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Viewing changes to cogent/parse/flowgram_parser.py

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-12-04 22:30:35 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20101204223035-j11kinhcrrdgg2p2
Tags: 1.5-1
* Bumped standard to 3.9.1, no changes required.
* New upstream version.
  - major additions to Cookbook
  - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.
  - added getGeneByStableId method to genome objects.
  - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.
  - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version
  - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for
    symbolic and continuous data)
  - Information theoretic measures (AIC and BIC) added
  - drawing of trees with collapsed nodes
  - progress display indicator support for terminal and GUI apps
  - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as 
    cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.
  - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's
    workflow, also added cookbook demo.
  - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in
    cogent.parse.binary_sff
  - thousand fold performance improvement to nmds
  - >10-fold performance improvements to some Table operations

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removed removed

Lines of Context:
cogent/parse/flowgram_parser.py
3
3
 
4
4
__author__ = "Jens Reeder, Julia Goodrich"
5
5
__copyright__ = "Copyright 2009, The Cogent Project"
6
 
__credits__ = ["Jens Reeder","Julia Goodrich"]
 
6
__credits__ = ["Jens Reeder","Julia Goodrich", "Daniel McDonald"]
7
7
__license__ = "GPL"
8
 
__version__ = "1.4.1"
 
8
__version__ = "1.5.0"
9
9
__maintainer__ = "Jens Reeder"
10
10
__email__ = "jreeder@colorado.edu"
11
11
__status__ = "Development"
24
24
 
25
25
    lines can be a a list or a file handle
26
26
    """
27
 
 
28
27
    header_dict = {}
29
28
 
30
 
    for line in lines[1::]:
 
29
    for line in lines:
 
30
        if line.startswith('Common Header'):
 
31
            continue
31
32
        if is_empty(line):
32
33
            break
33
34
       
34
35
        key, value = line.strip().split(':')
35
36
        header_dict[key] = value.strip()
36
 
        
 
37
    
 
38
    if isinstance(lines, file):
 
39
        lines.seek(0)
 
40
 
37
41
    return header_dict
38
42
 
39
43
def get_summaries(handle, number_list = None, name_list=None, all_sums = False):