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Viewing changes to doc/cookbook/building_alignments.rst

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-12-04 22:30:35 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20101204223035-j11kinhcrrdgg2p2
Tags: 1.5-1
* Bumped standard to 3.9.1, no changes required.
* New upstream version.
  - major additions to Cookbook
  - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.
  - added getGeneByStableId method to genome objects.
  - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.
  - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version
  - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for
    symbolic and continuous data)
  - Information theoretic measures (AIC and BIC) added
  - drawing of trees with collapsed nodes
  - progress display indicator support for terminal and GUI apps
  - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as 
    cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.
  - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's
    workflow, also added cookbook demo.
  - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in
    cogent.parse.binary_sff
  - thousand fold performance improvement to nmds
  - >10-fold performance improvements to some Table operations

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added added

removed removed

Lines of Context:
doc/cookbook/building_alignments.rst
42
42
 
43
43
.. doctest::
44
44
    
45
 
    >>> aln, tree = TreeAlign(HKY85(), seqs, show_progress=False)
 
45
    >>> aln, tree = TreeAlign(HKY85(), seqs)
 
46
    Param Estimate Summary Stats: kappa
 
47
    ==============================
 
48
            Statistic        Value
 
49
    ------------------------------
 
50
                Count           10
 
51
                  Sum        1e+06
 
52
               Median        4.256
 
53
                 Mean        1e+05
 
54
    StandardDeviation    3.162e+05
 
55
             Variance        1e+11
 
56
    ------------------------------
46
57
    >>> aln
47
58
    5 x 60 text alignment: NineBande[-C-----GCCA...], Mouse[GCAGTGAGCCA...], DogFaced[GCAAGGAGCCA...], ...
48
59
 
52
63
    
53
64
    >>> tree = LoadTree(treestring='(((NineBande:0.0128202449453,Mouse:0.184732725695):0.0289459522137,DogFaced:0.0456427810916):0.0271363715538,Human:0.0341320714654,HowlerMon:0.0188456837006)root;')
54
65
    >>> params={'kappa': 4.0}
55
 
    >>> aln, tree = TreeAlign(HKY85(), seqs, tree=tree, param_vals=params,
56
 
    ...                      show_progress=False)
 
66
    >>> aln, tree = TreeAlign(HKY85(), seqs, tree=tree, param_vals=params)
57
67
    >>> aln
58
68
    5 x 60 text alignment: NineBande[-C-----GCCA...], Mouse[GCAGTGAGCCA...], DogFaced[GCAAGGAGCCA...], ...
59
69
 
67
77
    >>> from cogent.evolve.models import MG94HKY
68
78
    >>> tree = LoadTree(treestring='((NineBande:0.0575781680031,Mouse:0.594704139406):0.078919659556,DogFaced:0.142151930069,(HowlerMon:0.0619991555435,Human:0.10343006422):0.0792423439112)')
69
79
    >>> params={'kappa': 4.0, 'omega': 1.3}
70
 
    >>> aln, tree = TreeAlign(MG94HKY(), seqs, tree=tree, param_vals=params, show_progress=False)
 
80
    >>> aln, tree = TreeAlign(MG94HKY(), seqs, tree=tree, param_vals=params)
71
81
    >>> aln
72
82
    5 x 60 text alignment: NineBande[------CGCCA...], Mouse[GCAGTGAGCCA...], DogFaced[GCAAGGAGCCA...], ...
73
83
 
74
 
3rd-party apps
75
 
==============
 
84
Building alignments with 3rd-party apps such as muscle or clustalw
 
85
==================================================================
76
86
 
77
 
*To be written.*
 
87
See :ref:`alignment-controllers`.
78
88
 
79
89
Converting gaps from aa-seq alignment to nuc seq alignment
80
90
==========================================================