← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/natty/python-cogent/natty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/conf.py

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-12-04 22:30:35 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20101204223035-j11kinhcrrdgg2p2
Tags: 1.5-1
* Bumped standard to 3.9.1, no changes required.
* New upstream version.
  - major additions to Cookbook
  - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.
  - added getGeneByStableId method to genome objects.
  - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.
  - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version
  - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for
    symbolic and continuous data)
  - Information theoretic measures (AIC and BIC) added
  - drawing of trees with collapsed nodes
  - progress display indicator support for terminal and GUI apps
  - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as 
    cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.
  - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's
    workflow, also added cookbook demo.
  - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in
    cogent.parse.binary_sff
  - thousand fold performance improvement to nmds
  - >10-fold performance improvements to some Table operations

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/conf.py
47
47
# built documents.
48
48
#
49
49
# The short X.Y version.
50
 
version = "1.4"
 
50
version = "1.5"
51
51
# The full version, including alpha/beta/rc tags.
52
 
release = "1.4.1"
 
52
release = "1.5.0"
53
53
 
54
54
# The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation
55
55
# for a list of supported languages.
123
123
# Add any paths that contain custom static files (such as style sheets) here,
124
124
# relative to this directory. They are copied after the builtin static files,
125
125
# so a file named "default.css" will overwrite the builtin "default.css".
126
 
# html_static_path = ['_static']
 
126
html_static_path = ['_static']
127
127
 
128
128
# If not '', a 'Last updated on:' timestamp is inserted at every page bottom,
129
129
# using the given strftime format.