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  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-12-04 22:30:35 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20101204223035-j11kinhcrrdgg2p2
Tags: 1.5-1
* Bumped standard to 3.9.1, no changes required.
* New upstream version.
  - major additions to Cookbook
  - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.
  - added getGeneByStableId method to genome objects.
  - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.
  - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version
  - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for
    symbolic and continuous data)
  - Information theoretic measures (AIC and BIC) added
  - drawing of trees with collapsed nodes
  - progress display indicator support for terminal and GUI apps
  - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as 
    cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.
  - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's
    workflow, also added cookbook demo.
  - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in
    cogent.parse.binary_sff
  - thousand fold performance improvement to nmds
  - >10-fold performance improvements to some Table operations

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added added

removed removed

Lines of Context:
doc/examples/testing_multi_loci.rst
33
33
    >>> lf.setParamRule("length", is_independent=False)
34
34
    >>> lf.setParamRule('kappa', loci = ALL)
35
35
    >>> lf.setAlignment(loci)
36
 
    >>> lf.optimise(local=True, show_progress=False)
 
36
    >>> lf.optimise(local=True)
37
37
    >>> print lf
38
38
    Likelihood Function Table
39
39
    =========================
56
56
    >>> all_lnL = lf.getLogLikelihood()
57
57
    >>> all_nfp = lf.getNumFreeParams()
58
58
    >>> lf.setParamRule('kappa', loci = EACH)
59
 
    >>> lf.optimise(local=True, show_progress=False)
 
59
    >>> lf.optimise(local=True)
60
60
    >>> print lf
61
61
    Likelihood Function Table
62
62
    ================