0-61 [0-60](61) -- (0.25 0.30 0.26 0.20) 
 
785
 10.452429 5.015902 10.936383
 
786
 9.772183 2.186248 11.450894
 
787
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
788
winner = RNA 
 
789
OTH  ends = 0 61
 
790
COD  ends = 0 61
 
791
RNA  ends = 38 22
 
792
              OTH =       10.152             COD =        4.206             RNA =       11.216 
 
793
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.946  logoddspostRNA =        1.064 
 
794
 
 
795
# 47  [+ strand] 
 
796
>DA0940-10- (69)
 
797
>ECOLI-2816349- (69)
 
798
 
 
799
length alignment: 69 (id=63.77)
 
800
posX: 0-68 [0-66](67) -- (0.15 0.34 0.36 0.15) 
 
801
posY: 0-68 [0-65](66) -- (0.18 0.27 0.36 0.18) 
 
802
 9.155278 -17.238488 5.252253
 
803
 9.115589 -17.289968 6.575597
 
804
LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 
805
winner = OTH 
 
806
OTH  ends = 0 68
 
807
COD  ends = 0 56
 
808
RNA  ends = 26 10
 
809
              OTH =        9.136             COD =      -17.264             RNA =        6.061 
 
810
   logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -26.400  logoddspostRNA =       -3.075 
 
811